Tuta transkriptomsekvencado - Illumina
Servaj Avantaĝoj
● Taksado pri ĉiuj specoj de RNA-oj laŭ kalkuloj, esprimo kaj kromosom-bazita relativa esprimo
● Identigo de diferencige esprimitaj RNA-oj kaj responda esprimo
● Gena kunesprima analizo
● analizo de reto ceRNA
● Ŝlosilgenoj implikis vojan analizon
● BMKCloud-bazita rezulto livero: Personigita datuma-minado havebla sur platformo
● Post-vendaj servoj validaj dum 3 monatoj post la finiĝo de la projekto
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Platformo | Rekomenditaj datumoj | Datumoj QC |
| Tuta RNA | Illumina PE150 kaj SE50 | Cirk/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M legaĵoj | Q30≥85% |
Ekzemplaj Postuloj:
Nukleotidoj:
| Pureco | Integreco | Poluado | Kvanto |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | Por plantoj: RIN≥6.5;Por bestoj: RIN≥7;28S/18S≥1.0;limigita aŭ neniu bazlinia alteco | Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Konk.≥100 ng/μl;Volumo ≥ 10 μl;Entute ≥ 2 μg |
Histo: Pezo (seka): ≥1 g
*Por histo pli malgranda ol 5 mg, ni rekomendas sendi fulmfrostitan (en likva nitrogeno) histo-provaĵo.
Ĉela suspendo: Ĉelkalkulo = 3×107
*Ni rekomendas sendi frostitan ĉelan lizaton.En kazo tiu ĉelo nombras pli malgranda ol 5×105, fulmo frostigita en likva nitrogeno estas rekomendita.
Sangaj specimenoj:
PA×genoBloodRNATube;
6mLTRIzol kaj 2mL sango (TRIzol:Sango=3:1)
Rekomendita Specimena Livero
Ujo:
2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendado:
1.Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2.RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformadiko
1.Takso sur ĉiuj specoj de RNA-oj bazitaj relativa esprimo
Cirkoj pri la signifo de la diferencoj en RNA-esprimo
2.Integrita KEGG-voja reto
Integrita KEGG-vojreto
3.ceRNA-retanalizo
ceRNA Ret-bazitaj DE-circRNA-miRNA-mRNA-Interagoj
Kazo BMK
CircRNA Expression Pattern kaj ceRNA kaj miRNA-mRNA-Retoj Implikitaj en Anther Development en la CMS-Linio de Brassica campestris
Eldonita:Internacia Revuo de Molekulaj Sciencoj,2019
La NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ĉeloj kaj negativa kontrolo (sh-Scr) ĉeloj estis akiritaj en la tago 6 de specifa virusa infekto.
Ŝlosilaj rezultoj
Tiu ĉi studo establis la Polima citoplasma maskla sterileco (CMS) linio "Bcpol97-05A", kaj la fekundan linion, "Bcajh97-01B", en Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, syn.B. rapa ssp.chinensis, kaj elfaris RNA-esprimajn profilajn komparojn inter la florburĝonoj de la sterila linio kaj fekunda linio per tut-transkriptoma sekvencado.
1.Entute 31 diferencige esprimitaj (DE) cirkRNA-oj, 47 DE-miRNA-oj, kaj 4779 DE-mRNA-oj estis identigitaj.
2.La analizo de genontologio (GO) pruvis, ke Plejparto de la DE-genoj estis implikitaj en polena muro-disvolviĝo
3.La analizo pri riĉiĝo de KEGG-voja de la DE-mRNA (inkluzive de la mRNA-reguligitaj supren kaj malsupren-reguligitaj en la sterila linio kompare kun la fekunda linio) montris, ke "amelo kaj sukrosemetabolismo", "fenilpropanoida biosintezo", kaj "interkonvertiĝoj de pentozo kaj glukuronato". ” estis la plej riĉigitaj metabolaj vojoj.
 KEGG-pada riĉiga analizo de la diferencige esprimitaj mRNAoj |  Genontologio (GO) klasifiko de la diferencige esprimitaj mRNAoj |  Vido de la DEcircRNA-DEmiRNA-DEmRNA-triobla reto |
Referenco
Liang Y , Zhang Y , Xu L , et al.CircRNA Expression Pattern kaj ceRNA kaj miRNA-mRNA-retoj implikitaj en Anther Development en la CMS-Linio de Brassica campestris [J].Internacia Revuo pri Molekulaj Sciencoj, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
