Longa ne-koda sekvencado-Illumina
Servaj Avantaĝoj
● Servaj Avantaĝoj
● Specifa ĉela kaj histo
● Specifa stadio esprimas kaj prezentas dinamikan esprimŝanĝon
● Precizaj ŝablonoj de tempo kaj spaca esprimo
● Komuna analizo kun mRNA-datumoj.
● BMKCloud-bazita rezulto livero: Personigita datuma-minado havebla sur platformo.
● Post-vendaj servoj validaj dum 3 monatoj post la finiĝo de la projekto
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Platformo | Rekomenditaj datumoj | Datumoj QC |
| rRNA-malplenigo | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥6.5; Por bestoj: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
Nukleotidoj:
Histo: Pezo (seka): ≥1 g
*Por histo pli malgranda ol 5 mg, ni rekomendas sendi fulmfrostitan (en likva nitrogeno) histo-provaĵo.
Ĉela suspendo: Ĉelkalkulo = 3×107
*Ni rekomendas sendi frostitan ĉelan lizaton.Se tiu ĉelo nombras pli malgranda ol 5×105, fulmo frostigita en likva nitrogeno rekomendas.
Sangaj specimenoj:
PA×genoBloodRNATube;
6mLTRIzol kaj 2mL sango (TRIzol:Sango=3:1)
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendado:
1.Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
2.RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformadiko
1.LncRNA-klasifiko
LncRNA antaŭdirita de la kvar programaroj supre estis klasifikitaj en 4 kategoriojn: lincRNA, kontraŭ-senso-LncRNA, introna-LncRNA;senco-LncRNA.LncRNA-klasifiko estis montrita en la histogramo malsupre.
LncRNA-klasifiko
2.Cis-celaj genoj de DE-lncRNA-riĉiga analizo
ClusterProfiler estis utiligita en GO-riĉiga analizo sur cis-celaj genoj de diferencige esprimita lncRNA (DE-lncRNA), laŭ biologiaj procezoj, molekulaj funkcioj kaj ĉelaj komponentoj.GO-riĉiga analizo estas procezo por identigi DEG-direktitajn signife riĉigitajn GO-terminojn kompare kun tuta genaro.La riĉigitaj terminoj estis prezentitaj en histogramo, bobeldiagramo, ktp kiel montrite sube.
Cis-celitaj genoj de DE-lncRNA-riĉiga analizo - Bubble-diagramo
3. Komparante la longon, eksonnombron, ORF kaj esprimkvanton de mRNA kaj lncRNA, ni povas kompreni la diferencojn en strukturo, sinsekvo kaj tiel plu inter ili, kaj ankaŭ kontroli ĉu la nova lncRNA antaŭvidita de ni konformas al la ĝeneralaj trajtoj.
Kazo BMK
Dereguligita lncRNA-esprimprofilo en la musaj pulmaj adenokarcinomoj kun KRAS-G12D-mutacio kaj P53-knokaŭto
Eldonita:Ĵurnalo de Ĉela kaj Molekula Medicino,2019
Sekvenca strategio
Ilumino
Ekzempla kolekto
La NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ĉeloj kaj negativa kontrolo (sh-Scr) ĉeloj estis akiritaj en la tago 6 de specifa virusa infekto.
Ŝlosilaj rezultoj
Ĉi tiu studo esploras la aberre esprimitajn lncRNAojn en la muspulma adenokarcinomo kun P53-knokaŭto kaj la KrasG12D-mutacio.
1.6424 lncRNA-oj estis diferencige esprimitaj (≥ 2-obla ŝanĝo, P <0.05).
2.Inter ĉiuj 210 lncRNA-oj (FC≥8), la esprimo de 11 lncRNA-oj estis reguligita de P53, 33 lncRNA-oj de KRAS kaj 13 lncRNA-oj de hipoksio en la primaraj KP-ĉeloj, respektive.
3.NONMMUT015812, kiu estis rimarkinde supren-reguligita en la musa pulmo-adenokarcinomo kaj negative reguligita per la P53-re-esprimo, estis detektita por analizi sian ĉelan funkcion.
4.Knockdown de NONMMUT015812 per shRNAs malpliigis proliferadon kaj migradkapablojn de KP-ĉeloj.NONMMUT015812 estis ebla onkogeno.
 KEGG-vojanalizo de la diferencige esprimitaj genoj en la NONMMUT015812-knockdown KP-ĉeloj |  Gene Ontology-analizo de la diferencige esprimitaj genoj en la NONMMUT015812-knockdown KP-ĉeloj |
Referenco
Dereguligita lncRNA-esprimprofilo en la musaj pulmaj adenokarcinomoj kun KRAS-G12D-mutacio kaj P53-knokaŭto [J].Revuo pri Ĉela kaj Molekula Medicino, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
