Varmomapo
Matrica datumdosiero estas uzata por varmmapo desegnaĵo, kiu povas filtri, normaligi kaj amasigi matricdatenojn.Ĝi estas plejparte uzita por clusteranalizo de genekspresionivelo inter malsamaj provaĵoj.
Gene Annotation
Genfunkcia komentario estas farita mapante sekvencojn en FASTA-dosiero kontraŭ diversaj datumbazoj.
Gene Annotation
Baza Loka Alineado Serĉilo
CDS_UTR_Avanto
Ĉi tiu ilo estas dizajnita por antaŭdiri kodigajn regionojn (CDS) kaj ne-kodigajn regionojn (UTR) en donitaj transskribaj sekvencoj bazitaj sur eksplodado kontraŭ konata proteindatumbazo kaj ORF-prognozo.
Manhatana Intrigo
Manhatana intrigo ebligas montradon de datumoj kun granda nombro da datenpunktoj.Ĝi estas ofte uzita en genar-kovrantaj asociostudoj (GWAS).
Cirkoj
CIRCOS-diagramo ebligas rektan prezenton de SNP, InDeL, SV, CNV-distribuoj sur genaro.
GO_Riĉigo
TopGO estas ilo dizajnita por funkcia riĉigo.TopGO-Bioconductor-pakaĵo konsistas diferencigan esprimanalizon, GO-riĉigan analizon kaj bildigon de la rezultoj.Ĝi generos dosierujon kun eligo nomita "Grafo", kiu enhavas rezultojn por topGO_BP, topGO_CC kaj topGO_MF.
WGCNA
WGCNA estas vaste uzata datenminadmetodo por malkovri genajn kunesprimmodulojn.Ĝi estas uzebla al diversaj esprimo-datunserio inkluzive de mikrotaraj datenoj kaj gen-esprimodatenoj originis de venontgeneracia sekvencado.
InterProScan
InterPro proteinsekvencanalizo kaj klasifiko
GO_KEGG_Riĉigo
Ĉi tiu ilo estas dezajno por generi GO-riĉigan histogramon, KEGG-riĉigan histogramon kaj KEGG-riĉigan vojon bazitan sur provizita genaro kaj responda komentario.