Planto/Besto Tuta Genaro Sekvencado

Tuta genar-resekvencado, ankaŭ konata kiel WGS, ebligas la riveladon de kaj oftaj kaj maloftaj mutacioj sur la tuta genaro inkluzive de Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure-vario (SV), kaj Copy Number Variation (CNV). ).SVoj konsistigas pli grandan parton de la variadbazo ol SNPoj kaj havas pli grandan efikon al la genaro, kiu havas signifan efikon al vivantaj organismoj.Long-lega resekvencado enkalkulas pli precizan identigon de grandaj fragmentoj kaj komplikajn variojn ĉar longaj legadoj faras multe pli facila al kromosoma krucado super komplikaj regionoj kiel tandemripetoj, GC/AT-riĉaj regionoj, kaj hiper-variaj regionoj.

Platformo: Illumina, PacBio, Nanopore

Kontaktu Nin

Servaj Detaloj

Demo-Rezulto

Elstara Publikaĵo

1.Servaj Avantaĝoj

Ampleksa sperto en genarsekvencado por pli ol 1000 specioj.

Pli ol 800 publikigitaj kazoj kun akumula efiko-faktoro de pli ol 4000.

Ampleksa bioinformatika analizo pri variavoko kaj funkcia analizo.

2. Servaj Specifoj

Platformo		Biblioteko	Rekomendita seq-profundo
Ilumino		PE 150	Por SNP, InDel vokanta ≥ 10x Por SV, CNY vokado ≥ 30x
Nanoporo		8 kb	Por SV, CNY vokado ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Por SNP, InDel, SV, CNY vokado ≥ 10x

3. Specimenaj Postuloj

Platformo		Konk.(ng/μL)	Kvanto (ng)	Pureco		Agarose ĝelo
				OD260/280	OD260/230	1. Klara ĉefa bando kun neniu aŭ limigitadegenero observita sur ĝelo. 2. Neniu aŭ limigita RNA aŭ proteina poluado
Ilumino		≥1	≥30	-	-
Nanoporo		≥30	Dependas de la rendimento de datumoj 10μg/ĉelo	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1,8-2,5

4. Bioinforma Analizo

5. Serva Laborfluo

Specimena livero

DNA-eltiro

Bibliotekokonstruo

Sekvencado

Analizo de datumoj

Transdono de datumoj

Antaŭa: BMKMANU S1000 Spaca Transcriptome

Sekva: Ununuklea RNA-sekvencado

1) Statistiko de Genoma Mapado

Tabelo 1 Statistiko de mapa rezulto

Figuro 1 Distribuado de enigaĵgrandeco kaj legas priraportado.

2) Varia Detektado

Figuro 2 Statistiko kaj komentario de SNP/INDEL/SV inter Specimenoj

Figuro 3 Genaro-kovranta distribuado de vatiations

3) Funkcia komentario de variadoj

2019	Naturkomunikadoj	Tutgenoma resekvencado rivelas originon de Brassica napus kaj genetikajn lokusojn implikitajn en ĝia plibonigo
2020	PNAS	La evolua origino kaj malsovaĝhistorio de orfiŝo ( Carassius auratus)
2021	Plant Biotechnology Journal	Referencogenaroj de la du kultivitaj jutospecioj
2021	Plant Biotechnology Journal	Genomaj signaturoj de legomo kaj oleosemo alopoliploida Brassicajuncea kaj genetikaj lokusoj kontrolantaj la amasiĝon de glukozinolatoj
2019	Molekula Planto	Tutgena resekvencado de tutmonda kolekto de kolzo-surtroniĝoj rivelas genetikan bazon de ilia ekotip-diverĝo.
2022	Hortikultura Esplorado	Genaro-kovranta asocia analizo disponigas molekulan sciojn pri la natura vario de akvomelona semgrandeco
2021	Ĵurnalo de Eksperimenta Botaniko	Genaro-kovranta asocio studo identigas variaĵojn de GhSAD1 transigante malvarman toleremon en kotono
2021	Ĵurnalo de Eksperimenta Botaniko	Genom-kovranta asocio-studo kaj transkriptomkomparo rivelas novajn QTL kaj kandidatojn kiuj kontrolas petalgrandecon en kolzo.