En 2021, BMKGENE atestis 31 De novo-genaresploradon sukcese publikigitan en alt-efikaj ĵurnaloj kun totalaj efikfaktoroj pli ol 320. 15 el la artikoloj estis kunaŭtoritaj 4 el ili estis kunaŭtoritaj kiel la unuaj verkintoj de BMKGENE.
Tuj post la komenco de la jaro 2022, jam estis du esplorartikoloj publikigitaj en la revuo "Natura Genetiko" kaj "Molekula Planto" respektive.Ili estas, "Du diverĝaj haplotipoj de tre heterozigota liĉia genaro sugestas sendependajn malsovaĝajn eventojn por fruaj kaj malfrue maturiĝantaj kulturvarioj" (Liĉia genaresplorado, farita de Kolegio de Hortikulturo, Suda Ĉina Agrikultura universitato, kaj sciencaj kunlaborantoj, publikigita sur Natura Genetiko. ), kaj "Genomaj sekvencoj de la kvin Sitopsis specioj de Aegilops kaj la origino de poliploida tritiko B-subgenomo" (Kvin Sitopsis-specia genaro, kondukita fare de la esplorteamo de profesoro Bao Liu de Nordorienta Normala Universitato.).Ni ankaŭ revizios ĉi tiujn du artikolojn kaj dividos kun niaj legantoj.
Nun, ni rigardu la bonegajn esplorajn artikolojn publikigitajn en 2021 kunaŭtoritaj de BMK kaj niaj kunlaboritaj instalaĵoj.
Planto-Genaro - Sukcesoj sur multspeciaj.
1.Altkvalita genomasembleo elstarigas sekalajn genomajn trajtojn kaj agronomie gravajn genojn
Kunlaborita Instalaĵo: Henan Agricultural University
Revuo: Natura Genetiko
Efakfaktoro: 38,31
En ĉi tiu projekto, genaro de Weining-sekalo, elita ĉina sekalvario, estis sekvencita.La kunvenitaj kontigs (7.74 Gb) respondecis pri 98.47% de la laŭtaksa genargrandeco (7.86 Gb), kun 93.67% de la kontigs (7.25 Gb) asignitaj al sep kromosomoj.Ripetaj elementoj konsistigis 90.31% de la kunvenita genaro.Pliaj analizoj de la Weining-asembleo verŝas novan lumon sur genar-kovrantaj geno-duplikadojn kaj ilian efikon al amelo-biosintezgenoj, fizika organizo de kompleksaj prolamin-lokusoj, gen-esprimo-trajtoj subestas frua titolo-trajto kaj supozaj malsovaĝ-rilataj kromosomaj regionoj kaj lokusoj en sekalo.Ĉi tiu genarsekvenco promesas akceli genomajn kaj reproduktajn studojn en sekalo kaj rilataj cerealkultivaĵoj.
2.Rozo sen pikilo: genomaj komprenoj ligitaj al humideca adapto
Kunlabora Instalaĵo: Kunming Instituto de botaniko, Ĉina Akademio de Sciencoj
Revuo: Nacia Scienca Revuo
Efakfaktoro: 17.273
En ĉi tiu projekto, specimenoj de "Basye's Thornless" (BT, senpika kulturvario de Rosa wichuraiana), "Old Blush" (OB, fondinto-genotipo en rozmalsovaĝigo), iliaj F1-hibridoj kaj BCF1 estis kolektitaj.Kaj altkvalita referenca genarasembleo estis generita por identigi genetikajn elementojn ligitajn al tigo-pikilo-disvolviĝo.La genargrandeco estas proksimume 530.6 Mb.Por kontroli la kvaliton de la kunvenita genaro, analizo kiel genetika mapo-komparo, BUSCO, NGS legas remuntadon, komparo kun OB-haplotipo, sekvencan bazan eraran indicon-kontrolon kaj genar-kovrantan LTR Asembly Index-valorkontrolon (LAI=20.03) estis faritaj.Ĉi tiu esplorado malkaŝas la kompleksan heredan ŝablonon kaj reguligan mekanismon de tigo-pikiloj kaj provizis al ni fundamenton kaj novajn rimedojn por studi rozbiologion kaj minajn molekulajn markilojn asociitajn kun gravaj trajtoj.
3. Tutgenara Sekvenco de Sintezitaj Alopoliploidoj en Cucumis Rivelas Sciojn pri la Genaro-Evoluo de Alopoliploido
Kunlabora Instalaĵo: Nankina Agrikultura Universitato
Revuo: Altnivela Scienco
Efakfaktoro: 16.801
Ĉi tiu studo raportis la altkvalitan genaron de sinteza alotetraploido akirita per interspecifa hibridiĝo inter kukumo (C. sativus, 2n = 14) kaj ĝiaj sovaĝaj relativaj specioj (C. hystrix, 2n = 24) kaj posta kromosoma duobligo, kiu estas la unua. plene sekvencita sinteza alopoliploida.La asembleo de la genaro aplikis la laborfluon de "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" sekvencado, rezultigis genargrandecon de 530.8Mb kaj kontig N50 = 6.5Mb.Legoj estis asignitaj al 19 pseŭdokromosomoj kaj subgenomoj.La rezultoj indikis ke hibridiĝo, prefere ol genarmultobligo, kaŭzas la plimulton de genomicŝanĝoj en kaj nukleaj kaj cp genaroj.Ĝi sugestis ke la fiksita heterozigoseco provizas C.×hytivus per pliigita streĉadaptiĝo.La rezultoj disponigas novajn sciojn pri plantpoliploidevoluo kaj ofertas eventualan reproduktadstrategion por estontaj kultivaĵoj.
4.Komparaj Genaro-Analizoj Highlight Transposon Mediated Genome Expansion kaj la Evolua Arkitekturo de 3D Genomic Falding en Kotono
Kunlabora Instalaĵo: Huazhong Agrikultura Universitato
Revuo: Molekula Biologio kaj Evoluo
Efakfaktoro: 16.242
Tiu ĉi projekto uzis Nanopore Sequencing por kunmeti genaron de tri kotonaj specioj nome: Gossypium rotundifolium (K2, genaro grandeco = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genaro grandeco = 1.62Gb, contigN50 = 1), kaj 1. G. raimondii (D5, genargrandeco = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Pli ol 99% de ĉiuj tri genaroj estis kunvenitaj tra Hi-C.La rezultoj de BUSCO-analizo estas 92.5%, 93.9% kaj 95.4% respektive.Ĉiuj ĉi tiuj nombroj indikis ke la tri asembleaj genaroj estas referenca grado.Komparaj genaranalizoj dokumentis la detalojn de genlini-specifa TE-plifortigo kontribuanta al la grandaj genargrandecdiferencoj.Ĉi tiu studo prilumas la rolon de transposon-mediaciita genaro vastiĝo en la evoluo de pli alta orda kromatina strukturo en plantoj.
5.Kromosom-skala asembleo kaj analizo de biomasa kultivaĵo Miscanthus lutarioriparius genaro
Kunlaborita Instalaĵo: CAS-Centro por Plejboneco en molekula Plantsciencoj
Revuo: Nature Communications
Efakfaktoro: 14.912
Tiu projekto raportis kromosom-skalan asembleon de Miscanthus lutarioriparius genaro kombinante Oxford Nanopore-sekvencadon kaj Hi-C-teknologiojn.La 2.07Gb-asembleo kovras 96.64% de la genaro, kun kontig N50 de 1.71 Mb.Proksimume 94.30% de totalaj sekvencoj estis ankritaj en 19 pseŭdokromosomojn.Tra komparo kun BAC-sekvenco, LAI-taksado, BUSCO-taksado, remuntado kun NGS-datumoj, remuntado de transcriptome-datumoj, la genaro estis taksita kiel altkvalita kaj kontinueco.Alotetraploida origino de la M. lutarioriparius estas konfirmita uzante centromerajn satelitripetojn.Tandemaj duplikataj genoj de M. lutarioriparius estas funkciaj riĉigitaj ne nur laŭ stresrespondo, sed ĉelmura biosintezo.Genduplikatoj verŝajne ludas rolon en la C4 fotosintezo kaj kontribuas al Miscanthus C4 fotosintezo ĉe malalta temperaturo.La esplorado disponigis gravan referencon por studado de plurjaraj plantoj.
6.Kromosom-nivela Camptotheca acuminata genarasembleo disponigas sciojn pri la evolua origino de camptothecin-biosintezo
Kunlabora Instalaĵo: Siĉuana Universitato
Revuo: Nature Communications
Efakfaktoro: 14.912
Tiu projekto raportis altkvalitan, kromosom-nivelan C. acuminata genarasembleon, kun genargrandeco de 414.95Mb kaj kontingN50 1.47Mb.Ni trovis, ke C. acuminata spertas sendependan tutgenan duobligon kaj multaj genoj derivas de ĝi rilatas al camptothecin-biosintezo.La funkcia diverĝo de la LAMT-geno kaj pozitiva evoluo de du SLAS-genoj, tial, ambaŭ kontribuis multe al la camptothecin-biosintezo en C. acuminata.La rezultoj emfazis la gravecon de altkvalita genarasembleo en identigado de genetikaj ŝanĝoj en la evolua origino de sekundara metabolito.
7.Alel-difinita genaro malkaŝas dualelan diferencigon dum manioka evoluo
Kunlabora Instalaĵo: Ĉina Akademio de Tropikaj Agrikulturaj Sciencoj
Revuo: Molekula Planto
Efakfaktoro: 13.162
Ĉi tiu projekto kunvenis referencan genaron por manioko kun contigN50 1.1Mb uzante Pacific Biosciences (PacBio) sekvenca platformo.Post taksado de BUSCO, LAI-indekso, kaj alt-denseca genetika mapo, la kunvenita genaro estas konfirmita kiel referenca grado.La superfluaj regionoj estis identigitaj kaj kontigs estis ankritaj sur 18 pseŭdokromosomoj uzante Hi-C-ligojn.Tiu altkvalita kaj alel-difinita referencgenaro por manioko estas valora en identigado de diverĝaj bi-aleloj sur homologaj kromosomoj, permesante esplori diferencigon kaj esprimdominecon de bi-aleloj kaj iliaj subestaj evoluaj movaj fortoj.Ĝi faciligis novigajn reproduktajn strategiojn en manioko kaj aliaj tre heterozigozaj kultivaĵoj.
8. Genomaj komprenoj pri la rapida kresko de paŭlinioj kaj la formado de Paulownia sorĉista balailo
Kunlabora Instalaĵo: Henan Agrikultura universitato
Revuo: Molekula Planto
Efakfaktoro: 13.162
Tiu projekto kunvenis altkvalitan atomgenaron de Paulownia fortunei, 511.6 Mb en grandeco, kie 93.2% de la sekvencoj estas ankritaj al 20 pseŭdokromosomoj.Pli alta fotosinteza efikeco estas atingita per integrado de C3-fotosintezo kaj la krassulacean-acida metabolo-pado, kiuj eble kontribuis al la ekstreme rapida kreskokutimo de paulownia arboj.Kroma genarsekvencado de PaWB-fitoplasmo, kombinita kun funkciaj analizoj, indikis ke la efektoro PaWB-SAP54 rekte interagas kun Paulownia PfSPLa, kiu en victurno kaŭzas la degeneron de PfSPLa de la ubikvitin-mediaciita pado kaj kaŭzas la formadon de la balailo de sorĉistinoj.La datumoj disponigis signifajn sciojn pri la biologio de paulownioj kaj la reguliga mekanismo por la formado de PaWB.
Besta genaro - Profundaj komprenoj de specioevoluo
1.La genaro de Nautilus pompilius prilumas okulan evoluon kaj biomineraligon
Kunlaborita Instalaĵo: Sudĉina Mara Instituto de Oceanologio, CAS
Revuo: Natura Ekologio & Evoluo
Efakfaktoro: 15.462
Tiu ĉi projekto prezentis kompletan genaron por Nautilus pompilius.Ĝi havas la minimumisman genaron inter sekvencitaj kapopieduloj, kio estas 730.58Mb kun contigN50 = 1.1Mb.La taksadrezulto de BUSCO estas 91,31%.Kombinite kun transcriptome, proteome, genfamilio kaj filogenetika analizo, tiu genaro disponigis fundamentan referencon pri cefalopodaj inventoj, kiel ekzemple la pintruokulo kaj biomineraligo.La esplorado indikis ke damaĝo sur la kompleteco de Hox-genareto povus esti rilatita al la ŝelo malaperanta de Moluskoj.Grave, multoblaj genomaj novigoj inkluzive de genperdoj, sendependa kuntiriĝo kaj vastiĝo de specifaj genfamilioj kaj iliaj rilataj reguligaj retoj verŝajne muldis la evoluon de la naŭtila pintruokulo.La naŭtila genaro konsistigis valoran rimedon por rekonstrui la evoluajn scenarojn kaj genomajn inventojn kiuj formas la pluekzistantajn kapopiedulojn.
2.Analizo de la genaro de Seadragon donas informojn pri ĝia fenotipa kaj seksdetermina lokuso
Kunlaborita Instalaĵo: Sudĉina Mara Instituto de Oceanologio, CAS
Revuo: Science Advances
Efakfaktoro: 14.132
Ĉi tiu projekto de novo-sekvencigitaj masklaj kaj inaj genaroj de la ordinara mardrako ( Phyllopteryx taeniolatus) kaj ĝiaj proksime rilataj specioj, la aligator pipfiŝo ( Syngnathoides biaculeatus).La genargrandeco por Phyllopteryx taeniolatus estas ~659 Mb（♂）kaj ~663 Mb（♀）, kun kontigN50 de 10.0Mb kaj 12.1mb.la genargrandeco por Phyllopteryx taeniolatus estas 637 Mb（♂）kaj ~648 Mb（♀）, kun kontigN50 de 18.0Mb kaj 21.0Mb.Tra filogenetika analizo, la ordinara mardrako kaj la aligator pipfiŝo estas fratintaksono de Syngnathinae, kaj diverĝis antaŭ proksimume 27.3 Ma.Transskribaj profiloj de evolua novaĵo, la foli-similaj alpendaĵoj, montras ke aro de genoj tipe implikitaj en naĝildisvolviĝo estis ko-optita same kiel riĉigo de transskribaĵoj por ebla historiparo kaj imundefendgenoj.Supozebla seks-determina lokuso ĉifranta maskla-specifan amhr2y genon kunhatan de komuna mardragono kaj aligator pipfiŝo estis identigita.Tiu projekto disponigis kritikan indicon por studoj de adapta evoluo.
Afiŝtempo: Sep-19-2022