Tooted

DNA/RNA sekveneerimine - PacBio Sequencer

PacBio sekveneerimisplatvorm on kaualoetav sekveneerimisplatvorm, mis on tuntud ka kui üks kolmanda põlvkonna järjestustehnoloogiatest (TGS).Põhitehnoloogia, ühemolekuliline reaalajas (SMRT), võimaldab luua kümneid kiloaluseid pikki lugemisi."Sekveneerimine sünteesi järgi" alusel saavutatakse ühe nukleotiidi eraldusvõime nullrežiimi lainejuhiga (Zero-mode waveguide, ZMW), mille põhjas (molekuli sünteesi koht) on valgustatud ainult piiratud maht.Lisaks väldib SMRT sekveneerimine suuresti NGS-süsteemis järjestusspetsiifilist eelarvamust, kuna enamik PCR-i amplifikatsioonietappe ei ole raamatukogu ehitamise protsessis nõutav.

Platvorm: järg II, Revio

Võta meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Demo tulemused

Funktsioonid

PacBio sekvenseril on kaks järjestusrežiimi: pidev pikk lugemine (CLR) ja ümmargune konsensuslugemine (CCS)

Järjestusrežiim

Raamatukogu suurus

Teoreetilised andmedTootlus (lahtri kohta)

ÜhealuselineTäpsus

Rakendused

CLR

20Kb, 30Kb jne.

80 Gb kuni 130 Gb

u.85%

De novo, SV helistamine jne.

CCS

15-20 Kb

14–40 Gb kärje kohta (järg II)

70–110 Gb kärje kohta (Revio)

Oleneb proovidest

u.99%

De novo, SNP/Indel/SV helistamine, Iso-Seq,

Revio ja Sequel II esituse ja funktsioonide võrdlus

Tingimused	Järje II süsteem	Revio süsteem	Suurendama
Suurem tihedus	8 miljonit ZMW-d	25 miljonit ZMW-d	3x
Iseseisvad etapid	1	4	4x
Lühemad jooksuajad	30 tundi	24 tundi	1,25x
30X HiFi inimese genoomi aastas	88	1300	15x kokku

Teenuse eelised

● Üle 8-aastane kogemus PacBio sekveneerimisplatvormil tuhandete suletud projektidega erinevate liikidega.

● Täielikult varustatud uusimate PacBio Sequencing platvormidega, Revio, et tagada piisav järjestuse läbilaskevõime.

● Kiirem töötlemisaeg, suurem andmemaht ja täpsemad andmed.

● Kaastööd teinud sadades suure mõjuga PacBio-põhistes väljaannetes.

Näidisnõuded

Proovi tüüp

Summa

Kontsentratsioon (Qubit®)

Helitugevus

Puhtus

teised

Genoomne DNA

Olenevalt andmenõudest

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5；
Selge tipp 260 nm juuressaasteid pole

Kontsentratsiooni tuleb mõõta Qubit ja Qubit/nanopore = 0,8-2,5

Kogu RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5；saasteid pole

RIN väärtus ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Teeninduse töövoog

Proovi ettevalmistamine

Raamatukogu ehitus

Järjestus

Andmete analüüs

Projekti tarnimine

Eelmine: OEM-tootja Mrna sekveneerimisteenus – pikk mittekodeeriv sekveneerimine – Illumina – biomarker

Järgmine: DNA/RNA sekveneerimine – Illumina järjestusseade

1. Ettevõttesisene andmemaht

Andmed on genereeritud 63 CCS-rakust (26 liigist)

ANDMED-PacBio-CCS-15 Kb	Keskmine	Max	Min	Mediaan
Tootlus – alamlugemised (Gb)	421.12	544,27	221,38	426,58
Välja antud – CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polümeraas N50	145 651	175 430	118 118	144 689
Alamlugemised N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19 034	9 876	14 747
Keskmine pikkus - polümeraas	67 995	89 379	49 664	66 433
Keskmine pikkus – alamrubriigid	15 866	21 036	11 657	16 012
Keskmine pikkus-CCS	14 489	19 074	8575	14 655

Andmed on genereeritud 16 CLR-rakust (76 liigist)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Keskmine	Max	Min	Mediaan
Tootlus – alamlugemised (Gb)	142,20	291,40	50.55	142,49
Polümeraas N50	39 456	121 191	15 389	35 231
Alamlugemised N50	28 490	41 012	14 430	29 063
Keskmine pikkus - polümeraas	22 063	48 886	8,747	21 555
Keskmine pikkus – alamrubriigid	17 720	27 225	8,293	17 779

2. Andmete QC – demoAndmemahu statistika

Näidis	ccs Loeb Num	ccs baasi kokku (bp)	ccs loeb N50 (bp)	ccs keskmine pikkus (bp)	ccs Pikim loetud (bp)	alamlugemised alused (bp)	ccs määr (%)
PB_BMKxxx	3 444 159	54 164 122 586	15 728	15 726	36 110	863 326 330 465	6.27