GENOMA EVOLUCIO
naturo
KOMUNIKOJ
Genomsekvencoj rivelas tutmondajn disvastigitinerojn kaj sugestas konverĝajn genetikajn adaptiĝojn en ĉevalevoluo
PacBio |Ilumino |Saluton-C |WGS |Genetika Diverseco |Demografia Historio |Gena Fluo
La Pacbio-sekvencado, genaro de novo kunigo kaj komentario servoj estis disponigitaj fare de Biomarker Technologies.
Elstaraĵoj
1.A altkvalita kromosom-nivela mara hipocampo (Hippocampus erectus) genaro kun kontig N50 de 15.5 Mb estis akirita.
2.Entute 358 genaroj de tutmonde 21 ĉevalspecioj estis resekvencigitaj.
3.Marĉevaloj evoluis en la malfrua Oligoceno kaj postaj ĉirkaŭtutmondaj koloniaj itineroj estas identigitaj kaj ligitaj al ŝanĝiĝanta dinamiko en marfluoj kaj paleotempaj marvoja malfermoj.
4.La genetika bazo de la ripetaj "ostaj spinoj" adapta fenotipo estas ligita al sendependaj anstataŭoj en ŝlosila evolua geno.
5.Rafting per marfluoj kompensas malbonan disvastigon kaj rapida adaptiĝo faciligas koloniadon de novaj vivejoj
Atingoj
Fig. 1 Genetika diverseco kaj filogenetikaj rilatoj de 358 ĉevalaj specimenoj
aGeografiaj specimenigaj lokoj por provitaj marĉevaloj kun padronoj de nukleotiddiverseco (π) de la 21 ĉevalspecioj trans 22 kromosomoj.b Najbara arbo konstruita kun genar-kovrantaj SNPoj de 358 ĉevaloj.Lokaj pinglaj simboloj en (a) kaj branĉfono en (b) respondas unu al la alia.
Fig. 2 Koloniigo kaj demografia historio de ĉevaloj
aFilogenetikaj arboj kaj diverĝaj tempotaksoj por 21 ĉevalspecioj.La branĉliniodikeco egalrilatas al la populaciograndectaksoj (Ne) kaj koloroj indikas malsamajn genliniojn.Simboloj I–III indikas alĝustigpunktojn.b–d Antaŭviditaj koloniigvojoj (koloraj sagoj) de ĉevaloj surbaze de diverĝtempo, distribuo, vicariancaj eventoj kaj marfluoj (blankaj sagoj).b La Hind-Aŭstralia Insularo estis la centro de origino (ruĝa markado) de la genro Hippocampus antaŭ ol marĉevaloj diversiĝis kaj disiĝis tutmonde 18–23 Ma.c Marĉevaloj komence koloniigis Atlantikon tra la malferma Tethyan-marvojo, kiu, post sia fermo (Termina Evento dum 7–13 Ma), apartigis tiun Tethyan-genlinion de sia Hinda Oceana fratina genlinio.Ĉi-lasta, poste rapide diversiĝis (flava markado) en la Araba Maro, establante duan centron de ĉevaldiversiĝo.d Dua marĉevala koloniigokazaĵo de Atlantiko okazis de la Hinda Oceano ĉirkaŭ 5Ma preterpasante la sudafrikan pinton, kaj finfine alvenante en la Orienta Pacifika Oceano tra la ankoraŭ malfermita Panama marvojo proksimume 3.6 Ma.
Fig. 3 Geno-fluo kaj fluktuoj en la efika loĝantaro
aGenfluo detektita inter specioj enloĝantaj la Suda Atlantika Oceano.Genfluo estas montrita proksime de la blankaj linioj kiel migradrapideco deduktita per G-PhoCS.Dikeco kaj direkto de la sagoj egalrilatas al tarifoj kaj direkto de genfluo, respektive.b Fluktuoj en efika loĝantargrandeco de PSMC.La x-akso reprezentas tempon en jaroj antaŭ nuna dum la y-akso reprezentas la efikan populaciograndecon.La diagramoj estas organizitaj ĉefe laŭ la geografia distribuo por ĉiu el la specioj kun malsamaj distribuareoj.c Marnivelo ŝanĝiĝas dum la pasintaj 1 miliono da jaroj en metroj33.La flava linio indikas la lastan tutmondan interglaciecan pinton dum la cejana nuanco indikas la lastan glaciejan maksimumperiodon.
Fig. 4 La evoluo de spinoj.
aMaldekstre, Specio-arbo montranta la sendependan evoluon de pikiloj en ĉevaloj.La branĉolongo indikas nombron da anstataŭaĵoj per ejo.Kvar dornaj ĉevalspecioj estas elstarigitaj en bluo.Pli dikaj branĉoj egalrilatas al pli altaj tarifoj de nesinonimaj-al-sinonimaj anstataŭigoj (dN/dS) por bmp3-geno.Kanona kaj ĝeneraligita McDonald kaj Kreitman-testo (MKT) por bmp3-geno estis farita por tri par-fratinaj specioj kun diverĝaj dornaj kaj ne-dornaj trajtoj elstarigitaj per fonkoloroj, kies signifoniveloj estis indikitaj per p-valoro kun blua kaj ruĝa tiparo, respektive.Ĝuste, komparo de aminoacidaj anstataŭoj en bmp3-proteino, polimorfaj kaj fiksaj anstataŭoj en dornaj ĉevaloj estas indikitaj per ruĝaj kaj bluaj cirkloj, respektive.b Distribuo de dN/dS-valoroj en bmp3 en dornaj ĉevaloj kompare kun ne-dornaj specioj.c Sendependa evoluo en la filogenetika arbo rekonstruita por la proteino ĉifrita per bmp3.d Tut-monta surloke hibridiĝo de bmp3 en Hippocampus erectus.
Referenco
Li C et al.Genarsekvencoj rivelas tutmondajn disvastigitinerojn kaj sugestas konverĝajn genetikajn adaptiĝojn en ĉevalevoluo.Nat Commun.2021 Feb 17;12(1):1094.
Novaĵoj kaj Ĉefaĵoj celas kunhavigi la plej novajn sukcesajn kazojn kun Biomarker Technologies, kaptante novajn sciencajn atingojn kaj ankaŭ elstarajn teknikojn aplikatajn dum la studo.
Afiŝtempo: Jan-06-2022