Plataforma | Tamaño de la biblioteca | Rendimiento de datos teóricos (por celda) | Precisión de base única | Aplicaciones |
nanoporo | 8 Kb, 10 kb, 20 kb, ultralargo, ADNc-PCR | 70-90 Gb/celda | 85-92% | Llamada SV, De novo, Secuenciación completa, Iso-Seq, Anotación genética, Detección de metilación del ADN |
● Más de 5 años de experiencia en la plataforma de secuenciación PacBio con miles de proyectos cerrados con diversas especies.
● BMKGENE es socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación de doble plataforma ARN/ADN.
● Existen modelos convencionales de secuenciadores con equipamiento completo y suficiente rendimiento de secuenciación.
● Basado en la plataforma Nanopore, más de 10 investigaciones de Denovo sobre animales y plantas han sido publicadas en revistas de renombre internacional.
Tipo de ejemplo | Cantidad | Concentración (Qubit ®) | Volumen | Pureza | Otros |
ADN genómico | Depende del requisito de datos | ≥20ng/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Pico claro a 260 nm, sin contaminaciones | La concentración debe medirse mediante Qubit y Qubit/Nanopore ≤ 2 |
ARN total | ≥1,2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | DO260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; sin contaminaciones | Valor RIN ≥7,5 |
Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ADN.
Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.
BMKID | rawNumSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | limpioN50Len | limpioN90Len | limpiarMeanLen | limpiarMaxLen | limpioMeanQual |
ADN_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143,181 | 9 |
Evaluación de la calidad de los datos de la muestra de ARN
Tabla 1. Estadísticas sobre datos limpios.
Nombre del archivo | Identificación del cliente | LeerNum | Númbase | N50 | Longitud media | Longitud máxima | Puntuación Q media |
ARN_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Figura 1. Distribución de longitud de lectura
Figura 2. Distribución del puntaje de calidad de datos limpios
Figura 3. Distribución de puntuación de longitud y calidad de datos limpios