ENSAMBLAJE DEL GENOMA T2T, GENOMA LIBRE DE GAP
1stDos genomas de arroz1
Título: El ensamblaje y la validación de dos genomas de referencia sin espacios para el arroz Xian/indica revela información sobre la arquitectura del centrómero de las plantas
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Hora de publicación: 01 de enero de 2021.
Instituto: Universidad Agrícola de Huazhong, China
Materiales
O. sativa xian/indicavariedades de arroz 'Zhenshan 97 (ZS97)' y 'Minghui 63 (MH63)
Estrategia de secuenciación
Lecturas NGS + lecturas HiFi + lecturas CLR + BioNano + Hi-C
Datos:
ZS97: lecturas HiFi de 8,34 Gb (~23x) + lecturas CLR de 48,39 Gb (~131x) + NGS de 25 Gb(~69x) + 2 celdas BioNano Irys
MH63: lecturas HiFi de 37,88 Gb (~103x) + lecturas CLR de 48,97 Gb (~132x) + NGS de 28 Gb(~76x) + 2 celdas BioNano Irys
Figura 1 Dos genomas de arroz sin espacios (MH63 y ZS97)
2ndGenoma del plátano2
Título: Cromosomas sin espacios de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Hora de publicación: 17 de abril de 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, Francia
Materiales
doble haploideMusa acuminadasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estrategia de secuenciación y datos:
Modo HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Mapa óptico (DLE-1+BspQ1)
Tabla 1 Comparación de ensamblajes del genoma de Musa acuminata (DH-Pahang)
Figura 2 Comparación de la arquitectura de los genomas de Musa
3rdGenoma de Phaeodactylum tricornutum3
Título: Ensamblaje del genoma telómero a telómero deP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Hora de publicación: 4 de mayo de 2021
Instituto: Western University, Canadá
Materiales
Phaeodactylum tricornutum(Colección de Cultivos de Algas y Protozoos CCAP 1055/1)
Estrategia de secuenciación y datos:
1 celda de flujo Oxford Nanopore minION + un experimento NextSeq 550 de salida media de extremo emparejado de 2 × 75
Figura 3 Flujo de trabajo para el ensamblaje del genoma de telómero a telómero
4thGenoma humano CHM134
Título: La secuencia completa de un genoma humano.
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Hora de publicación: 27 de mayo de 2021
Instituto: Institutos Nacionales de Salud (NIH), EE. UU.
Materiales: línea celular CHM13
Estrategia de secuenciación y datos:
30× secuenciación de consenso circular PacBio (HiFi), 120× secuenciación de lectura ultralarga Oxford Nanopore, 100× secuenciación sin PCR de Illumina (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos BioNano, y Strand-seq
Tabla 2 Comparación de ensamblajes de genoma humano GRCh38 y T2T-CHM13
Referencia
1.Sergey Nurk et al.La secuencia completa de un genoma humano.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosomas sin espacios de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Ensamblaje del genoma telómero a telómero de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.El ensamblaje y la validación de dos genomas de referencia sin espacios para el arroz Xian/indica revela información sobre la arquitectura del centrómero de las plantas.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Hora de publicación: 06-ene-2022