Illumina ja BGI
Funktsioonid
●Platvormid:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq, HiSeq X Ten ja BGI-DNB-T7
●Järjestusrežiimid:PE50, PE100, PE150, PE250
●Teekide kvaliteedikontroll enne sekveneerimist
●Andmete edastamise ja kvaliteedikontrolli järjestamine:QC aruande ja töötlemata andmete edastamine fastq-vormingus pärast demultipleksimist ja Q30 lugemiste filtreerimist.
Teenuse eelised
●Järjestusteenuste mitmekülgsus:klient võib valida järjestuse raja, voolahtri või andmehulga järgi.
●Platvormide mitmekülgsus:DNB teeke saab üle kanda Illumina platvormidele
●Laialdased kogemused Illumina sekveneerimisplatvormil:tuhandete suletud projektidega erinevate liikidega.
●Järjestuse kvaliteedikontrolli aruande kohaletoimetamine:kvaliteedimõõdikute, andmete täpsuse ja järjestusprojekti üldise jõudlusega.
●Küpse järjestusprotsess:lühikese pöördeajaga.
●Range kvaliteedikontroll: rakendame rangeid kvaliteedikontrolli nõudeid, et tagada püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamine.
Näidisnõuded*
Osaline sõiduradade järjestus
| Andmemaht (X) | Kontsentratsioon (qPCR/nM) | Helitugevus |
| X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
| 50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
| X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Üks sõidurada (Illumina)
| Platvorm | Kontsentratsioon (qPCR/nM) | Helitugevus |
| HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
| NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
| NovaSeq X | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
| BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
Lisaks kontsentratsioonile ja üldkogusele on vajalik ka sobiv piigi muster.
Kui teie proovid ei vasta lähtematerjali nõuetele, võtke meiega ühendust.
Teeninduse töövoog
Raamatukogu kvaliteedikontroll
Järjestus
Andmete kvaliteedi kontroll
Projekti tarnimine
Raamatukogu kvaliteedikontrolli aruanne
Aruanne raamatukogu kvaliteedi kohta esitatakse enne järjestamist, raamatukogu hulga ja killustatuse hindamist.
Järjestuse kvaliteedikontrolli aruanne
Tabel 1. Järjestusandmete statistika.
| Näidis ID | BMKID | Toores lugemine | Toorandmed (bp) | Puhtad lugemised (%) | Q20 (%) | K30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Joonis 1. Kvaliteedi jaotus igas proovis
Joonis 2. Põhisisu jaotus
Joonis 3. Loetud sisu jaotus sekveneerimisandmetes
