El genotipado de alto rendimiento, especialmente en poblaciones a gran escala, es un paso fundamental en los estudios de asociación genética, que proporciona una base genética para el descubrimiento de genes funcionales, análisis evolutivos, etc. En lugar de una resecuenciación profunda del genoma completo, se utiliza la secuenciación del genoma de representación reducida (RRGS). ) se introduce para minimizar el costo de secuenciación por muestra y, al mismo tiempo, mantener una eficiencia razonable en el descubrimiento de marcadores genéticos.Esto se logra comúnmente extrayendo fragmentos de restricción dentro de un rango de tamaño determinado, lo que se denomina biblioteca de representación reducida (RRL).La secuenciación de fragmentos amplificados en locus específico (SLAF-Seq) es una estrategia de desarrollo propio para el descubrimiento de novo de SNP y la genotipificación de SNP de grandes poblaciones.
Flujo de trabajo técnico
SLAF frente a métodos RRL existentes
Ventajas de SLAF
Mayor eficiencia en el descubrimiento de marcadores genéticos.– Combinado con tecnología de secuenciación de alto rendimiento, SLAF-Seq podría lograr cientos de miles de etiquetas descubiertas dentro del genoma completo para satisfacer la solicitud de diversos proyectos de investigación, con o sin un genoma de referencia.
Diseño experimental personalizado y flexible– Para diferentes objetivos de investigación o especies, se encuentran disponibles diferentes estrategias de digestión enzimática, incluida la digestión con una sola enzima, con dos enzimas y con múltiples enzimas.La estrategia de digestión se evaluará previamente in silico para asegurar un diseño enzimático óptimo.
Alta eficiencia en digestión enzimática.– La digestión enzimática prediseñadas proporciona SLAF distribuidos de manera más uniforme en el cromosoma.La eficiencia en la recolección de fragmentos puede alcanzar más del 95%.
Evite secuencias repetitivas– El porcentaje de secuencia repetitiva en los datos SLAF-Seq se reduce a menos del 5%, especialmente en especies con alto nivel de elementos repetitivos, como trigo, maíz, etc.
Flujo de trabajo bioinformático de desarrollo propio– BMK desarrolló un flujo de trabajo bioinformático integrado aplicable a la tecnología SLAF-Seq para garantizar la confiabilidad y precisión del resultado final.
Aplicación de SLAF
Mapa de ligamiento genético
Construcción de mapas genéticos de alta densidad e identificación de loci que controlan los rasgos de tipo floral en crisantemo (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Revista: Investigación en horticultura Publicado: 2020.7
GWAS
Identificación de un gen candidato asociado con el contenido de isofavonas en semillas de soja mediante mapeo de vinculación y asociación de todo el genoma
Revista: the Plant Journal Publicado: 2020.08
Genética evolutiva
El análisis genómico poblacional y el ensamblaje de novo revelan el origen del arroz maleza como un juego evolutivo
Revista: Planta Molecular Publicado: 2019.5
Análisis segregante masivo (BSA)
GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confiere resistencia a las cepas G2 y G3 del virus del mosaico de la soja
Revista: Planta, Célula y Medio Ambiente Publicado: 2021.04
Referencia
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: un método eficiente para el descubrimiento y genotipado de SNP de novo a gran escala mediante secuenciación de alto rendimiento [J].Más uno, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Construcción de mapas genéticos de alta densidad e identificación de loci que controlan los rasgos de tipo floral en crisantemo (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Res. hortica.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificación de un gen candidato asociado con el contenido de isoflavonas en semillas de soja mediante mapeo de asociación y ligamiento de todo el genoma.Planta J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.El análisis genómico de poblaciones y el ensamblaje de novo revelan el origen del arroz maleza como un juego evolutivo.Planta Mol.2019;12(5):632-647.Planta Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confiere resistencia a las cepas G2 y G3 del virus del mosaico de la soja.Entorno de células vegetales.2021;10.1111/pce.14066
Hora de publicación: 04-ene-2022