-
Planto/Besto De novo Genome Sequencing
De novosekvencado rilatas al konstruado de la tuta genaro de specio uzanta sekvencteknologiojn, ekz. PacBio, Nanopore, NGS, ktp., en foresto de referenca genaro.La rimarkinda plibonigo en legolongo de triageneraciaj sekvencaj teknologioj alportis novajn ŝancojn en kunigado de kompleksaj genaroj, kiel tiuj kun alta heterozigoseco, alta proporcio de ripetemaj regionoj, poliploidoj, ktp. Kun legolongo je dekoj da kilobaza nivelo, ĉi tiuj sekvencaj legadoj ebligas. solvado de ripetemaj elementoj, regionoj kun eksternorma GC-enhavo kaj aliaj tre kompleksaj regionoj.
Platformo: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C bazita Genoma Asembleo
Hi-C estas metodo dizajnita por kapti kromosomkonfiguracion kombinante sondantajn proksimec-bazitajn interagojn kaj alt-trafian sekvencon.La intenseco de tiuj interagoj verŝajne estas negative korelaciita kun fizika distanco sur kromosomoj.Tial, Hi-C-datenoj povus gvidi la grupigon, ordigon kaj orientiĝon de kunvenitaj sekvencoj en skiza genaro kaj ankri tiujn sur certa nombro da kromosomoj.Tiu teknologio povigas kromosom-nivelan genaron en foresto de populaci-bazita genetika mapo.Ĉiu ununura genaro bezonas Hi-C.
Platformo: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolua Genetiko
Evolua genetiko estas plenplena sekvenca servo dizajnita por disponigado de ampleksa interpreto pri evoluaj informoj de antaŭfiksitaj materialoj bazitaj sur genetikaj varioj, inkluzive de SNPoj, InDels, SVoj kaj CNVoj.Ĝi disponigas ĉiujn fundamentajn analizojn necesajn por priskribi evoluajn ŝanĝojn kaj genetikajn trajtojn de populacioj, kiel populaciostrukturo, genetika diverseco, filogeniaj rilatoj, ktp. Ĝi ankaŭ enhavas studojn pri genfluo, kiu rajtigas takson de efika populaciograndeco, diverĝtempo.
-
Kompara Genomics
Kompara genaro laŭvorte signifas kompari la kompletajn genarsekvencojn kaj strukturojn de malsamaj specioj.Ĉi tiu disciplino celas malkaŝi speciovolucion, genfunkcion, genan reguligan mekanismon sur genarnivelo identigante la sekvencstrukturojn kaj elementojn kiuj konservis aŭ diferenciĝis trans malsamaj specioj.Tipa kompara genaro studo inkludas analizojn en genfamilio, evolua evoluo, tuta genarmultobligo, selektema premo, ktp.
-
Bulked Segregant-analizo
Bulked segregant-analizo (BSA) estas tekniko utiligita por rapide identigi fenotipaj rilatajn genetikajn signojn.Ĉefa laborfluo de BSA enhavas selektadon de du grupoj de individuoj kun ekstreme kontraŭaj fenotipoj, kunigante la DNA de ĉiuj individuoj por formi du plejparton de DNA, identigante diferencigajn sekvencojn inter du naĝejoj.Tiu tekniko estis grandskale utiligita en identigado de genetikaj signoj forte asociitaj per laŭcelaj genoj en planto/bestaj genaroj.
