Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS-PacBio
Ventajas del servicio
● Lecturas largas que revelan la secuencia completa de 16S/18S/ITS
● Llamada base de alta precisión con secuenciación en modo PacBio CCS
● Resolución a nivel de especie en anotación OTU/ASV
● Último flujo de análisis QIIME2 con diversos análisis en términos de base de datos, anotaciones, OTU/ASV.
● Aplicable a diversos estudios de comunidades microbianas.
● BMK posee una amplia experiencia con más de 100.000 muestras al año, que abarcan suelo, agua, gas, lodos, heces, intestinos, piel, caldo de fermentación, insectos, plantas, etc.
● BMKCloud facilitó la interpretación de datos que contiene 45 herramientas de análisis personalizadas.
Especificaciones de servicio
| SecuenciaciónPlataforma | Biblioteca | Datos recomendados | Tiempo de respuesta |
| PacBio Secuela II | Campana SMRT | Etiquetas 5K/10K/20K | 44 días laborables |
Análisis bioinformáticos.
● Control de calidad de los datos sin procesar
● Agrupación OTU/eliminación de ruido (ASV)
● Anotación OTU
● Diversidad alfa
● Diversidad beta
● Análisis intergrupal
● Análisis de asociación frente a factores experimentales.
● Función de predicción de genes.
Requisitos de muestra y entrega
Requisitos de muestra:
Paraextractos de ADN:
| Tipo de ejemplo | Cantidad | Concentración | Pureza |
| extractos de ADN | > 1 µg | > 20 ng/μl | DO260/280= 1,6-2,5 |
Para muestras ambientales:
| Tipo de ejemplo | Procedimiento de muestreo recomendado |
| Suelo | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Es necesario eliminar de la superficie los restos de sustancia marchita;Moler trozos grandes y pasar por filtro de 2 mm;Muestras alícuotas en tubo EP o criotubo estéril para reserva. |
| Heces | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoja y haga alícuotas de muestras en un tubo EP o criotubo estéril para reservarlas. |
| Contenido intestinal | Las muestras deben procesarse en condiciones asépticas.Lavar el tejido recogido con PBS;Centrifugar el PBS y recoger el precipitante en tubos EP. |
| Lodo | Cantidad de muestra: aprox.5 gramos;Recoger y tomar alícuotas de la muestra de lodo en un tubo EP o criotubo estéril para reservar |
| Agua corporal | Para muestras con una cantidad limitada de microbios, como agua del grifo, agua de pozo, etc., recolecte al menos 1 litro de agua y páselo a través de un filtro de 0,22 μm para enriquecer los microbios en la membrana.Guarde la membrana en un tubo estéril. |
| Piel | Raspe con cuidado la superficie de la piel con un hisopo de algodón esterilizado o un bisturí quirúrgico y colóquelo en un tubo esterilizado. |
Entrega de muestra recomendada
Congele las muestras en nitrógeno líquido durante 3 a 4 horas y guárdelas en nitrógeno líquido o a -80 grados para una reserva a largo plazo.Se requiere envío de muestras con hielo seco.
Flujo de trabajo del servicio
Entrega de muestra
construcción de biblioteca
Secuenciación
Análisis de los datos
Servicios postventa
1. Tasa de anotación de perfiles de comunidad microbiana basados en V3+V4(Illumina) frente a perfiles basados en completo (PacBio).
(Se aplicaron datos de 30 proyectos seleccionados al azar para las estadísticas)
2. Tasa de anotación de la secuenciación completa de amplicones a nivel de especie en diferentes tipos de muestras
3.Distribución de especies
4.árbol filogenético
Caso BMK
La exposición al arsénico induce daño a la barrera intestinal y la consiguiente activación del eje intestino-hígado, lo que provoca inflamación y piroptosis del hígado en patos.
Publicado:Ciencia del Medio Ambiente Total,2021
Estrategia de secuenciación:
Muestras: Control frente a grupo expuesto a 8 mg/kg de ATO
Rendimiento de datos de secuenciación: 102.583 secuencias CCS sin procesar en total
Control: 54.518 ± 747 CCS efectivos
Expuesto a ATO: 45.050 ± 1675 CCS efectivos
Resultados clave
Diversidad alfa:La exposición a ATO alteró significativamente la riqueza y diversidad microbiana intestinal en los patos.
Análisis de metastáticos:
A nivel de filo: 2 filos bacterianos solo se detectan en los grupos de control
A nivel de género: se encontraron 6 géneros significativamente diferentes en abundancia relativa
A nivel de especie: se identificaron 36 especies en total, 6 de ellas significativamente diferentes en abundancia relativa
Referencia
Thingholm, LB y col."Las personas obesas con y sin diabetes tipo 2 muestran diferente capacidad funcional y composición microbiana intestinal".Huésped celular y microbio26.2 (2019).
