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Se ha reconocido que la amplificación de elementos transponibles (TE) es una fuerza impulsora que media en la expansión y evolución del tamaño del genoma, pero las consecuencias para la configuración de la arquitectura genómica 3D siguen siendo en gran medida desconocidas en las plantas.Aquí, informamos conjuntos de genomas de calidad de referencia para tres especies de algodón cuyo tamaño genómico triplica, a saberGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), yG. raimondii(D5), utilizando tecnologías Oxford Nanopore.Los análisis comparativos del genoma documentan los detalles de la amplificación TE específica del linaje que contribuye a las grandes diferencias en el tamaño del genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) e indican un contenido genético relativamente conservado y relaciones de sintenia entre genomas.Encontramos que aproximadamente el 17% de los genes sinténicos exhiben cambios en el estado de la cromatina entre los compartimentos activo (“A”) e inactivo (“B”), y la amplificación TE se asoció con el aumento de la proporción del compartimento A en las regiones genéticas (~ 7000 genes). ) en K2 y A2 con respecto a D5.Sólo el 42% de los límites del dominio de asociación topológica (TAD) se conservaron entre los tres genomas.Nuestros datos implican una amplificación reciente de TE luego de la formación de límites TAD específicos del linaje.Este estudio arroja luz sobre el papel de la expansión del genoma mediada por transposones en la evolución de la estructura de la cromatina de orden superior en las plantas.