GENOME EVOLUCIO, PANGENOME
Kio estas Pan-genomo?
Amasigitaj indicoj montras ke varianco inter malsamaj trostreĉoj de specio povas esti grandega.Unu ununura genaro estas malproksima de sufiĉe por akiri la tutan bildon de genetika informo de ununura specio.La celo de Pan-genoma studo estas akiri pli ampleksan genoman grafeon de specio kaj deĉifri la rilatojn inter trajtoj kaj genetikaj kodoj farante genaron de novo kunigo de multaj trostreĉoj, kio permesas pli profundan kaj pli larĝan minadon de la varioj.
Tendencoj de Pan-genoma Studo
Figuro 1 La tendencoj de publikigitaj esplorartikoloj de Pan-genomo.
Noto: La figuro montras la rezulton preni "pan-genomon" kiel la ŝlosilvorton por serĉi la titolojn de artikoloj publikigitaj en revuoj de la serioj Naturo, Ĉelo kaj Scienco.
a.Legoj de multoblaj specimenoj estas vicigitaj al referenco kaj nevicigitaj estas kunvenitaj en novajn kontigs.Aldonante tiujn novajn kontigs al la origina referencsekvenco, pangenomreferenco povas esti konstruita.Nehaveblaj regionoj estas determinitaj surbaze de mapado de ĉiuj legadoj reen al la pangenomo.
b.De novo kunigo de la genaroj de multoblaj surtroniĝoj permesas al tutaj genarparaleligialiroj identigi malhaveblajn genomajn regionojn.
c.Tutgenoma grafeo povas esti konstruita de tutaj genarparaleligoj aŭ per de novo grafeasembleo, kiu efike stokas variaĵinformojn de nehaveblaj regionoj kiel unikaj padoj tra la grafeo.
Kiel konstrui Pan-genomon?
Figuro 2 Komparo de pan-genomaj aliroj1
a.Legoj de multoblaj specimenoj estas vicigitaj al referenco kaj nevicigitaj estas kunvenitaj en novajn kontigs.Aldonante tiujn novajn kontigs al la origina referencsekvenco, pangenomreferenco povas esti konstruita.Nehaveblaj regionoj estas determinitaj surbaze de mapado de ĉiuj legadoj reen al la pangenomo.
b.De novo kunigo de la genaroj de multoblaj surtroniĝoj permesas al tutaj genarparaleligialiroj identigi malhaveblajn genomajn regionojn.
c.Tutgenoma grafeo povas esti konstruita de tutaj genarparaleligoj aŭ per de novo grafeasembleo, kiu efike stokas variaĵinformojn de nehaveblaj regionoj kiel unikaj padoj tra la grafeo.
Lastatempe Eldonita Pan-genomoj
● Seksperforto pan-genomoj2
● Tomataj pan-genomoj 3
● Rizo Pan -genomo4
● Sunfloro Pan-genomo5
● Pan-genomo de sojfabo 6
● Rizo Pan-genomo7
● Hordeo Pan-genomo8
● Tritiko Pan-genomo9
● Sorgo Pan-genomo10
● Fitoplanktono Pan-genomo11
Referenco
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant-pan-genomoj estas la nova referenco.Nat Plantoj.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Kanto JM, Guan Z, Hu J, et al.Ok altkvalitaj genaroj rivelas tutgenarkitekturon kaj ekotipdiferencigon de Brassica napus.Nat Plantoj.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.La tomata pan-genomo malkovras novajn genojn kaj maloftan alelon reguligantan fruktoguston.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-genoma analizo elstarigas la amplekson de genoma vario en kultivita kaj sovaĝa rizo [publikigita korekto aperas en Nat Genet.2018 Aŭg;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Sunflora pan-genoma analizo montras ke hibridiĝo ŝanĝis genenhavon kaj malsanreziston.Nat Plantoj.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Tutgenaro de sovaĝaj kaj kultivitaj sojfaboj.Ĉelo.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Pan-genoma analizo de 33 genetike diversaj riz-surtroniĝoj rivelas kaŝitajn genomajn variojn [publikigitajn interrete antaŭ presaĵo, la 25-an de majo 2021].Ĉelo.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.La hordeo pan-genomo rivelas la kaŝitan heredaĵon de mutacioreproduktado.Naturo.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Multoblaj tritikgenaroj rivelas tutmondan varion en moderna reproduktado.Naturo.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Vasta variado ene de la tutgenaro de kultivita kaj sovaĝa sorgo [publikigita interrete antaŭ presaĵo, la 20-an de majo 2021].Nat Plantoj.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Fitoplanktopangenomo rivelas ampleksan prokariotan horizontalan gentransigon de diversaj funkcioj.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Eldonita la 29-an de aprilo 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Afiŝtempo: Jan-04-2022