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Secuenciación metagenómica (NGS)
El metagenoma se refiere a una colección de material genético total de una comunidad mixta de organismos, como el metagenoma ambiental, el metagenoma humano, etc. Contiene genomas de microorganismos tanto cultivables como no cultivables.La secuenciación metagenómica es una herramienta molecular utilizada para analizar los materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales, que proporciona información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, la estructura de la población, la relación filogenética, los genes funcionales y la red de correlación con los factores ambientales.
Plataforma:Illumina NovaSeq6000
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Secuenciación metagenómica-Nanopore
La metagenómica es una herramienta molecular utilizada para analizar los materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales, que proporciona información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, la estructura de la población, la relación filogenética, los genes funcionales y la red de correlación con factores ambientales, etc. Las plataformas de secuenciación de nanoporos se han introducido recientemente. a los estudios metagenómicos.Su excelente desempeño en la longitud de lectura mejoró en gran medida el análisis metagenómico posterior, especialmente el ensamblaje del metagenoma.Aprovechando las ventajas de la longitud de lectura, el estudio metagenómico basado en Nanopore puede lograr un ensamblaje más continuo en comparación con la metagenómica de escopeta.Se ha publicado que la metagenómica basada en nanoporos generó con éxito genomas bacterianos completos y cerrados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al,Naturaleza Biotecnología, 2020)
Plataforma:Nanoporo PromethION P48
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Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-PacBio
La subunidad del ARNr 16S y 18S que contiene regiones altamente conservadas e hipervariables es una huella digital molecular perfecta para la identificación de organismos procarióticos y eucarióticos.Aprovechando la secuenciación, estos amplicones se pueden orientar en función de las partes conservadas y las regiones hipervariables se pueden caracterizar por completo para la identificación microbiana, lo que contribuye a los estudios que cubren el análisis de la diversidad microbiana, la taxonomía, la filogenia, etc. ) de la plataforma PacBio permite obtener lecturas largas de alta precisión, que podrían cubrir amplicones de longitud completa (aprox. 1,5 Kb).La visión ampliada del campo genético mejoró en gran medida la resolución en la anotación de especies en la comunidad de bacterias u hongos.
Plataforma:PacBio Secuela II
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Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-NGS
La secuenciación de amplicón 16S/18S/ITS tiene como objetivo revelar la filogenia, la taxonomía y la abundancia de especies en una comunidad microbiana mediante la investigación de productos de PCR de marcadores genéticos de mantenimiento que contienen partes altamente conversadas e hipervariables.La introducción de estas huellas dactilares moleculares perfectas por Woeses et al, (1977) permite la creación de perfiles de microbiomas sin aislamiento.La secuenciación de 16S (bacterias), 18S (hongos) y el espaciador transcrito interno (ITS, hongos) permite la identificación tanto de especies abundantes como de especies raras y no identificadas.Esta tecnología se ha convertido en una herramienta importante y ampliamente aplicada para identificar la composición microbiana diferencial en diversos entornos, como la boca humana, los intestinos, las heces, etc.
Plataforma:Illumina NovaSeq6000
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Resecuenciación del genoma completo bacteriano y fúngico
La resecuenciación del genoma completo de bacterias y hongos es una herramienta crítica para completar los genomas de bacterias y hongos conocidos, así como para comparar múltiples genomas o mapear genomas de nuevos organismos.Es de gran importancia secuenciar genomas completos de bacterias y hongos para generar genomas de referencia precisos, para realizar la identificación microbiana y otros estudios genómicos comparativos.
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
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Genoma fúngico
Las tecnologías de biomarcadores proporcionan un estudio del genoma, un genoma fino y un genoma pene-completo de hongos según el objetivo de investigación específico.La secuenciación, el ensamblaje y la anotación funcional del genoma se pueden lograr combinando la secuenciación de próxima generación + la secuenciación de tercera generación para lograr un ensamblaje del genoma de alto nivel.La tecnología Hi-C también se puede emplear para facilitar el ensamblaje del genoma a nivel cromosómico.
Plataforma:PacBio Secuela II
Nanoporo PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
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Genoma completo de bacterias
Biomarker Technologies proporciona un servicio de secuenciación en la construcción del genoma completo de bacterias con brecha cero.El flujo de trabajo principal de la construcción del genoma completo de bacterias incluye secuenciación de tercera generación, ensamblaje, anotación funcional y análisis bioinformático avanzado que cumplen objetivos de investigación específicos.Un perfil más completo del genoma de las bacterias permite revelar los mecanismos fundamentales que subyacen a sus procesos biológicos, lo que también podría proporcionar una referencia valiosa para las investigaciones genómicas en especies eucariotas superiores.
Plataforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Secuela II
