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PacBio-Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS de longitud completa
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) se desarrolla con años de experiencia en análisis de proyectos de diversidad microbiana, que contiene análisis básicos estandarizados y análisis personalizados: el análisis básico cubre el contenido de análisis principal de la investigación microbiana actual, el contenido del análisis es rico y completo. y los resultados del análisis se presentan en forma de informes de proyecto;El contenido del análisis personalizado es diverso.Se pueden seleccionar muestras y establecer parámetros de manera flexible de acuerdo con el informe de análisis básico y el propósito de la investigación, para cumplir con los requisitos personalizados.Sistema operativo Windows, sencillo y rápido.
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Transcriptoma completo de PacBio (sin referencia)
Tomando como entrada los datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio), esta aplicación puede identificar secuencias de transcripción completas (sin ensamblaje).Al mapear secuencias de longitud completa con respecto al genoma de referencia, las transcripciones se pueden optimizar mediante genes, transcripciones, regiones codificantes, etc. conocidos. En este caso, se puede lograr una identificación más precisa de las estructuras del ARNm, como el empalme alternativo, etc.El análisis conjunto con datos de secuenciación del transcriptoma NGS permite una anotación más completa y una cuantificación más precisa en la expresión a nivel de transcripción, lo que beneficia en gran medida la expresión diferencial y el análisis funcional posteriores.
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Cajas de herramientas
BMKCloud es una plataforma bioinformática líder que proporciona una solución integral para programas genómicos, en la que investigadores de diversos ámbitos confían ampliamente, incluidos el médico, el agrícola, el medioambiental, etc. BMKCloud se compromete a proporcionar servicios integrados, confiables y eficientes, incluidas plataformas y herramientas de análisis bioinformático. , recursos informáticos, bases de datos públicas, cursos de bioinformática en línea, etc. BMKCloud tiene varias herramientas bioinformáticas de uso frecuente que incluyen anotación de genes, herramientas genéticas evolutivas, ncRNA, control de calidad de datos, ensamblaje, alineación, extracción de datos, mutaciones, estadísticas, generador de figuras, secuencia. análisis, etc.
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ARN pequeño
Los ARN pequeños son tipos de ARN cortos no codificantes con una longitud promedio de 18 a 30 nt, incluidos miARN, siARN y piARN.Se ha informado masivamente que estos pequeños ARN están involucrados en diversos procesos biológicos, como la degradación del ARNm, la inhibición de la traducción, la formación de heterocromatina, etc. El análisis de secuenciación de pequeños ARN se ha aplicado ampliamente en estudios sobre el desarrollo de animales/plantas, enfermedades, virus, etc. La plataforma de análisis de secuenciación consta de análisis estándar y minería de datos avanzada.Sobre la base de los datos de RNA-seq, el análisis estándar puede lograr la identificación y predicción de miARN, la predicción, la anotación y el análisis de expresión del gen objetivo de miARN.El análisis avanzado permite la búsqueda y extracción personalizada de miARN, la generación de diagramas de Venn y la creación de redes de miARN y genes objetivo.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS es una plataforma de análisis de resecuenciación del genoma completo, desarrollada sobre la base de una rica experiencia en tecnologías de biomarcadores.Esta plataforma fácil de usar permite el envío rápido de un flujo de trabajo de análisis integrado simplemente configurando algunos parámetros básicos, que se adaptan a los datos de secuenciación de ADN generados tanto desde la plataforma Illumina como desde la plataforma de secuenciación BGI.Esta plataforma se implementa en un servidor informático de alto rendimiento, lo que permite un análisis de datos altamente eficiente en un tiempo muy limitado.La extracción de datos personalizada está disponible sobre la base de análisis estándar, incluida la consulta de genes mutados, el diseño de cebadores de PCR, etc.
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ARNm (referencia)
El transcriptoma es el vínculo entre la información genética genómica y el proteoma de la función biológica.La regulación del nivel transcripcional es el modo de regulación de los organismos más importante y más ampliamente estudiado.La secuenciación del transcriptoma puede secuenciar el transcriptoma en cualquier momento o bajo cualquier condición, con una resolución precisa de un solo nucleótido. Puede reflejar dinámicamente el nivel de transcripción genética, identificar y cuantificar simultáneamente transcripciones raras y normales, y proporcionar la información estructural de transcripciones específicas de muestra.
En la actualidad, la tecnología de secuenciación de transcriptomas se ha utilizado ampliamente en agronomía, medicina y otros campos de investigación, incluida la regulación del desarrollo de animales y plantas, la adaptación ambiental, la interacción inmune, la localización de genes, la evolución genética de especies y la detección de tumores y enfermedades genéticas.
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Metagenómica (NGS)
Esta plataforma de análisis está diseñada para el análisis de datos metagenómicos de escopetas sobre la base de años de experiencia.Consiste en un flujo de trabajo integrado que contiene varios análisis metagenómicos comúnmente necesarios, incluido el procesamiento de datos, estudios a nivel de especie, estudios a nivel de función genética, agrupación de metagenomas, etc. Además, se encuentran disponibles herramientas de extracción de datos personalizadas en el flujo de trabajo de análisis estándar, incluida la consulta de genes y especies. , parametrización, generación de figuras personalizadas, etc.
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LncARN
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son un tipo de transcripciones con una longitud superior a 200 nt, que no pueden codificar proteínas.La evidencia acumulada sugiere que es muy probable que la mayoría de los lncRNA sean funcionales.Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y las herramientas de análisis bioinformático nos permiten revelar secuencias de lncRNA e información de posicionamiento de manera más eficiente y nos llevan a descubrir lncRNA con funciones reguladoras cruciales.BMKCloud se enorgullece de ofrecer a nuestros clientes una plataforma de análisis de secuenciación de lncRNA para lograr un análisis de lncRNA rápido, confiable y flexible.
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GWAS
El estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) asociadas con rasgos específicos (fenotipo).Los estudios de GWA investigan marcadores genéticos que cruzan el genoma completo de un gran número de individuos y predicen asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadístico a nivel de población.La resecuenciación del genoma completo puede potencialmente descubrir todas las variantes genéticas.Junto con los datos fenotípicos, el GWAS se puede procesar para identificar SNP, QTL y genes candidatos relacionados con el fenotipo, lo que respalda firmemente el mejoramiento moderno de animales y plantas.SLAF es una estrategia de secuenciación del genoma simplificada de desarrollo propio que descubre marcadores distribuidos en todo el genoma, SNP.Estos SNP, como marcadores genéticos moleculares, pueden procesarse para estudios de asociación con rasgos específicos.Es una estrategia rentable para identificar rasgos complejos asociados a variaciones genéticas.
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Nanopore Transcriptómica de longitud completa
Las isoformas alternativas complejas y variables en los organismos son mecanismos genéticos importantes para regular la expresión genética y la diversidad de proteínas.La identificación precisa de las estructuras de transcripción es la base para un estudio en profundidad de los patrones de regulación de la expresión genética.La plataforma de secuenciación de nanoporos ha llevado con éxito el estudio transcriptómico al nivel de isoformas.Esta plataforma de análisis está diseñada para analizar datos de RNA-Seq generados en la plataforma Nanopore sobre la base del genoma de referencia, que logra análisis cualitativos y cuantitativos tanto a nivel genético como a nivel de transcripciones.
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circ-ARN
El ARN circular (circRNA) es un tipo de ARN no codificante, que recientemente se ha descubierto que desempeña un papel vital en las redes reguladoras involucradas en el desarrollo, la resistencia ambiental, etc. A diferencia de las moléculas de ARN lineal, por ejemplo, ARNm, ARNc, 3' y 5'. Los extremos del circRNA se unen para formar una estructura circular, lo que los salva de la digestión de la exonucleasa y son más estables que la mayoría de los RNA lineales.Se ha descubierto que el CircRNA tiene diversas funciones en la regulación de la expresión genética.CircRNA puede funcionar como ceRNA, que se une a miRNA de manera competitiva, lo que se conoce como esponja de miRNA.La plataforma de análisis de secuenciación CircRNA permite el análisis de la estructura y expresión del circRNA, la predicción de objetivos y el análisis conjunto con otros tipos de moléculas de ARN.
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BSA
La plataforma Bulked Segregant Analysis consta de un análisis estándar de un solo paso y un análisis avanzado con configuración de parámetros personalizada.BSA es una técnica empleada para identificar rápidamente marcadores genéticos asociados al fenotipo.El flujo de trabajo principal de BSA contiene: 1. seleccionar dos grupos de individuos con fenotipos extremadamente opuestos;2. combinar el ADN, el ARN o SLAF-seq (desarrollado por Biomarker) de todos los individuos para formar dos grupos de ADN;3. identificar secuencias diferenciales frente al genoma de referencia o entre ellas, 4. predecir regiones ligadas candidatas mediante el algoritmo de índice ED y SNP;5. Análisis funcional y enriquecimiento de genes en regiones candidatas, etc. También se encuentra disponible una extracción de datos más avanzada que incluye la detección de marcadores genéticos y el diseño de cebadores.
