Productos

Secuenciación de ARN procariótico

Secuenciación del ARN procariótico Imagen destacada

La secuenciación de ARN procariótico utiliza la secuenciación de próxima generación (NGS) para revelar la presencia y cantidad de ARN en un momento dado, mediante el análisis del transcriptoma celular cambiante.La secuenciación de ARN procariótico de nuestra empresa está dirigida específicamente a procariotas con genomas de referencia, brindándole perfiles de transcriptoma, análisis de estructura genética, etc. Se ha aplicado ampliamente a la investigación en ciencias básicas, la investigación y el desarrollo de fármacos, y más.

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

Contáctenos

Detalles del servicio

Especificaciones de servicio

Plataforma: plataforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipo de biblioteca: biblioteca de ADNc de inserción de 350 pb (depende de la distribución máxima)

Estrategia de secuenciación: extremo emparejado 150 pb

Cantidad de datos recomendada: 2 Gb de datos sin procesar/muestra

Bioinformática

(1) Control de calidad de los datos de secuenciación: distribución de nucleótidos, distribución de calidad de la base, evaluación de la proporción de ARNr;

(2) Análisis de alineación de secuencias: estadísticas de resultados de alineación, saturación de secuenciación, cobertura de secuenciación;

(3) Anotación del genoma de referencia (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Análisis de expresión: Distribución de expresión (Con dos o más muestras), Análisis de expresión entre muestras (Análisis de Venn, Análisis de correlación, Análisis PCA);

(5) Análisis de expresión diferencial (Con dos o más muestras);

(6) Análisis de conjunto de genes: análisis de Venn, análisis de conglomerados, análisis de anotación de funciones (COG, GO, KEGG), análisis de enriquecimiento de funciones (GO, KEGG), gráfico cordal de enriquecimiento de funciones, análisis Ipath;

(7) análisis de sRNA: predicción de sRNA, anotación de sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predicción de la estructura secundaria de sRNA, predicción del gen objetivo de sRNA;

(8) Análisis de la estructura de la transcripción: análisis de operones, predicción de los sitios de inicio y finalización de la transcripción, anotación y análisis UTR, predicción de la secuencia del promotor, análisis SNP/InDel (anotación SNP/InDel, distribución regional SNP/InDel, estadísticas de SNP).