Secuenciación metagenómica-Nanopore
Ventajas del servicio
● Ensamblaje de alta calidad: mejora la precisión de la identificación de especies y la predicción de genes funcionales.
● Aislamiento cerrado del genoma bacteriano.
● Aplicación más potente y fiable en diversas áreas, por ejemplo, detección de microorganismos patógenos o genes relacionados con la resistencia a antibióticos.
● Análisis comparativo del metagenoma.
Especificaciones de servicio
| Plataforma | Secuenciación | Datos recomendados | Tiempo de respuesta |
| nanoporo | ONT | 6G/10G | 65 días laborables |
Análisis bioinformáticos.
● Control de calidad de los datos sin procesar
● Ensamblaje del metagenoma
● Conjunto de genes y anotaciones no redundantes
● Análisis de diversidad de especies.
● Análisis de diversidad de funciones genéticas.
● Análisis intergrupal
● Análisis de asociación frente a factores experimentales.
Requisitos de muestra y entrega
Requisitos de muestra y entrega.
Requisitos de muestra:
Paraextractos de ADN:
| Tipo de ejemplo | Cantidad | Concentración | Pureza |
| extractos de ADN | 1-1,5 µg | > 20 ng/μl | DO260/280= 1,6-2,5 |
Para muestras ambientales:
| Tipo de ejemplo | Procedimiento de muestreo recomendado |
| Suelo | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Es necesario eliminar de la superficie los restos de sustancia marchita;Moler trozos grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP o criotubo estéril para reserva. |
| Heces | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoja y haga alícuotas de muestras en un tubo EP o criotubo estéril para reservarlas. |
| Contenido intestinal | Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lavar el tejido recogido con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP. |
| Lodo | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoger y tomar alícuotas de la muestra de lodo en un tubo EP o criotubo estéril para reservar |
| Agua corporal | Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 litro de agua y páselo a través de un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril. |
| Piel | Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo de algodón esterilizado o un bisturí quirúrgico y colóquelo en un tubo esterilizado. |
Entrega de muestra recomendada
Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere envío de muestras con hielo seco.
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Servicios postventa
1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies
2.Genes funcionales anotados en las vías metabólicas de KEGG.
3.Red de correlación de especies
4.Circos de genes de resistencia a antibióticos CARD
Caso BMK
La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores
Publicado:Biotecnología de la naturaleza, 2019
Aspectos técnicos destacados
Secuenciación: Nanopore MinION
Bioinformática de metagenómica clínica: agotamiento del ADN del huésped, análisis WIMP y ARMA
Detección rápida: 6 horas
Alta sensibilidad: 96,6%
Resultados clave
En 2006, las infecciones de las vías respiratorias inferiores (LR) causaron 3 millones de muertes humanas en todo el mundo.El método típico para la detección del patógeno LR1 es el cultivo, que tiene poca sensibilidad, tiempo de respuesta prolongado y falta de orientación en la terapia antibiótica temprana.Un diagnóstico microbiano rápido y preciso ha sido durante mucho tiempo una necesidad urgente.El Dr. Justin de la Universidad de East Anglia y sus socios desarrollaron con éxito un método metagenómico basado en nanoporos para la detección de patógenos.Según su flujo de trabajo, se puede agotar el 99,99% del ADN del huésped.La detección de patógenos y genes resistentes a los antibióticos se puede finalizar en 6 horas.
Referencia
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. y O'Grady, J.(2019).La metagenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido de infecciones bacterianas de las vías respiratorias inferiores.Biotecnología de la naturaleza, 37(7), 1.
