Hi-C bazita Genoma Asembleo
Servaj Avantaĝoj
Superrigardo de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienco, 2009)
● Ne necesas konstrui genetikan loĝantaron por kontig-ankro;
● Pli alta markilo denseco kondukanta al pli altaj kontigs ankrado proporcio ĉe super 90%;
● Ebligas taksadon kaj korektojn pri ekzistantaj genomasembleoj;
● Pli mallonga tempo de turniĝo kun pli alta precizeco en genoma asembleo;
● Abunda sperto kun pli ol 1000 Hi-C-bibliotekoj konstruitaj por pli ol 500 specioj;
● Pli ol 100 sukcesaj kazoj kun amase eldonita efiko-faktoro de pli ol 760;
● Hi-C bazita genaro asembleo por poliploida genaro, 100% ankra indico estis atingita en antaŭa projekto;
● Endomaj patentoj kaj programaraj kopirajtoj por Hi-C-eksperimentoj kaj analizo de datumoj;
● Mem-evoluinta bildigita datuma agorda programaro, ebligas manan blokan movon, inversigon, revokadon kaj refaradon.
Specifoj de Servo
|
Biblioteko Tipo
|
Platformo | Legu Longon | Rekomendi Strategion |
| Saluton-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Hi-C biblioteko kvalito kontrolo
● Hi-C bazita genaro asembleo
● Post-asemblea taksado
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
| Besto | Fungo | Plantoj
|
| Frostigita histo: 1-2g per biblioteko Ĉeloj: 1x 10^7 ĉeloj per biblioteko | Frosta histo: 1 g per biblioteko | Frostigita histo: 1-2g per biblioteko
|
| *Ni forte rekomendas sendi almenaŭ 2 alikvotojn (po 1 g) por la eksperimento Hi-C. | ||
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Por plej multaj specimenoj, ni rekomendas ne konservi en etanolo.
Ekzempla etikedado: Specimenoj devas esti klare etikeditaj kaj identaj al sendita specimena informformularo.
Sendado: Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj unue kaj enterigitaj en seka glacio.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
DNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
*Demonstraj rezultoj ĉi tie estas ĉiuj el genaroj publikigitaj kun Biomarker Technologies
1.Hi-C interaga varmomapo deCamptotheca acuminatagenaro.Kiel montrite sur la mapo, la intenseco de interagoj estas negative korelaciita kun la linia distanco, kiu indikas tre precizan kromosom-nivelan asembleon.(Ankroproporcio: 96.03%)
Kang M et al.,Naturkomunikadoj, 2021
2.Hi-C faciligis la validigon de inversioj interGossypium hirsutumL. TM-1 A06 kajG. arbejoChr06
Yang Z et al.,Naturkomunikadoj, 2019
3.Asembleo kaj bialela diferencigo de la manioka genaro SC205.Hi-C varmomapo montris klaran disigon en homologaj kromosomoj.
Hu W et al.,Molekula Planto, 2021
4.Hi-C varmomapo sur du Ficus-specia genaro asembleo:F.microcarpa(ankroproporcio: 99,3%) kajF.hispida (ankriproporcio: 99.7%)
Zhang X et al.,Ĉelo, 2020
Kazo BMK
Genamoj De La Banjanarbo Kaj Polenigisto-Vespo Provizas Sciojn Pri Figo-vespo Kunevoluo
Eldonita: Ĉelo, 2020
Sekvenca strategio:
F. mikrokarpo genaro: Proks.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenaro: Proks.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenaro: Proks.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Ŝlosilaj rezultoj
1.Du banjanarboj kaj unu polenigistovespgenaro estis konstruitaj uzante PacBio-sekvencadon, Hi-C kaj ligmapon.
(1)F. mikrokarpogenaro: Aro de 426 Mb (97.7% de laŭtaksa genargrandeco) estis establita kun kontig N50 de 908 Kb, BUSCO-poentaro de 95.6%.Entute 423 Mb-sekvencoj estis ankritaj al 13 kromosomoj per Hi-C.Genarkomentado donis 29,416 protein-kodigajn genojn.
(2)F. Hispidagenaro: Aro de 360 Mb (97.3% de laŭtaksa genargrandeco) estis rendimento kun kontig N50 de 492 Kb kaj BUSCO-poentaro de 97.4%.Totalo de 359 Mb-sekvencoj estis ankritaj sur 14 kromosomoj per Hi-C kaj tre identaj al alt-denseca ligmapo.
(3)Eupristina verticillatagenaro: Asembleo de 387 Mb (Taksita genargrandeco: 382 Mb) estis establita kun contig N50 de 3.1 Mb kaj BUSCO-poentaro de 97.7%.
2.Kompara analizo de genomiko malkaŝis grandan nombron da strukturaj varioj inter duFicusgenaroj, kiuj disponigis valoregan genetikan rimedon por adaptaj evolustudoj.Ĉi tiu studo, por la unua fojo, disponigis sciojn pri la kunevoluo de Fig-vespo ĉe genoma nivelo.
 Circos-diagramo pri genomaj trajtoj de duFicusgenamoj, inkluzive de kromosomoj, segmentaj multobligoj (SDoj), transpozonoj (LTR, TEoj, DNA TEoj), genekspresio kaj sintonia |  Identigo de la Y-kromosomo kaj seksdetermina kandidat geno |
Zhang, X. , et al."Genomoj de la Banjanarbo kaj Polenigisto-Vespo provizas sciojn pri Figo-Vespo-Koevoluo."Ĉelo 183.4 (2020).
