10x Genomics Visiumi ruumiline transkriptoom
Funktsioonid
● Eraldusvõime: 100 µM
● Punkti läbimõõt: 55 µM
● Täppide arv: 4992
● Võtteala: 6,5 x 6,5 mm
● Iga vöötkoodiga koht on laetud neljast osast koosneva praimeriga.
- polü(dT) saba mRNA praimimiseks ja cDNA sünteesiks
- Unikaalne molekulaarne identifikaator (UMI) amplifikatsiooni nihke korrigeerimiseks
- Ruumiline vöötkood
- Osaliselt loetud 1 sekveneerimispraimeri sidumisjärjestus
● Sektsioonide H&E värvimine
Eelised
●Ühekordne teenus: integreerib kõik kogemustel ja oskustel põhinevad etapid, sealhulgas krüolõikamine, värvimine, kudede optimeerimine, ruumiline vöötkood, raamatukogu ettevalmistamine, sekveneerimine ja bioinformaatika.
● Kõrgelt kvalifitseeritud tehniline meeskond: kogemusega enam kui 250 koetüübi ja 100+ liigiga, sealhulgas inimene, hiir, imetaja, kala ja taimed.
●Reaalajas värskendus kogu projekti kohta: katse edenemise täieliku kontrolliga.
●Põhjalik standardne bioinformaatika:pakett sisaldab 29 analüüsi ja 100+ kvaliteetset figuuri.
●Kohandatud andmete analüüs ja visualiseerimine: saadaval erinevate uurimistaotluste jaoks.
●Valikuline ühisanalüüs koos üherakulise mRNA sekveneerimisega
Tehnilised andmed
| Näidisnõuded | Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedi kontroll |
| OCT-sisseehitatud krüoproovid, FFPE proovid (Optimaalne läbimõõt: umbes 6x6x6 mm3) 3 plokki proovi kohta | 10X Visiumi cDNA raamatukogu | Illumina PE150 | 50K PE lugemist koha kohta (60Gb) | RIN>7 |
Näidiste ettevalmistamise juhiste ja teeninduse töövoo kohta lisateabe saamiseks võtke ühendust aadressil aBMKGENE ekspert
Teeninduse töövoog
Proovi ettevalmistamise etapis viiakse läbi esialgne RNA hulgi ekstraheerimise katse, et tagada kvaliteetse RNA saamine.Kudede optimeerimise etapis lõigud värvitakse ja visualiseeritakse ning mRNA koest vabanemise läbilaskvustingimused optimeeritakse.Seejärel rakendatakse optimeeritud protokolli raamatukogu ehitamise ajal, millele järgneb järjestus ja andmete analüüs.
Täielik teenuse töövoog hõlmab reaalajas värskendusi ja klientide kinnitusi, et säilitada tundlik tagasiside, tagades projekti sujuva täitmise.
Sisaldab järgmist analüüsi:
Andmekvaliteedi kontroll:
o Andmete väljund ja kvaliteediskoori jaotus
o Geeni tuvastamine ühe koha kohta
o kudede katvus
Siseproovi analüüs:
o Geenirikkus
o Punktide rühmitamine, sealhulgas vähendatud mõõtmete analüüs
o Diferentsiaalne ekspressioonianalüüs klastrite vahel: markergeenide tuvastamine
o Markergeenide funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine
Gruppidevaheline analüüs
o täppide taaskombineerimine mõlemast proovist (nt haiged ja kontrollproovid) ja rühmitus uuesti
o Iga klastri markergeenide identifitseerimine
o Markergeenide funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine
o Sama klastri diferentsiaalne avaldis rühmade vahel
Siseproovi analüüs
Punktide rühmitamine
Markergeenide tuvastamine ja ruumiline jaotus
Gruppidevaheline analüüs
Andmete kombinatsioon mõlemast rühmast ja uuesti klastrist
Uute klastrite markergeenid
Tutvuge BMKGene'i ruumilise transkriptoomika teenuse 10X Visiumi edenemistega nendes esiletoodud väljaannetes:
Chen, D. et al.(2023) „mthl1, imetajate adhesiooniga GPCR-ide potentsiaalne Drosophila homoloog, osaleb kasvajavastastes reaktsioonides kärbeste süstitud onkogeensetele rakkudele”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States, 120(30), lk.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) „STEEL võimaldab kõrgresolutsiooniga piiritleda ruumilise ja ajalise transkriptoomilisi andmeid”, Briefings in Bioinformatics, 24(2), lk 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) „Orhideelillede arengu organogeneesi ruumiline ja ajaline atlas”, Nucleic Acids Research, 50(17), lk 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) „Ruumilise transkriptoomika ja ühetuumalise RNA järjestuse integreerimine paljastab emaka leiomüoomi võimalikud terapeutilised strateegiad”, International Journal of Biological Sciences, 19(8), lk 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
