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BSA
La plataforma Bulked Segregant Analysis consta de un análisis estándar de un solo paso y un análisis avanzado con configuración de parámetros personalizada.BSA es una técnica empleada para identificar rápidamente marcadores genéticos asociados al fenotipo.El flujo de trabajo principal de BSA contiene: 1. seleccionar dos grupos de individuos con fenotipos extremadamente opuestos;2. combinar el ADN, el ARN o SLAF-seq (desarrollado por Biomarker) de todos los individuos para formar dos grupos de ADN;3. identificar secuencias diferenciales frente al genoma de referencia o entre ellas, 4. predecir regiones ligadas candidatas mediante el algoritmo de índice ED y SNP;5. Análisis funcional y enriquecimiento de genes en regiones candidatas, etc. También se encuentra disponible una extracción de datos más avanzada que incluye la detección de marcadores genéticos y el diseño de cebadores.
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Amplicón (16S/18S/ITS)
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) se desarrolla con años de experiencia en análisis de proyectos de diversidad microbiana, que contiene análisis básicos estandarizados y análisis personalizados: el análisis básico cubre el contenido de análisis principal de la investigación microbiana actual, el contenido del análisis es rico y completo. y los resultados del análisis se presentan en forma de informes de proyecto;El contenido del análisis personalizado es diverso.Se pueden seleccionar muestras y establecer parámetros de manera flexible de acuerdo con el informe de análisis básico y el propósito de la investigación, para cumplir con los requisitos personalizados.Sistema operativo Windows, sencillo y rápido.
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Genética evolutiva
La genética evolutiva es un servicio de secuenciación completo diseñado para proporcionar una interpretación integral de la información evolutiva de materiales determinados en función de variaciones genéticas, incluidos SNP, InDels, SV y CNV.Proporciona todos los análisis fundamentales necesarios para describir los cambios evolutivos y las características genéticas de las poblaciones, como la estructura de la población, la diversidad genética, las relaciones filogénicas, etc. También contiene estudios sobre el flujo de genes, que permiten estimar el tamaño efectivo de la población y el tiempo de divergencia.
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Genómica comparada
La genómica comparada significa literalmente comparar las secuencias y estructuras completas del genoma de diferentes especies.Esta disciplina tiene como objetivo revelar la evolución de las especies, la función de los genes y el mecanismo regulador de los genes a nivel del genoma mediante la identificación de las estructuras de secuencia y los elementos que se conservaron o diferenciaron entre diferentes especies.El estudio típico de genómica comparativa incluye análisis de familias de genes, desarrollo evolutivo, duplicación del genoma completo, presión selectiva, etc.
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Genética evolutiva
La plataforma de análisis genético poblacional y evolutivo se establece sobre la base de la enorme experiencia acumulada dentro del equipo de I+D de BMK durante años.Es una herramienta fácil de usar, especialmente para investigadores que no se especializan en bioinformática.Esta plataforma permite análisis básicos relacionados con la genética evolutiva, incluida la construcción de árboles filogenéticos, análisis de desequilibrio de ligamiento, evaluación de la diversidad genética, análisis de barrido selectivo, análisis de parentesco, PCA, análisis de estructura poblacional, etc.
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Ensamblaje del genoma basado en Hi-C
Hi-C es un método diseñado para capturar la configuración cromosómica combinando interacciones basadas en proximidad y secuenciación de alto rendimiento.Se cree que la intensidad de estas interacciones está correlacionada negativamente con la distancia física en los cromosomas.Por lo tanto, los datos de Hi-C podrían guiar la agrupación, ordenación y orientación de secuencias ensambladas en un borrador de genoma y anclarlas en una cierta cantidad de cromosomas.Esta tecnología permite el ensamblaje del genoma a nivel de cromosomas en ausencia de un mapa genético basado en la población.Cada genoma necesita un Hi-C.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq / DNBSEQ
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Secuenciación del genoma de novo de plantas/animales
De NovoLa secuenciación se refiere a la construcción del genoma completo de una especie utilizando tecnologías de secuenciación, por ejemplo, PacBio, Nanopore, NGS, etc., en ausencia de un genoma de referencia.La notable mejora en la longitud de lectura de las tecnologías de secuenciación de tercera generación ha brindado nuevas oportunidades en el ensamblaje de genomas complejos, como aquellos con alta heterocigosidad, alta proporción de regiones repetitivas, poliploides, etc. Con una longitud de lectura de decenas de kilobases, estas lecturas de secuenciación permiten resolución de elementos repetitivos, regiones con contenidos anormales de GC y otras regiones altamente complejas.
Plataforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación del exoma completo humano
La secuenciación completa del exoma (WES) se considera una estrategia de secuenciación rentable para identificar mutaciones que causan enfermedades.Aunque los exones sólo ocupan aproximadamente el 1,7% de todo el genoma, representan directamente el perfil de las funciones proteicas totales.En el genoma humano, se ha informado que más del 85% de las mutaciones relacionadas con enfermedades ocurren en la región codificante de proteínas.
BMKGENE ofrece servicios integrales y flexibles de secuenciación del exoma humano completo con diferentes estrategias de captura de exones disponibles para cumplir diversos objetivos de investigación.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
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Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq)
El genotipado de alto rendimiento, especialmente en poblaciones a gran escala, es un paso fundamental en los estudios de asociación genética, que proporciona una base genética para el descubrimiento de genes funcionales, análisis evolutivos, etc. En lugar de una resecuenciación profunda del genoma completo, se utiliza la secuenciación del genoma de representación reducida (RRGS). ) se introduce para minimizar el costo de secuenciación por muestra y, al mismo tiempo, mantener una eficiencia razonable en el descubrimiento de marcadores genéticos.Esto se logra comúnmente extrayendo fragmentos de restricción dentro de un rango de tamaño determinado, lo que se denomina biblioteca de representación reducida (RRL).La secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq) es una estrategia de desarrollo propio para el genotipado de SNP con o sin un genoma de referencia.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq -
Illumina y BGI
La tecnología de secuenciación de Illumina, basada en Sequencing by Synthesis (SBS), es una innovación NGS adoptada a nivel mundial, responsable de generar más del 90 % de los datos de secuenciación del mundo.El principio de SBS implica obtener imágenes de terminadores reversibles marcados con fluorescencia a medida que se agrega cada dNTP y posteriormente se escinde para permitir la incorporación de la siguiente base.Con los cuatro dNTP unidos a un terminador reversible presentes en cada ciclo de secuenciación, la competencia natural minimiza el sesgo de incorporación.Esta tecnología versátil admite bibliotecas de lectura única y de pares, y se adapta a una variedad de aplicaciones genómicas.Las capacidades de alto rendimiento y la precisión de la secuenciación de Illumina la posicionan como una piedra angular en la investigación genómica, lo que permite a los científicos desentrañar las complejidades de los genomas con un detalle y una eficiencia inigualables.
DNBSEQ, desarrollada por BGI, es otra tecnología NGS innovadora que ha logrado reducir aún más los costos de secuenciación y aumentar el rendimiento.La preparación de bibliotecas DNBSEQ implica la fragmentación del ADN, la preparación de ssDNA y la amplificación por círculo rodante para obtener nanobolas de ADN (DNB).Luego se cargan sobre una superficie sólida y posteriormente se secuencian mediante síntesis combinatoria sonda-ancla (cPAS).
Nuestro servicio de secuenciación de bibliotecas prefabricadas facilita a los clientes la preparación de sus bibliotecas de secuenciación a partir de diversas fuentes (ARNm, genoma completo, amplicones, entre otros).Posteriormente, estas bibliotecas se pueden enviar a nuestros centros de secuenciación para control de calidad y secuenciación en plataformas Illumina o BGI.
