Hulgieraldusanalüüs
Teenuse eelised
Takagi et al., Taimede ajakiri, 2013
● Täpne lokaliseerimine: 30+30 kuni 200+200 isendiga masside segamine taustmüra minimeerimiseks;mittesünonüümsetel mutantidel põhinev kandidaatpiirkonna ennustamine.
● Põhjalik analüüs: põhjalik kandidaatgeeni funktsiooni annotatsioon, sealhulgas NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG jne.
● Kiirem tööaeg: kiire geeni lokaliseerimine 45 tööpäeva jooksul.
● Laialdased kogemused: BMK on aidanud kaasa tuhandete tunnuste lokaliseerimisele, hõlmates erinevaid liike, nagu põllukultuurid, veesaadused, mets, lilled, puuviljad jne.
Teenuse spetsifikatsioonid
Rahvaarv:
Vastandlike fenotüüpidega vanemate järglaste eraldamine.
nt F2 järglased, tagasiristumine (BC), rekombinantne sisearetusliin (RIL)
Segamisbassein
Kvalitatiivsete tunnuste jaoks: 30–50 isendit (vähemalt 20) massi kohta
Kvantitatiivsete tunnuste korral: 5–10% kummagi äärmusliku fenotüübiga isendeid kogu populatsioonist (minimaalselt 30+30).
Soovitatav sekveneerimissügavus
Vähemalt 20X/vanema ja 1X/järglase kohta (nt 30+30 isendiga järglaste segamiskogumi korral on järjestamise sügavus 30X isendi kohta)
Bioinformaatika analüüsid
● Terve genoomi resekveneerimine
● Andmetöötlus
● SNP/Indeli helistamine
● Kandidaatpiirkonna sõeluuring
● Kandidaatgeeni funktsiooni annotatsioon
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| gDNA proov | Koeproov |
| Kontsentratsioon: ≥30 ng/μl | Taimed: 1-2 g |
| Kogus: ≥2 μg (maht ≥15 μl) | Loomad: 0,5-1 g |
| Puhtus: OD260/280= 1,6-2,5 | Täisveri: 1,5 ml |
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
1. Assotsiatsioonianalüüsi alus eukleidilise kauguse (ED) põhjal kandidaatpiirkonna tuvastamiseks.Järgmisel joonisel
X-telg: kromosoomide arv;Iga punkt tähistab SNP ED-väärtust.Must joon vastab paigaldatud ED väärtusele.Kõrgem ED väärtus näitab olulisemat seost saidi ja fenotüübi vahel.Punane kriipsjoon tähistab olulise seose läve.
2. SNP-indeksita assotsiatsioonianalüüs
X-telg: kromosoomide arv;Iga punkt tähistab SNP-indeksi väärtust.Must joon tähistab paigaldatud SNP-indeksi väärtust.Mida suurem on väärtus, seda olulisem on seos.
BMK juhtum
Peamise mõjuga kvantitatiivse tunnuse lookus Fnl7.1 kodeerib hilise embrüogeneesi rikkalikku valku, mis on seotud kurgi puuvilja kaela pikkusega
Avaldatud: Taimede biotehnoloogia ajakiri, 2020
Järjestusstrateegia:
Vanemad (Jin5-508, YN): kogu genoomi resekveneerimine 34 × ja 20 × jaoks.
DNA kogumid (50 pika kaelaga ja 50 lühikese kaelaga): resekveneerimine 61 × ja 52 ×
Peamised tulemused
Selles uuringus loodi eraldav populatsioon (F2 ja F2:3) pika kaelaga kurgiliini Jin5-508 ja lühikese kaelaga YN ristamisel.Kaks DNA kogumit koostasid 50 äärmuslikult pika kaelaga isendit ja 50 äärmuslikult lühikese kaelaga isendit.Suurema mõjuga QTL tuvastati Chr07-l BSA analüüsi ja traditsioonilise QTL kaardistamise abil.Kandidaatpiirkonda ahendati veelgi peenkaardistamise, geeniekspressiooni kvantifitseerimise ja transgeensete katsetega, mis näitasid kaela pikkuse kontrollimise võtmegeeni CsFnl7.1.Lisaks leiti, et polümorfism CsFnl7.1 promootori piirkonnas on seotud vastava ekspressiooniga.Täiendav fülogeneetiline analüüs näitas, et Fnl7.1 lookus pärineb suure tõenäosusega Indiast.
 QTL-kaardistamine BSA analüüsis, et tuvastada kurgi kaela pikkusega seotud kandidaatpiirkond |  Chr07-l tuvastatud kurgi kaelapikkuse QTL-i LOD-profiilid |
Xu, X. et al."Peamise mõjuga kvantitatiivse tunnuse lookus Fnl7.1 kodeerib hilise embrüogeneesi rikkalikku valku, mis on seotud kurgi puuvilja kaela pikkusega."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
