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Análisis de asociación de todo el genoma

El estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) asociadas con rasgos específicos (fenotipo).El estudio GWAS investiga marcadores genéticos que cruzan el genoma completo de un gran número de individuos y predice asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadístico a nivel de población.Se ha aplicado ampliamente en la investigación de enfermedades humanas y en la extracción de genes funcionales de rasgos complejos de animales o plantas.

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1.Ventajas del servicio

● Abundantes casos de proyectos: desde su creación en 2009, BMKGENE ha completado cientos de proyectos de especies en la investigación de poblaciones GWAS, ha ayudado a los investigadores a publicar más de 100 artículos y el factor de impacto acumulativo alcanzó 500.
● Analistas profesionales.
● Ciclo de análisis corto.
● Minería de datos precisa.

2. Especificaciones del servicio

Tipo	Escala de población	Estrategia de secuenciación y profundidad.
SLAF-GWAS	Número de muestra ≥200	Tamaño del genoma <400M, con genoma ref, se recomienda WGS
		Tamaño del genoma ≤ 1G, etiquetas 100K y 10X
		1G ≤ Tamaño del genoma ≤ 2G, etiquetas 200K y 10X
		Tamaño del genoma > 2G, etiquetas 300K y 10X
WGS-GWAS	Número de muestra ≥200	10 veces por cada muestra

3. Selección de materiales

Diferentes variedades, subespecies, variedades locales/bancos de germoplasma/familias mixtas/recursos silvestres

Diferentes variedades, subespecies, variedades locales.

Familia de medios hermanos/familia de hermanos completos/recursos silvestres

4. Análisis de bioinformación

● Análisis de asociación de todo el genoma
● Análisis y detección de SNP significativos.
● Anotación funcional del gen candidato.

5. Flujo de trabajo del servicio

Diseño de experimentos

Entrega de muestra

extracción de ARN

construcción de biblioteca

Secuenciación

Análisis de los datos

Servicios postventa

Anterior: Secuenciación de ARN de un solo núcleo

Próximo:

a.Control de calidad del fenotipo

Histograma de distribución de frecuencia

Estadísticas de fenotipo

b.Análisis de asociación (Modelo: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)

Trama QQ

Parcela de Manhattan

Año	Diario	IF	Título
2022	NC	17,69	Base genómica de los gigacromosomas y el gigagenoma de la peonía arbórea Paeonia ostii
2015	NP	7.43	Las huellas de domesticación anclan regiones genómicas de importancia agronómica en la soja
2018	MP	9.32	La resecuenciación del genoma completo de una colección mundial de muestras de colza revela la base genética de su divergencia ecotipo
2022	HR	7.29	El análisis de asociación de todo el genoma proporciona información molecular sobre la variación natural del tamaño de las semillas de sandía