Funga Genaro
Servaj Avantaĝoj
● Multoblaj sinsekvaj strategioj disponeblaj por malsamaj esplorceloj
● Tre sperta pri funga genoma asembleo kun pli ol 10,000 pene-kompleta genaro kunvenita.
● Profesia postvenda teknika subtena teamo plenumanta pli specifajn esplorbezonojn.
Specifoj de Servo
| Servo | Sekvenca Strategio | Kvalito garantiita | Laŭtaksa turniĝotempo |
| Funga bona mapo | Illumina 50X+Nanopore 100X | Kontig N50≥2 Mb | 35 labortagoj |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Funga pen-kompleta mapo | Illumina 50X+Nanopore 100X (Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | Kromosoma ankra proporcio > 90% | 45 labortagoj |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● Genoma asembleo
● Genoma kompona analizo
● Gena funkcio komentario
● Kompara genoma analizo
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
PorDNA-ekstraktoj:
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo | Pureco |
| DNA-ekstraktoj | > 1,2 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Por histoprovaĵoj:
| Specimena tipo | Rekomendita specimena traktado | Specimena stokado kaj sendo |
| Unuĉela Fungo | Observu giston sub mikroskopo kaj kolektu ilin en ilia eksponenta fazo Transloku la kulturon (enhavantan ĉ. 3-4.5e9 ĉelojn) en 1.5 aŭ 2 ml eppendorf.(Konservu sur glacio) Centrifugu la tubon dum 1 min je 14000 g por kolekti bakteriojn kaj zorge forigi la supernatanton. Sigelu la tubon kaj frostigu la bakteriojn en likva nitrogeno dum almenaŭ 1-3 horoj.Konservu la tubon en -80 ℃ fridujo. | Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata. |
| Makrofungo | Histo en aktive kreskanta fazo estas rekomendita. Rinse la histon kun endotoksin-libera akvo, tiam 70% etona. Konservu la specimenon en krio-tuboj. |
Serva Laborfluo
Specimena livero
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Circos-diagramo pri fungaj genomaj komponantoj
2.Kompara genoma analizo: Filogenetika arbo
