Metagenoomne järjestus -NGS
Teenuse eelised
● Isolatsiooni- ja kultiveerimisvaba mikroobikoosluse profiilide koostamiseks
● Kõrge eraldusvõime madala arvukusega liikide tuvastamisel keskkonnaproovides
● “Meta-” idee integreerib kõik bioloogilised tunnused funktsionaalsel, liigi- ja geenitasandil, mis peegeldab tegelikkusele lähemal olevat dünaamilist vaadet.
● BMK-l on tohutu kogemus erinevate proovitüüpide alal, töödeldud üle 10 000 proovi.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Platvorm | Järjestus | Soovitatavad andmed | Tööaeg |
| Illumina NovaSeq platvorm | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 tööpäeva |
Bioinformaatika analüüsid
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● Metagenoomi kokkupanek
● Mitteliigne geenikomplekt ja annotatsioon
● Liikide mitmekesisuse analüüs
● Geneetilise funktsiooni mitmekesisuse analüüs
● Gruppidevaheline analüüs
● Seoste analüüs eksperimentaalsete tegurite suhtes
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
SestDNA ekstraktid:
| Proovi tüüp | Summa | Keskendumine | Puhtus |
| DNA ekstraktid | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Keskkonnanäidiste jaoks:
| Proovi tüüp | Soovitatav proovivõtuprotseduur |
| Muld | Proovide kogus: ca.5 g;Ülejäänud kuivanud aine tuleb pinnalt eemaldada;Jahvatage suured tükid ja laske läbi 2 mm filtri;Proovide alikvootid steriilsesse EP-torusse või tsürotorusse broneerimiseks. |
| Väljaheited | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge proovid ja jagage need reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotuubi. |
| Soolestiku sisu | Proove tuleb töödelda aseptilistes tingimustes.Peske kogutud kude PBS-ga;Tsentrifuugige PBS ja koguge sade EP-tuubidesse. |
| Muda | Proovide kogus: ca.5 g;Koguge mudaproov ja jagage see reserveerimiseks steriilsesse EP-torusse või krüotorusse |
| Veekogu | Piiratud koguse mikroobidega proovide puhul, nagu kraanivesi, kaevuvesi jne, koguge vähemalt 1 l vett ja laske see läbi 0,22 μm filtri, et rikastada membraani mikroobide olemasolu.Hoidke membraani steriilses torus. |
| Nahk | Kraapige nahapinda ettevaatlikult steriilse vatitiku või kirurgilise teraga ja asetage see steriilsesse katsutisse. |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Külmutage proove vedelas lämmastikus 3-4 tunniks ja säilitage vedelas lämmastikus või -80 kraadises pikaajalises reservatsioonis.Näidis saatmine kuiva jääga on nõutav.
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1.Histogramm: liikide jaotus
2. KEGG metaboolsete radade annotatsiooniga funktsionaalsed geenid
3. Soojuskaart: diferentsiaalfunktsioonid suhtelise geenide arvukuse alusel
4. CARD-i antibiootikumiresistentsuse geenide tsirkos
BMK juhtum
Antibiootikumiresistentsuse geenide ja bakteriaalsete patogeenide levimus mulla-mangroovi juurte kontiinumis
Avaldatud:Ohtlike materjalide ajakiri, 2021
Järjestusstrateegia:
Materjalid: DNA ekstraktid neljast mangroovijuurega seotud proovi fragmendist: istutamata pinnas, risosfäär, episfääri ja endosfääri sektsioonid
Platvorm: Illumina HiSeq 2500
Sihtmärgid: Metagenoom
16S rRNA geeni V3-V4 piirkond
Peamised tulemused
Antibiootikumiresistentsuse geenide (ARG) leviku uurimiseks mullast taimedesse töödeldi metagenoomilist järjestust ja metabarkodeerimisprofiili mangrooviistikute mulla-juure kontiinumil.Metagenoomilised andmed näitasid, et 91, 4% antibiootikumiresistentsuse geenidest tuvastati tavaliselt kõigis neljas ülalnimetatud mullaosas, mis näitas pidevat moodi.16S rRNA amplikoni sekveneerimine genereeris 29 285 järjestust, mis esindavad 346 liiki.Kombineerides liikide profileerimisega amplikonide sekveneerimisega, leiti, et see levik ei sõltu juurtega seotud mikrobiotast, kuid seda võib hõlbustada geneetiliste elementide liikuvus.Selles uuringus tuvastati ARG-de ja patogeenide voog mullast taimedesse läbi omavahel seotud mulla-juure kontiinumi.
Viide
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. ja Shu, L..(2020).Antibiootikumiresistentsuse geenide ja bakteriaalsete patogeenide levimus mulla-mangroovi juurte kontiinumis.Ohtlike materjalide ajakiri, 408, 124985.
