Ne-Referenco bazita mRNA Sequencing-Illumina
Trajtoj
● Sendepende de ajna referenca genaro,
● La datumoj povus esti uzataj por analizi la strukturon kaj esprimon de transskribaĵoj
● Identigi variajn tondejojn
Servaj Avantaĝoj
● BMKCloud-bazita rezulto livero: Rezultoj estas liveritaj kiel datumdosiero kaj interaga raporto per BMKCloud-platformo, kiu ebligas uzeblan legadon de kompleksaj analizaj produktaĵoj kaj personecigita datumminado surbaze de norma bioinformatika analizo.
● Post-vendaj servoj: Post-vendaj servoj validaj dum 3 monatoj post la finiĝo de la projekto, inkluzive de sekvado de projektoj, solvo de problemoj, rezultoj kaj demandoj ktp.
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
Nukleotidoj:
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥6.5; Por bestoj: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
Histo: Pezo (seka): ≥1 g
*Por histo pli malgranda ol 5 mg, ni rekomendas sendi fulmfrostitan (en likva nitrogeno) histo-provaĵo.
Ĉela suspendo: Ĉelkalkulo = 3×107
*Ni rekomendas sendi frostitan ĉelan lizaton.Se tiu ĉelo nombras pli malgranda ol 5×105, fulmo frostigita en likva nitrogeno rekomendas.
Sangaj specimenoj:
PA×genoBloodRNATube;
6mLTRIzol kaj 2mL sango (TRIzol:Sango=3:1)
Rekomendita Specimena Livero
Ujo:
2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendado:
1.Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2.RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformadiko
1.mRNA(denovo) Principo de Kunveno
De Trinity, legadoj estas fragmentigitaj en pli malgrandajn pecojn, konatajn kiel K-mer.Tiuj K-mer'oj tiam estas utiligitaj kiel semoj por esti etenditaj en kontigs kaj tiam komponenton baziĝante sur kontiginterkovroj.Fine, De Bruijn estis aplikita ĉi tie por rekoni transskribaĵojn en la komponantoj.
mRNA (De novo) Superrigardo de Trinity
2.mRNA (De novo) Distribuado de Gena Esprimo-Nivelo
RNA-Seq povas atingi tre senteman takson de genekspresio.Normale, la detektebla gamo de transskribaĵoj esprimo FPKM varias de 10^-2 ĝis 10^6
mRNA (De novo) Distribuo de FPKM-denseco en ĉiu provaĵo
3.mRNA (De novo) GO Riĉiga Analizo de DEG-oj
GO (Gene Ontology) datumbazo estas strukturita biologia komentadsistemo enhavanta norman vortprovizon de genaj kaj genproduktaj funkcioj.Ĝi enhavas plurajn nivelojn, kie ju pli malalta la nivelo estas, des pli specifaj estas la funkcioj.
mRNA (De novo) GO-klasifiko de DEGoj ĉe dua nivelo
Kazo BMK
Transcriptome-Analizo de Sakaroza Metabolo dum Bulboŝvelado kaj Evoluo en Cepo (Allium cepa L.)
Eldonita: limoj en plantscienco, 2016
Sekvenca strategio
Illumina HiSeq2500
Ekzempla kolekto
La Utaha Flava Dolĉa Hispanio-kulturvario "Y1351" estis uzita en ĉi tiu studo.La nombro da specimenoj kolektitaj estis
15-a tago post ŝveliĝo (DAS) de bulbo (2-cm-diametro kaj 3-4 g pezo), 30-a DAS (5-cm-diametro kaj 100-110-g-pezo), kaj ∼3 sur la 40-a DAS (7-cm-diametro kaj 260–300 gramoj).
Ŝlosilaj rezultoj
1. en la Venn-diagramo, entute 146 DEG-oj estis detektita tra ĉiuj tri paroj de evoluaj stadioj
2. "Carbohidrata transporto kaj metabolo" estis reprezentita per nur 585 unigenoj (te, 7% de la komentita COG).
3.Unigenoj sukcese komentitaj al la GO-datumbazo estis klasifikitaj en tri ĉefajn kategoriojn por la tri malsamaj stadioj de bulba evoluo.Plej reprezentitaj en la "biologia procezo" ĉefkategorio estis "metabola procezo", sekvita de "ĉela procezo".En la ĉefkategorio de "molekula funkcio" la du kategorioj plej reprezentitaj estis "liga" kaj "kataliza agado".
 Histogramo de aretoj de ortologoj grupoj (COG) klasifiko |  Histogramo de genontologio (GO) klasifiko por unigenoj derivitaj de bulboj en tri evoluaj stadioj |
 Venn-diagramo montrante genojn diferencige esprimitajn en iuj du stadioj de cepbulbevoluo |
Referenco
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transcriptome Analizo de Sakaroza Metabolo dum Bulbo Ŝvelado kaj Evoluo en Cepo (Allium cepa L.) [J].Limoj en Plantscienco, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
