Süvenege looduslike uuritavate liikide uurimise potentsiaali, mille näiteks on BMKGENE klientide pöördeline juhtum.Hiljuti ajakirja Plant Biotechnology Journal tänavuses väljaandes avaldatud artikkel pealkirjaga "Chromosoomitasemel metsik Hevea brasiliensise genoom: Genoomi abil toetatud aretuse tugevdamine ja elutähtsate lookuste leidmine kõrgema kummisaagi jaoks" on väärtuslik viide.
Brasiilia kummipuu (Hevea brasiliensis) on kõrge loodusliku kautšuki allikana.Viimase sajandi jooksul põhjustasid traditsioonilised aretusmeetodid kummitootmise märkimisväärse kuuekordse tõusu.Siiski jääb kummi saagise võimaliku suurendamise eest vastutav geneetiline aluskivim mõistatuslik.
See uuring alustas kromosoomitaseme genoomi loomist metsiku kummipuu jaoks, kasutades sünergiat Nanopore'i kaualoetud sekveneerimisest, Illumina NGS sekveneerimisest ja Hi-C tehnoloogiast.
Paralleelselt koguti Illumina platvormi kasutades terviklikuks kogu genoomi resekveneerimiseks (WGS) 147 iduplasma ressurssi, mis hõlmasid suure saagikusega variatsioone, metsikuid tüvesid ja nendega seotud liike.Järgnevad sekveneerimisandmed läbisid põhjaliku populatsioonigeneetilise analüüsi, mis võimaldas eristada populatsiooni struktuuri, mitmekesisust ja sidemete tasakaalustamatust.See analüüs valgustas kodustamise erinevusi populatsioonide lõikes.
Edasised uuringud hõlmasid analüüsi, mis hõlmas Fst, π, Tajima D ja LD, eesmärgiga paljastada lateksi paranemisest tulenevad selektsioonisignaalid, keskendudes eelkõige Wickhami kloonidele.
Kulmineerudes genoomi hõlmava assotsiatsioonianalüüsiga (GWAS), määrati täpselt kindlaks saagitunnustega seotud markerid ja seejärel saagisega seotud geenid.Esialgne valideerimine paljastas kahe ERF-i geeni erinevate mutantide eristatavad transkriptsioonilised aktiivsused, andes esialgse ülevaate nende funktsionaalsest tähtsusest.Täiendav kinnitus on kavandatud eelseisvate uuringute raames.
BMKGENE tunneb uhkust selle üle, et aitab kaasa selle suure populatsiooni ulatuslikule kogu genoomi resekveneerimisele ning omab olulist rolli bioinformaatika analüüsis.Meie tohutu kogemus hõlmab NGS/TGS sekveneerimist ja multiomika bioinformaatika analüüsi üle 1000+ liigi.Ootame teiega partnerlust teie tulevastes projektides.
Klõpsake siin, etselle uuringu kohta lisateavet
Postitusaeg: 29. august 2023