BMKCloud Log in
条形banner-03

Novaĵoj

GENOMA EVOLUCIO

Genome De novo
Asembleo|Seksodetermino La tutaj sinsekvaj laboroj kaj partaj bioinformatikaj servoj estis disponigitaj fare de Biomarker Techonologies.

Abstraktaĵo

La ikoneca fenotipo de mardragonoj inkluzivas foli-similajn alpendaĵojn, senpentan tubforman buŝon, kaj masklan gravedecon implikantan kovadon de fekundigitaj ovoj sur malferma "bredmakulo".Ni de novo-sekvencigitaj masklaj kaj inaj genaroj de la ordinara mardragono ( Phyllopteryx taeniolatus ) kaj ĝiaj proksime rilataj specioj, la aligator pipfiŝo ( Syngnathoides biaculeatus ).Transskribaj profiloj de evolua novaĵo, la foli-similaj alpendaĵoj, montras ke aro de genoj tipe implikitaj en naĝildisvolviĝo estis kooptita same kiel riĉigo de transskribaĵoj por ebla historiparo kaj imundefendgenoj.La zebrofiŝomutaciuloj por scpp5, kiu estas perdita en ĉiuj singnatidoj, estis trovitaj malhavi aŭ havi misformitajn faringajn dentojn, apogante la hipotezon ke la perdo de scpp5 kontribuis al la perdo de dentoj en singnatidoj.Supozebla seks-determina lokuso ĉifranta maskla-specifan amhr2y genon kunhatan de komuna mardragono kaj aligator pipfiŝo estis identigita. 

Materialoj kaj metodoj:

Materialoj

Fnia komuna mardragono (P. taeniolatus) kaj du aligatorpipofiŝoj (S. biaculeatus) specimenoj.Du ordinara mardrako (unu masklo kaj unu ino) kaj du aligatorpipofiŝoj (unu masklo kaj unu ino) individuoj estis uzitaj por tut-genaro-sekvencado, kaj du aliaj masklaj ordinaraj mardragon-individuoj estis uzitaj por genarresekvencado.

Strategio pri Genoma Sekvencado

270/350 bp-biblioteko (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Daŭrigo) aŭ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekvencado, kaj du aliaj viraj komunaj mardragon-individuoj estis uzitaj por genarresekvencado.

Transcriptome Sequencing

Faŭ ordinara mardrako, cerbo, okulo, branko, hepato, koro, reno, mezentero, intesto, muskolo, naĝilo, haŭto, foliosimilaj alpendaĵoj, testiko kaj ovario estis kolektitaj.

Strategio pri asembleo de nova genaro

Canu (Korekto) + WTDBG2 (Asembleo) + Pilon (pola) + Lachesis (Hi-C).

Ĉefaj Rezultoj

Fig.-1.-Ŝlosilaj-trajtoj-de-la-komuna-mardragono-P.-taeniolatus-kaj-la-aligatoro-pipofiŝo-S

Fig. 1. Ĉefaj trajtoj de la ordinara mardragono (P. taeniolatus) kaj la aligatora pipfiŝo (S. biaculeatus) kaj iliaj filogenetikaj pozicioj.

Fig.-2.-Morfologio-kaj-genetika-konsisto-de-la-folio-similaj-apendicoj-en-la-komuna-mardragono-P

Fig. 2. Morfologio kaj genetika konsisto de la folisimilaj alpendaĵoj en la komuna mardragono (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Putativa-seksa-determino-geno-en-la-komuna-mardrako-P.-taeniolatus-kaj-la-aligatoro-pipofiŝo-S.-biaculeatus

Fig. 3. Geno de supozita seksdeterminado en la ordinara mardrako (P. taeniolatus) kaj la aligatora pipofiŝo (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Faringaj dentofenotipoj en zebrofiŝo scpp5 homozigotaj mutaciuloj.


Afiŝtempo: Jan-08-2022

Sendu vian mesaĝon al ni: