Metagenomic Sequencing-Nanopore
Servaj Avantaĝoj
● Altkvalita asembleo-Pliboniga precizeco de specio-identigo kaj funkcia gena prognozo
● Fermita bakteria genoma izolado
● Pli potenca kaj fidinda aplikado en diversaj lokoj, ekz. detekto de patogenaj mikroorganismoj aŭ genoj rilataj al antibiotikrezisto.
● Kompara metagenoma analizo
Specifoj de Servo
| Platformo | Sekvencado | Rekomenditaj datumoj | Turnaround Time |
| Nanoporo | ONT | 6 G/10 G | 65 Labortagoj |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Metagenoma asembleo
● Ne-redunda genaro kaj komentario
● Analizo de specia diverseco
● Analizo de diverseco de genetikaj funkcioj
● Intergrupa analizo
● Asocia analizo kontraŭ eksperimentaj faktoroj
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj postuloj kaj livero
Ekzemplaj Postuloj:
PorDNA-ekstraktoj:
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo | Pureco |
| DNA-ekstraktoj | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Por mediaj specimenoj:
| Specimena tipo | Rekomendita prova proceduro |
| Grundo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Restanta velkinta substanco devas esti forigita de surfaco;Muelu grandajn pecojn kaj trairu 2 mm filtrilon;Alikvotaj specimenoj en sterila EP-tubo aŭ cirotubo por rezervado. |
| Feko | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvotitajn specimenojn en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervado. |
| Intesta enhavo | Specimenoj devas esti prilaboritaj en asepta kondiĉo.Lavu kolektitan histon per PBS;Centrifugu la PBS kaj kolektu la precipitanton en EP-tuboj. |
| Ŝlimo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvoto de ŝlima specimeno en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervo |
| Akvokorpo | Por specimeno kun limigita kvanto da mikroba, kiel krana akvo, puta akvo, ktp., Kolektu almenaŭ 1 L da akvo kaj trapasu 0,22 μm-filtrilon por riĉigi mikroban sur la membrano.Konservu la membranon en sterila tubo. |
| Haŭto | Zorge skrapu la haŭtan surfacon per sterila kotono aŭ kirurgia klingo kaj metu ĝin en sterilan tubon. |
Rekomendita Specimena Livero
Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata.
Serva Laborfluo
Specimena livero
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Varmmapo: Specia riĉeco-grupo
2.Funkciaj genoj komentitaj al KEGG-metabolaj vojoj
3.Specia korelacia reto
4.Circos de CARD antibiotikrezistaj genoj
Kazo BMK
Nanopora metagenomics ebligas rapidan klinikan diagnozon de bakteria malsupra spira infekto
Eldonita:Natura Bioteknologio, 2019
Teknikaj Ĉefaĵoj
Sekvencado: Nanopore MinION
Klinika metagenomics bioinformadiko: Gastiga DNA-malplenigo, WIMP kaj ARMA-analizo
Rapida detekto: 6 horoj
Alta sentemo: 96.6%
Ŝlosilaj rezultoj
En 2006, malsupra spira infekto (LR) kaŭzis 3 milionojn da homaj mortoj tutmonde.La tipa metodo por LR1-patogendetekto estas kultivado, kiu havas malbonan sentemon, longan turno-tempon kaj estas manko de konsilado en frua antibiotika terapio.Rapida kaj preciza mikroba diagnozo longe estas urĝa bezono.D-ro Justin de University of East Anglia kaj liaj partneroj sukcese evoluigis Nanopore-bazitan metagenomic metodon por patogendetekto.Laŭ ilia laborfluo, 99.99% de gastiga DNA povas esti elĉerpita.Detekto en patogenoj kaj antibiotikaj rezistemaj genoj povas esti finita en 6 horoj.
Referenco
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopora metagenomics ebligas rapidan klinikan diagnozon de bakteria malsupra spira infekto.Nature Biotechnology, 37 (7), 1.
