Võrdlev genoomika
Teenuse eelised
● Põhjalik analüüside pakett, mis sisaldab kaheksat kõige sagedamini nõutavat analüüsi
● Analüüsi kõrge usaldusväärsus koos tulemuste üksikasjaliku ja hõlpsasti mõistetava tõlgendamisega
● Hästi kujundatud avaldamisvalmis figuurid
● Kõrgelt kvalifitseeritud bioinformaatikameeskond täidab erinevaid isikupärastatud analüüsinõudeid
● Lühem töötlemisaeg suurema analüüsi täpsusega
● Rikkalik kogemus enam kui 90 eduka juhtumiga, kusjuures avaldatud mõjutegur on üle 900
Teenuse spetsifikatsioonid
| Eeldatav läbimisaeg | Liikide arv | Analüüsid |
| 30 tööpäeva | 6-12 | Geeniperekondade klasterdamine Geeniperekonna laienemine ja kokkutõmbumine Fülogeneetiline puuehitus Divergentsi aja hindamine (vajalik on fossiilide kalibreerimine) LTR-i sisestamise aeg (taimede jaoks) Terve genoomi dubleerimine (taimede jaoks) Valikuline surve Sünteesianalüüs |
Bioinformaatika analüüsid
● Geeniperekond
● Fülogeneetika
● Divergentsi aeg
● Selektiivne rõhk
● Sünteesianalüüs
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
Kude või DNA genoomi järjestamiseks ja kokkupanekuks
Koe jaoks
| Liigid | Pabertaskurätik | Küsitlus | PacBio CCS |
| Loom | Vistseraalne kude | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g |
| Lihaskude | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Imetajate veri | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Linnuliha/kala veri | |||
| Taim | Värske Leht | 1-2 g | ≥ 5,0 g |
| Kroonleht/vars | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Juur/Seeme | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Rakud | Kultiveeritud rakk | - | ≥ 1 x 108 |
Andmed
Lähedaste liikide genoomijärjestuse failid (.fasta) ja annotatsioonifailid (.gff3).
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
*Siin näidatud demotulemused pärinevad Biomarker Technologiesiga avaldatud genoomidest
1.LTR-i sisestamise aja hinnang: joonisel on näidatud unikaalne bimodaalne jaotus LTR-RT-de sisestamisaegades Weiningi rukki genoomis võrreldes teiste liikidega.Viimane tipp ilmus umbes 0,5 miljonit aastat tagasi.
Li Guang jt,Loodusgeneetika, 2021
2. Chayote'i (Sechium edule) fülogeneesia ja geeniperekonna analüüs: Chayote'i ja ülejäänud 13 geeniperekonna sugulasliiki analüüsides leiti, et Chayote on kõige tihedamalt seotud madukõrvitsaga (Trichosanthes anguina).Umbes 27–45 Mya usskõrvitsast saadud chayote ja kogu genoomi dubleerimist (WGD) täheldati chayote puhul 25±4 Mya, mis on kolmas WGD sündmus cucuibitaceae puhul.
Fu A et al.,Aiandusuuringud, 2021
3.Sünteeniaanalüüs: mõned geenid, mis on seotud fütohormoonidega puuviljade arengus, leiti chayote'st, madukõrvitsast ja kõrvitsast.Korrelatsioon chayote ja squashi vahel on veidi kõrgem kui chayote ja madukõrvitsa vahel.
Fu A et al.,Aiandusuuringud, 2021
4. Geeniperekonna analüüs: KEGG rikastamine geeniperekonna laienemisel ja kokkutõmbumisel G.thurberi ja G.davidsonii genoomis näitas, et steroidide biosünteesi ja brassinosteroidide biosünteesiga seotud geenid laienesid.
Yang Z jt,BMC bioloogia, 2021
5. Terve genoomi dubleerimise analüüs: 4DTV ja Ks jaotuse analüüs näitas kogu genoomi dubleerimise sündmust.Liigisisesed tipud näitasid dubleerimise sündmusi.Liikidevaheliste tippude tipud näitavad eristumise sündmusi.Analüüs näitas, et võrreldes ülejäänud kolme lähedalt seotud liigiga läbis O. europaea hiljuti ulatusliku geenide dubleerimise.
Rao G jt,Aiandusuuringud, 2021
BMK juhtum
Roos ilma oketa: genoomsed teadmised, mis on seotud niiskuse kohanemisega
Avaldatud: National Science Review, 2021
Järjestusstrateegia:
'Basye omaOkkateta' (R.Wichurainan) genoom:
u.93 X PacBio + u.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Peamised tulemused
1. Kvaliteetne R.wichuraiana genoom konstrueeriti, kasutades kaualoetud sekveneerimistehnikaid, mis annavad kokku 530,07 Mb (hinnanguline genoomi suurus oli voolutsütomeetria järgi ligikaudu 525,9 Mb ja genoomiuuringu järgi 525,5 Mb; Heterosügootsus oli umbes 1,03%).BUSCO hinnanguline tulemus oli 93,9%.Võrreldes vana põsepunaga (haploOB), kinnitasid selle genoomi kvaliteeti ja täielikkust baasi ühe aluse täpsus ja LTR koosteindeks (LAI = 20, 03).R.wichuraiana genoom sisaldab 32 674 valku kodeerivat geeni.
2. Multi-oomika ühisanalüüs, mis koosnes võrdlevast genoomikast, transkriptoomikast ja geneetilise populatsiooni QTL analüüsist, paljastas R. wichuraiana ja Rosa chinensise vahelise olulise erisuse.Samuti oli seotud geenide ekspressioonivariatsioon QTL-is tõenäoliselt seotud tüve prickle mustriga.
Basye's Thornless ja Rosa chinensise võrdlev genoomika analüüs, sealhulgas sünteesianalüüs, geeniperekonna klastri, laienemise ja kokkutõmbumise analüüs, näitas suurt hulka variatsioone, mis olid seotud rooside oluliste tunnustega.NAC ja FAR1 / FRS geeniperekonna ainulaadne laienemine oli suure tõenäosusega seotud resistentsusega mustade laikude suhtes.
BT ja haploOB genoomide võrdlev genoomika analüüs.
Zhong, M. et al."Roos ilma torgita: genoomsed teadmised, mis on seotud niiskuse kohanemisega"National Science Review, 2021;, nwab092.
