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Nautilus es el único cefalópodo del Paleozoico con caparazón externo superviviente.Es único dentro de la genealogía de los cefalópodos y fundamental para comprender las novedades evolutivas de los cefalópodos.Aquí presentamos un completoNautilus pompiliogenoma como referencia genómica fundamental en las innovaciones de los cefalópodos, como el ojo estenopeico y la biomineralización.Nautilus muestra un genoma compacto y minimalista con pocos genes codificantes y tasas evolutivas lentas tanto en regiones codificantes como no codificantes entre los cefalópodos conocidos.Es importante destacar que múltiples innovaciones genómicas, incluidas las pérdidas de genes, la contracción independiente y la expansión de familias de genes específicas y sus redes reguladoras asociadas, probablemente moldearon la evolución del ojo estenopeico del nautilo.El conjunto de herramientas de biomineralización de moluscos conservados y los dominios repetitivos de baja complejidad específicos del linaje son esenciales para la construcción de la concha del nautilo.El genoma del nautilo constituye un recurso valioso para reconstruir los escenarios evolutivos y las innovaciones genómicas que dan forma a los cefalópodos existentes.