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ENSAMBLAJE DEL GENOMA T2T, GENOMA LIBRE DE GAP

1stDos genomas de arroz1

Título: El ensamblaje y la validación de dos genomas de referencia sin espacios para el arroz Xian/indica revela información sobre la arquitectura del centrómero de las plantas

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Hora de publicación: 01 de enero de 2021.

Instituto: Universidad Agrícola de Huazhong, China

Materiales

O. sativa xian/indicavariedades de arroz 'Zhenshan 97 (ZS97)' y 'Minghui 63 (MH63)

Estrategia de secuenciación

Lecturas NGS + lecturas HiFi + lecturas CLR + BioNano + Hi-C

Datos:

ZS97: lecturas HiFi de 8,34 Gb (~23x) + lecturas CLR de 48,39 Gb (~131x) + NGS de 25 Gb(~69x) + 2 celdas BioNano Irys

MH63: lecturas HiFi de 37,88 Gb (~103x) + lecturas CLR de 48,97 Gb (~132x) + NGS de 28 Gb(~76x) + 2 celdas BioNano Irys

Figura 1

Figura 1 Dos genomas de arroz sin espacios (MH63 y ZS97)

2ndGenoma del plátano2

Título: Cromosomas sin espacios de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Hora de publicación: 17 de abril de 2021.

Instituto: Université Paris-Saclay, Francia

Materiales

doble haploideMusa acuminadasppmalaccensis(DH-Pahang)

Estrategia de secuenciación y datos:

Modo HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Mapa óptico (DLE-1+BspQ1)

Tabla 1 Comparación de ensamblajes del genoma de Musa acuminata (DH-Pahang)

Tabla 1-Comparación-de-ensamblajes-del-genoma-humano-GRCh38-y-T2T-CHM13
Figura-Musa-genomas-arquitectura-comparación

Figura 2 Comparación de la arquitectura de los genomas de Musa

3rdGenoma de Phaeodactylum tricornutum3

Título: Ensamblaje del genoma telómero a telómero deP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Hora de publicación: 4 de mayo de 2021

Instituto: Western University, Canadá

Materiales

Phaeodactylum tricornutum(Colección de Cultivos de Algas y Protozoos CCAP 1055/1)

Estrategia de secuenciación y datos:

1 celda de flujo Oxford Nanopore minION + un experimento NextSeq 550 de salida media de extremo emparejado de 2 × 75

Figura-flujo-de-trabajo-para-ensamblaje-del-genoma-de-telómero-a-telómero-1-1024x740

Figura 3 Flujo de trabajo para el ensamblaje del genoma de telómero a telómero

4thGenoma humano CHM134

Título: La secuencia completa de un genoma humano.

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Hora de publicación: 27 de mayo de 2021

Instituto: Institutos Nacionales de Salud (NIH), EE. UU.

Materiales: línea celular CHM13

Estrategia de secuenciación y datos:

30× secuenciación de consenso circular PacBio (HiFi), 120× secuenciación de lectura ultralarga Oxford Nanopore, 100× secuenciación sin PCR de Illumina (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos BioNano, y Strand-seq

Tabla 2 Comparación de ensamblajes de genoma humano GRCh38 y T2T-CHM13

Tabla-de-comparación-de-ensamblajes-del-genoma-de-Musa-acuminata-DH-Pahang

Referencia

1.Sergey Nurk et al.La secuencia completa de un genoma humano.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Cromosomas sin espacios de telómero a telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Ensamblaje del genoma telómero a telómero de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.El ensamblaje y la validación de dos genomas de referencia sin espacios para el arroz Xian/indica revela información sobre la arquitectura del centrómero de las plantas.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Hora de publicación: 06-ene-2022

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