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Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq)

El genotipado de alto rendimiento, especialmente en poblaciones a gran escala, es un paso fundamental en los estudios de asociación genética, que proporciona una base genética para el descubrimiento de genes funcionales, análisis evolutivos, etc. En lugar de una resecuenciación profunda del genoma completo, se utiliza la secuenciación del genoma de representación reducida (RRGS). ) se introduce para minimizar el costo de secuenciación por muestra y, al mismo tiempo, mantener una eficiencia razonable en el descubrimiento de marcadores genéticos.Esto se logra comúnmente extrayendo fragmentos de restricción dentro de un rango de tamaño determinado, lo que se denomina biblioteca de representación reducida (RRL).La secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq) es una estrategia de desarrollo propio para el genotipado de SNP con o sin un genoma de referencia.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

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Esquema Técnico

flujo de trabajo

Ventajas del servicio

Alta eficiencia de descubrimiento de marcadores- La tecnología de secuenciación de alto rendimiento ayuda a SLAF-Seq a descubrir cientos de miles de etiquetas dentro de todo el genoma.

Baja dependencia del genoma.- Puede aplicarse a especies con o sin genoma de referencia.

Diseño de esquema flexible- Digestión con una sola enzima, doble enzima, múltiples enzimas y varios tipos de enzimas, todas pueden seleccionarse para atender diferentes objetivos o especies de investigación.La evaluación previa in silico se utiliza para asegurar un diseño enzimático óptimo.

Digestión enzimática eficiente- Se llevó a cabo un experimento previo para optimizar las condiciones, lo que hace que el experimento formal sea estable y confiable.La eficiencia de la recolección de fragmentos puede alcanzar más del 95%.

Etiquetas SLAF distribuidas uniformemente- Las etiquetas SLAF se distribuyen uniformemente en todos los cromosomas en la mayor medida posible, logrando un promedio de 1 SLAF por 4 kb.

Evitación efectiva de repeticiones.- La secuencia repetitiva en los datos SLAF-Seq se reduce a menos del 5%, especialmente en especies con un alto nivel de repeticiones, como trigo, maíz, etc.

Amplia experiencia-Más de 2000 proyectos SLAF-Seq cerrados sobre cientos de especies que abarcan plantas, mamíferos, aves, insectos, organismos acuáticos, etc.

Flujo de trabajo bioinformático de desarrollo propio- BMKGENE desarrolló un flujo de trabajo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantizar la confiabilidad y precisión del resultado final.

Especificaciones de servicio

Plataforma	Conc.(ng/gl)	Total (ug)	DE260/280
Illumina NovaSeq	>35	>1.6(Volumen>15μl)	1,6-2,5

Nota: Se realizarán tres muestras, cada una con tres esquemas enzimáticos, para el experimento previo.

Estrategia de secuenciación recomendada

Profundidad de secuenciación: 10X/etiqueta

Tamaño del genoma	Etiquetas SLAF recomendadas
< 500 MB	100K o WGS
500 Mb - 1 Gb	100K
1GB -2GB	200K
Genomas gigantes o complejos	300 - 400K

Aplicaciones

Recomendado

Escala de población

Estrategia de secuenciación y profundidad.

Profundidad

Número de etiqueta

GWAS

Número de muestra ≥ 200

10X

De acuerdo a

tamaño del genoma

Evolución genética

individuos de cada

subgrupo ≥ 10;

muestras totales ≥ 30

10X

Entrega de muestra recomendada

Envase: tubo de centrífuga de 2 ml

Para la mayoría de las muestras, recomendamos no conservarlas en etanol.

Etiquetado de muestras: las muestras deben estar claramente etiquetadas y ser idénticas al formulario de información de muestra enviado.

Envío: Hielo seco: las muestras deben empaquetarse primero en bolsas y enterrarse en hielo seco.

Flujo de trabajo del servicio

Control de calidad de muestra

experimento piloto

Experimento SLAF

Preparación de la biblioteca

Secuenciación

Análisis de los datos

Servicios postventa

Anterior: Secuenciación de ADN/ARN – Secuenciador de nanoporos

Próximo: Secuenciación del exoma completo humano

1. Estadísticas del resultado del mapa.

2. Desarrollo del marcador SLAF

3. Anotación de variación

Año	Diario	IF	Título	Aplicaciones
2022	Comunicaciones de la naturaleza	17.694	Base genómica de los gigacromosomas y el gigagenoma de la peonía arbórea. Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Nuevo fitólogo	7.433	Las huellas de domesticación anclan regiones genómicas de importancia agronómica en soja	SLAF-GWAS
2022	Revista de investigación avanzada	12.822	Introgresiones artificiales de todo el genoma de Gossypium barbadense en G. hirsutum revelan loci superiores para la mejora simultánea de la calidad y el rendimiento de la fibra de algodón rasgos	SLAF-Genética evolutiva
2019	Planta molecular	10.81	El análisis genómico de la población y el ensamblaje de novo revelan el origen de la maleza El arroz como juego evolutivo	SLAF-Genética evolutiva
2019	Genética de la naturaleza	31.616	Secuencia del genoma y diversidad genética de la carpa común, Cyprinus carpio.	Mapa de vinculación SLAF
2014	Genética de la naturaleza	25.455	El genoma del maní cultivado proporciona información sobre los cariotipos poliploides de las leguminosas Evolución y domesticación de cultivos.	Mapa de vinculación SLAF
2022	Revista de biotecnología vegetal	9.803	La identificación de ST1 revela una selección que implica hacer autostop en la morfología de las semillas y contenido de aceite durante la domesticación de la soja	Desarrollo de marcadores SLAF
2022	Revista Internacional de Ciencias Moleculares	6.208	Identificación y desarrollo de marcadores de ADN para un trigo-Leymus mollis 2Ns (2D) Sustitución de cromosomas disómicos	Desarrollo de marcadores SLAF