Profundice en el potencial del estudio de variedades silvestres de especies de investigación, ejemplificado por un caso fundamental de los clientes de BMKGENE.Publicado recientemente en la edición de este año del Plant Biotechnology Journal, el artículo titulado “Genoma salvaje de Hevea brasiliensis a nivel cromosómico: potenciando la reproducción asistida por genómica y desenterrando loci vitales para un rendimiento elevado del caucho” constituye una referencia valiosa.
El árbol del caucho brasileño (Hevea brasiliensis) se erige como una fuente fundamental de caucho natural.A lo largo del siglo pasado, las metodologías tradicionales de mejoramiento provocaron un notable aumento de seis veces en la producción de caucho.Sin embargo, la base genética subyacente responsable de la posible mejora del rendimiento del caucho sigue siendo enigmática.
Este estudio se embarcó en la construcción de un genoma a nivel de cromosomas para el árbol del caucho silvestre, empleando una sinergia de secuenciación de lectura larga Nanopore, secuenciación Illumina NGS y tecnología Hi-C.
Paralelamente, se reunió un tesoro de 147 recursos de germoplasma, que abarcan variaciones de alto rendimiento, cepas silvestres y especies relacionadas, para una resecuenciación integral del genoma completo (WGS) utilizando la plataforma Illumina.Los datos de secuenciación resultantes se sometieron a un riguroso análisis de genética de poblaciones, lo que permitió la disección de la estructura, la diversidad y el desequilibrio de vinculación de la población.Este análisis arrojó luz sobre las variaciones de domesticación entre poblaciones.
Investigaciones adicionales abarcaron análisis que abarcan Fst, π, D de Tajima y LD, con el objetivo de revelar señales de selección que surgen de un rendimiento mejorado de látex, centrándose especialmente en los clones de Wickham.
Como resultado de un análisis de asociación de todo el genoma (GWAS), se identificaron marcadores vinculados a rasgos de rendimiento y, posteriormente, genes relacionados con el rendimiento.La validación inicial reveló actividades transcripcionales distintivas en diferentes mutantes para dos genes ERF, lo que proporcionó una visión preliminar de su importancia funcional.Está prevista una mayor corroboración en próximas investigaciones.
BMKGENE se enorgullece de contribuir a la resecuenciación extensa del genoma completo de esta población considerable, junto con un papel sustancial en el análisis bioinformático.Nuestra amplia experiencia abarca la secuenciación NGS/TGS y el análisis bioinformático multiómico en una variedad de más de 1000 especies.Esperamos tener la posibilidad de asociarnos con usted en sus próximos proyectos.
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Hora de publicación: 29 de agosto de 2023