Altprodukta genotipado, precipe sur grandskala populacio, estas fundamenta paŝo en genetikaj asociostudoj, kiu disponigas genetikan bazon por funkcia geno-malkovro, evolua analizo, ktp. Anstataŭ profunda tuta genaro-resekvencado, reduktita reprezentada genaro-sekvencado (RRGS). ) estas lanĉita por minimumigi sekvencan koston per provaĵo, dum konservi akcepteblan efikecon sur genetika signomalkovro.Ĉi tio estas ofte atingita per eltiro de restriktofragmento ene de antaŭfiksita grandecintervalo, kiu estas nomita reduktita reprezenta biblioteko (RRL).Specif-loka plifortigita fragmentsekvencado (SLAF-Seq) estas mem-evoluinta strategio por de novo SNP-eltrovaĵo kaj SNP-genotipado de grandaj populacioj.
Teknika laborfluo
SLAF vs Ekzistantaj RRL-metodoj
Avantaĝoj de SLAF
Pli alta genetika signo-malkovra efikeco- Kombinita kun alt-produkta sekvenca teknologio, SLAF-Seq povus atingi centojn da miloj da etikedoj malkovritaj en tuta genaro por plenumi la peton de diversaj esplorprojektoj, ĉu kun aŭ sen referenca genaro.
Agordita kaj Fleksebla eksperimenta dezajno– Por malsamaj esplorceloj aŭ specioj, malsamaj enzimecaj digestaj strategioj estas disponeblaj inkluzive de unu-enzima, du-enzima kaj mult-enzima digestado.Digesta strategio estos antaŭtaksita in silico por certigi optimuman enzimdezajnon.
Alta efikeco en enzima digesto- Antaŭ-dizajnita enzimeca digesto disponigas pli egale distribuitajn SLAFojn sur kromosomo.Efika kolekto de fragmentoj povas atingi pli ol 95%.
Evitu ripetan sekvencon- Procento de ripetema sekvenco en SLAF-Seq-datumoj estas reduktita al malpli ol 5%, precipe en specioj kun alta nivelo de ripetemaj elementoj, kiel tritiko, maizo, ktp.
Mem-evoluinta bioinformatika laborfluo- BMK evoluigis integran bioinformatikan laborfluon aplikeblan al SLAF-Seq-teknologio por certigi fidindecon kaj precizecon de fina eligo.
Apliko de SLAF
Genetika ligmapo
Alt-denseca genetika mapkonstruo kaj identigo de lokusoj kontrolantaj flor-specajn trajtojn en Krizantemo (Chrysanthemum x morifolium Ramat. )
Revuo: Hortikultura Esplorado Eldonita: 2020.7
GWAS
Identigo de kandidatgeno asociita kun izofavonenhavo en sojfabsemoj uzante genar-kovrantan asocion kaj ligmapadon
Revuo: The Plant Journal Eldonita: 2020.08
Evolua Genetiko
Populacia genoma analizo kaj nova asembleo rivelas la originon de fiherba rizo kiel evolua ludo
Revuo: Molekula Planto Eldonita: 2019.5
Amasa Apartiga Analizo (BSA)
GmST1, kiu ĉifras sulfotransferazon, donas reziston al sojfaba mozaikvirusaj trostreĉoj G2 kaj G3
Revuo: Planto, Ĉelo & Medio Eldonita: 2021.04
Referenco
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: efika metodo de grandskala de novo SNP-eltrovaĵo kaj genotipado uzanta alt-trafian sekvencadon [J].Plos unu, 2013, 8(3):e58700
Kanto X, Xu Y, Gao K, et al.Alt-denseca genetika mapkonstruo kaj identigo de lokusoj kontrolantaj flor-specajn trajtojn en Krizantemo (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identigo de kandidatgeno asociita kun izoflavonenhavo en sojfabsemoj uzante genar-kovrantan asocion kaj ligmapadon.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Population Genomic Analysis kaj De Novo Assembly Reveal the Origin of Weedy Rice as an Evolutionary Game.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, kiu ĉifras sulfotransferazon, donas reziston al sojfaba mozaikvirusaj trostreĉoj G2 kaj G3.Plant Cell Environ.2021;10.1111/pce.14066
Afiŝtempo: Jan-04-2022