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Secuenciación del genoma de novo de plantas/animales
de novola secuenciación se refiere a la construcción del genoma completo de una especie utilizando tecnologías de secuenciación, por ejemplo, PacBio, Nanopore, NGS, etc., en ausencia de un genoma de referencia.La notable mejora en la longitud de lectura de las tecnologías de secuenciación de tercera generación ha brindado nuevas oportunidades para ensamblar genomas complejos, como aquellos con alta heterocigosidad, alta proporción de regiones repetitivas, poliploides, etc. Con una longitud de lectura de decenas de kilobases, estas lecturas de secuenciación permiten resolución de elementos repetitivos, regiones con contenidos anormales de GC y otras regiones altamente complejas.
Plataforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
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Ensamblaje del genoma basado en Hi-C
Hi-C es un método diseñado para capturar la configuración cromosómica mediante la combinación de interacciones de sondeo basadas en la proximidad y la secuenciación de alto rendimiento.Se cree que la intensidad de estas interacciones está negativamente correlacionada con la distancia física en los cromosomas.Por lo tanto, los datos de Hi-C podrían guiar la agrupación, el orden y la orientación de las secuencias ensambladas en un borrador del genoma y anclarlas en una determinada cantidad de cromosomas.Esta tecnología permite un ensamblaje del genoma a nivel de cromosomas en ausencia de un mapa genético basado en la población.Cada genoma individual necesita un Hi-C.
Plataforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
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Genética evolutiva
La genética evolutiva es un servicio de secuenciación empaquetado diseñado para proporcionar una interpretación completa de la información evolutiva de materiales dados en función de variaciones genéticas, incluidos SNP, InDels, SV y CNV.Proporciona todos los análisis fundamentales necesarios para describir los cambios evolutivos y las características genéticas de las poblaciones, como la estructura de la población, la diversidad genética, las relaciones de filogenia, etc. También contiene estudios sobre el flujo de genes, lo que permite la estimación del tamaño efectivo de la población y el tiempo de divergencia.
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Genómica Comparada
La genómica comparativa literalmente significa comparar las secuencias y estructuras genómicas completas de diferentes especies.Esta disciplina tiene como objetivo revelar la evolución de las especies, la función de los genes, el mecanismo de regulación de los genes a nivel del genoma mediante la identificación de las estructuras de secuencia y los elementos que se conservaron o diferenciaron entre diferentes especies.El estudio típico de genómica comparativa incluye análisis en la familia de genes, desarrollo evolutivo, duplicación del genoma completo, presión selectiva, etc.
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Análisis de segregación masiva
El análisis segregante masivo (BSA) es una técnica empleada para identificar rápidamente marcadores genéticos asociados al fenotipo.El flujo de trabajo principal de BSA contiene la selección de dos grupos de individuos con fenotipos extremadamente opuestos, la combinación del ADN de todos los individuos para formar dos grupos de ADN, la identificación de secuencias diferenciales entre dos grupos.Esta técnica se ha empleado ampliamente en la identificación de marcadores genéticos fuertemente asociados con genes específicos en genomas de plantas/animales.
