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Transcriptoma de longitud completa PacBio (sin referencia)
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) se desarrolla con años de experiencia en análisis de proyectos de diversidad microbiana, que contiene análisis básico estandarizado y análisis personalizado: el análisis básico cubre el contenido de análisis principal de la investigación microbiana actual, el contenido de análisis es rico y completo, y los resultados del análisis se presentan en forma de informes de proyectos;El contenido del análisis personalizado es diverso.Las muestras se pueden seleccionar y los parámetros se pueden configurar de manera flexible de acuerdo con el informe de análisis básico y el propósito de la investigación, para cumplir con los requisitos personalizados.Sistema operativo Windows, sencillo y rápido.
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Transcriptoma de longitud completa PacBio (sin referencia)
Tomando datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio) como entrada, esta aplicación puede identificar secuencias de transcripción completas (sin ensamblar).Mediante el mapeo de secuencias completas contra el genoma de referencia, las transcripciones pueden optimizarse mediante genes conocidos, transcripciones, regiones codificantes, etc. En este caso, se puede lograr una identificación más precisa de estructuras de ARNm, como corte y empalme alternativo, etc.El análisis conjunto con los datos de secuenciación del transcriptoma NGS permite una anotación más completa y una cuantificación más precisa en la expresión a nivel de transcripción, lo que beneficia en gran medida la expresión diferencial posterior y el análisis funcional.
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Cajas de herramientas
BMKCloud es una plataforma bioinformática líder que brinda una solución integral para programas genómicos, en la que confían ampliamente los investigadores en diversos campos, incluidos el médico, agrícola, ambiental, etc. BMKCloud se compromete a proporcionar servicios integrados, confiables y eficientes que incluyen plataformas y herramientas de análisis bioinformático. , recursos informáticos, base de datos pública, cursos bioinformáticos en línea, etc. BMKCloud tiene varias herramientas bioinformáticas de uso frecuente que incluyen anotación de genes, herramientas genéticas evolutivas, ncRNA, control de calidad de datos, ensamblaje, alineación, extracción de datos, mutaciones, estadísticas, generador de figuras, secuencia análisis, etc
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ARN pequeño
Los ARN pequeños son un tipo de ARN no codificante corto con una longitud promedio de 18-30 nt, incluidos miARN, siARN y piARN.Se ha informado masivamente que estos ARN pequeños están involucrados en varios procesos biológicos, como la degradación del ARNm, la inhibición de la traducción, la formación de heterocromatina, etc. El análisis de secuenciación de ARN pequeño se ha aplicado ampliamente en estudios sobre el desarrollo de animales/plantas, enfermedades, virus, etc. La plataforma de análisis de secuenciación consta de análisis estándar y minería de datos avanzada.Sobre la base de los datos de RNA-seq, el análisis estándar puede lograr la identificación y predicción de miRNA, la predicción del gen diana de miRNA, la anotación y el análisis de expresión.El análisis avanzado permite la búsqueda y extracción personalizada de miARN, la generación de diagramas de Venn, la creación de redes de miARN y genes diana.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS es una plataforma de análisis de resecuenciación del genoma completo, que se desarrolla sobre la base de una rica experiencia en tecnologías de biomarcadores.Esta plataforma fácil de usar permite el envío rápido de un flujo de trabajo de análisis integrado simplemente configurando algunos parámetros básicos, que se adaptan a los datos de secuenciación de ADN generados desde la plataforma Illumina y la plataforma de secuenciación BGI.Esta plataforma se implementa en un servidor informático de alto rendimiento, lo que permite un análisis de datos altamente eficiente en un tiempo muy limitado.La minería de datos personalizada está disponible sobre la base del análisis estándar, incluida la consulta de genes mutados, el diseño de cebadores de PCR, etc.
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ARNm (referencia)
El transcriptoma es el vínculo entre la información genética genómica y el proteoma de la función biológica.La regulación del nivel transcripcional es el modo de regulación más importante y más ampliamente estudiado de los organismos.La secuenciación del transcriptoma puede secuenciar el transcriptoma en cualquier momento o bajo cualquier condición, con una resolución precisa de un solo nucleótido. Puede reflejar dinámicamente el nivel de transcripción de genes, identificar y cuantificar simultáneamente transcritos raros y normales, y proporcionar la información estructural de ejemplos de transcripciones específicas.
En la actualidad, la tecnología de secuenciación de transcriptomas se ha utilizado ampliamente en agronomía, medicina y otros campos de investigación, incluida la regulación del desarrollo animal y vegetal, la adaptación ambiental, la interacción inmunitaria, la localización de genes, la evolución genética de especies y la detección de enfermedades genéticas y de tumores.
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Metagenómica (NGS)
Esta plataforma de análisis está diseñada para el análisis de datos metagenómicos de escopeta sobre la base de años de experiencia.Consiste en un flujo de trabajo integrado que contiene varios de los análisis metagenómicos comúnmente necesarios, incluido el procesamiento de datos, estudios a nivel de especie, estudios a nivel de función de genes, agrupamiento de metagenomas, etc. Además, las herramientas de extracción de datos personalizadas están disponibles en el flujo de trabajo de análisis estándar, incluida la consulta de genes y especies. , configuración de parámetros, generación de figuras personalizadas, etc.
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LncRNA
Los ARN no codificantes largos (lncRNA) son un tipo de transcritos con una longitud superior a 200 nt, que no pueden codificar proteínas.La evidencia acumulada sugiere que es muy probable que la mayoría de los lncRNA sean funcionales.Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y las herramientas de análisis bioinformático nos permiten revelar secuencias de lncRNA e información de posicionamiento de manera más eficiente y nos llevan a descubrir lncRNA con funciones reguladoras cruciales.BMKCloud se enorgullece de proporcionar a nuestros clientes una plataforma de análisis de secuenciación de lncRNA para lograr un análisis de lncRNA rápido, confiable y flexible.
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GWAS
El estudio de asociación del genoma completo (GWAS) tiene como objetivo identificar variantes genéticas (genotipo) que se asocian con rasgos específicos (fenotipo).Los estudios de GWA investigan los marcadores genéticos en todo el genoma de un gran número de individuos y predicen las asociaciones genotipo-fenotipo mediante análisis estadísticos a nivel de población.La resecuenciación del genoma completo puede potencialmente descubrir todas las variantes genéticas.Junto con los datos fenotípicos, GWAS se puede procesar para identificar SNP, QTL y genes candidatos relacionados con el fenotipo, lo que respalda firmemente la cría moderna de animales y plantas.SLAF es una estrategia de secuenciación del genoma simplificada de desarrollo propio, que descubre marcadores distribuidos en todo el genoma, SNP.Estos SNP, como marcadores genéticos moleculares, pueden procesarse para estudios de asociación con rasgos específicos.Es una estrategia rentable para identificar rasgos complejos asociados a variaciones genéticas.
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Transcriptomia completa de nanoporos
Las isoformas alternativas complejas y variables en los organismos son mecanismos genéticos importantes para regular la expresión génica y la diversidad de proteínas.La identificación precisa de las estructuras de transcripción es la base para un estudio en profundidad de los patrones de regulación de la expresión génica.La plataforma de secuenciación de nanoporos ha llevado con éxito el estudio transcriptómico al nivel de isoformas.Esta plataforma de análisis está diseñada para analizar los datos de RNA-Seq generados en la plataforma Nanopore sobre la base del genoma de referencia, lo que logra análisis cualitativos y cuantitativos tanto a nivel genético como a nivel de transcripciones.
