tsircRNA sekveneerimine-Illumina
Funktsioonid
● rRNA ammendumine, millele järgneb suunava raamatukogu ettevalmistamine, mis võimaldab sekveneerida andmeid, mis on ahelaspetsiifilised.
● Bioinformaatiline töövoog võimaldab tsirkRNA ennustamist ja ekspressiooni kvantifitseerimist
Teenuse eelised
●Põhjalikumad RNA raamatukogud:kasutame oma raamatukogueelses ettevalmistuses lineaarse RNA ammendumise asemel rRNA ammendumist, tagades, et sekveneerimisandmed ei sisalda mitte ainult tsircRNA-d, vaid ka mRNA-d ja lncRNA-d, võimaldades nende andmekogumite ühist analüüsi
●Konkureeriva endogeense RNA (ceRNA) võrkude valikuline analüüs: annab sügavama ülevaate raku reguleerivatest mehhanismidest
●Laialdased teadmised: BMK-s üle 20 000 proovi töötlemise kogemusega, mis hõlmab erinevaid proovitüüpe ja lncRNA projekte, toob meie meeskond igasse projekti rikkalikult kogemusi.
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani.See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.
● Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine.Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Platvorm | Soovitatavad andmed | Andmete QC |
| Polü A rikastatud | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | Taimedele: RIN≥6,5; Loomadele: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuviljad: 1,2 g
● Loom:
Süda või soolestik: 450 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luud, juuksed või nahk: 1,5 g
● lülijalgsed:
Putukad: 9g
Koorik: 450 mg
● täisveri:2 toru
● Rakud: 106 rakud
● Seerum ja plasma: 6 ml
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3;B1, B2, B3.....
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuivjäässe.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
tsirkRNA ennustus: kromosoomide jaotus
Diferentsiaalselt ekspresseeritud tsirRNA-d – vulkaani graafik
Diferentsiaalselt ekspresseeritud tsirRNA-d – hierarhiline klasterdamine
TsircRNA peremeesgeenide funktsionaalne rikastamine
Tutvuge BMKGene'i tsirkulaar-RNA järjestusteenustega seotud teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Wang, X. et al.(2021) „CPSF4 reguleerib tsirkulaar-RNA moodustumist ja mikroRNA-vahendatud geenide vaigistamist hepatotsellulaarse kartsinoomi korral”, Oncogene 2021 40:25, 40(25), lk 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) „X oo-le reageeriv transkriptoom paljastab tsirkulaarse RNA133 rolli haigusresistentsuses, reguleerides OsARABi ekspressiooni riisis”, Phytopathology Research, 5(1), lk 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) "CPSF3 moduleerib hepatotsellulaarse kartsinoomi tsirkulaarsete ja lineaarsete transkriptide tasakaalu".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) "Tsirrootilise kardiomüopaatia tsirrootilise kardiomüopaatia tsirkulaarsete rakkude põhjalik hindamine enne ja pärast maksa siirdamist", International Immunopharmacology, 114, lk.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
