Transkriptoom on seos genoomse geneetilise teabe ja bioloogilise funktsiooni proteoomi vahel.Transkriptsioonitaseme reguleerimine on organismide kõige olulisem ja enim uuritud reguleerimisviis.Transkriptoomide sekveneerimine võib sekveneerida transkriptoomi mis tahes ajahetkel või mis tahes tingimustes ühe nukleotiidi täpsusega. See võib dünaamiliselt kajastada geeni transkriptsiooni taset, samaaegselt tuvastada ja kvantifitseerida haruldasi ja normaalseid transkripte ning anda struktuuriteavet konkreetsete ärakirjade näidised.
Praegu on transkriptoomide järjestamise tehnoloogiat laialdaselt kasutatud agronoomias, meditsiinis ja muudes uurimisvaldkondades, sealhulgas loomade ja taimede arengu reguleerimises, keskkonnaga kohanemises, immuunkoostoimes, geenide lokaliseerimises, liikide geneetilises evolutsioonis ning kasvajate ja geneetiliste haiguste tuvastamises.
