GENOMA
Ensamblaje a escala cromosómica y análisis del genoma de Miscanthus lutarioriparius del cultivo de biomasa
Secuenciación de nanoporos |iluminar |Hola-C |Secuenciación de ARN |Filogenia
En este estudio, Biomarker Technologies brindó soporte técnico en secuenciación de nanoporos, ensamblaje del genoma de novo, ensamblaje asistido por Hi-C, etc.
Abstracto
miscanto, una planta perenne rizomatosa, tiene un gran potencial para la producción de bioenergía por su alta biomasa y tolerancia al estrés.Presentamos un ensamblaje a escala cromosómica deMiscanthus lutarioripariusgenoma combinando la secuenciación Oxford Nanopore y las tecnologías Hi-C.El conjunto de 2,07 Gb cubre el 96,64% del genoma, con un contig N50 de 1,71 Mb.Las secuencias de centrómero y telómero se ensamblan para los 19 cromosomas y el cromosoma 10, respectivamente.El origen alotetraploide de M. lutarioriparius se confirma mediante repeticiones de satélites centroméricos.Se demuestran claramente la estructura del genoma tetraploide y varios reordenamientos cromosómicos en relación con el sorgo.Genes duplicados en tándem deM. lutarioripariusestán funcionalmente enriquecidos no sólo en términos relacionados con la respuesta al estrés, sino también en la biosíntesis de la pared celular.Las familias de genes relacionadas con la resistencia a enfermedades, la biosíntesis de la pared celular y el transporte de iones metálicos se han ampliado y evolucionado enormemente.La expansión de estas familias puede ser una base genómica importante para la mejora de rasgos notables deM. lutarioriparius.
Estadísticas clave del ensamblaje del genoma.
Cifra.Descripción general del ensamblaje del genoma de M. lutarioriparius
Noticias y destacados tiene como objetivo compartir los últimos casos exitosos con Biomarker Technologies, capturando logros científicos novedosos, así como técnicas destacadas aplicadas durante el estudio.
Hora de publicación: 05-ene-2022