Novaĵoj

Transponebla elemento (TE) plifortigo estis rekonita kiel mova forto mediacianta genargrandecvastiĝon kaj evoluon, sed la sekvoj por formado de 3D genoma arkitekturo restas plejparte nekonataj en plantoj.Ĉi tie ni raportas referencajn genarajn asembleojn por tri specioj de kotono trioblaj en genaro, nomeGossypium rotundifolium(K2),G. arbejo(A2), kajG. raimondii(D5), uzante Oxford Nanopore Technologies.Komparaj genaranalizoj dokumentas la detalojn de genlini-specifa TE-plifortigo kontribuanta al la grandaj genargrandecdiferencoj (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), kaj indikas relative konservitan genenhavon kaj sinteny-rilatojn inter genaroj.Ni trovis, ke proksimume 17% de sintenaj genoj elmontras kromatinan statusan ŝanĝon inter aktivaj ("A") kaj neaktivaj ("B") kupeoj, kaj TE-plifortigo estis asociita kun la pliiĝo de la proporcio de A kupeo en genregionoj (~ 7,000 genoj). ) en K2 kaj A2 relative al D5.Nur 42% de topologie asociaj domajnaj (TAD) limoj estis konservitaj inter la tri genaroj.Niaj datumoj implikas lastatempan plifortigon de TE-oj post formado de genliniaj specifaj TAD-limoj.Ĉi tiu studo prilumas la rolon de transposon-mediaciita genaro vastiĝo en la evoluo de pli alta orda kromatina strukturo en plantoj.