EVOLUCIÓN DEL GENOMA
Genoma de novo
Montaje|Determinación del sexo Todo el trabajo de secuenciación y servicios bioinformáticos parciales fueron proporcionados por Biomarker Techonologies.
Abstracto
“El fenotipo icónico de los dragones marinos incluye apéndices en forma de hojas, una boca tubular desdentada y un embarazo masculino que implica la incubación de huevos fertilizados en una "parcela de cría" abierta.Secuenciamos de novo los genomas masculinos y femeninos del dragón marino común (Phyllopteryx taeniolatus) y su especie estrechamente relacionada, el pez pipa caimán (Syngnathoides biaculeatus).Los perfiles de transcripción de una novedad evolutiva, los apéndices en forma de hojas, muestran que se ha cooptado un conjunto de genes típicamente implicados en el desarrollo de las aletas, así como un enriquecimiento de las transcripciones para posibles genes de reparación de tejidos y defensa inmune.Se descubrió que los mutantes de pez cebra para scpp5, que se pierde en todos los signátidos, carecían o tenían dientes faríngeos deformados, lo que respalda la hipótesis de que la pérdida de scpp5 ha contribuido a la pérdida de dientes en los signátidos.Se identificó un locus putativo determinante del sexo que codifica un gen amhr2y específico de macho compartido por el dragón marino común y el pez pipa caimán. "
Materiales y métodos:
Materiales
Fnuestro dragón marino común (P. taeniolatus) y dos peces pipa caimán (S. biaculeatus) especímenes.Se utilizaron dos individuos de dragón marino común (un macho y una hembra) y dos peces pipa caimán (un macho y una hembra) para la secuenciación del genoma completo, y otros dos individuos machos de dragón marino común se utilizaron para la resecuenciación del genoma.
Estrategia de secuenciación del genoma.
2Biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) o Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). Se utilizaron otros dos individuos masculinos de dragón marino común para la resecuenciación del genoma.
Secuenciación del transcriptoma
Fo se recolectaron dragón marino común, cerebro, ojo, branquias, hígado, corazón, riñón, mesenterio, intestino, músculo, aleta, piel, apéndices en forma de hojas, testículos y ovario.
Estrategia de ensamblaje del genoma de novo.
Canu (Corrección) + WTDBG2 (Ensamblaje) + Pilon (polaco) + Lachesis (Hi-C).
Resultados principales
Fig. 1. Características clave del dragón marino común (P. taeniolatus) y el pez pipa caimán (S. biaculeatus) y sus posiciones filogenéticas.
Fig. 2. Morfología y composición genética de los apéndices en forma de hojas del dragón marino común (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gen putativo de determinación del sexo en el dragón marino común (P. taeniolatus) y el pez pipa caimán (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotipos de dientes faríngeos en mutantes homocigotos scpp5 de pez cebra.
Hora de publicación: 08-ene-2022