BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktoj

DNA/RNA-sekvencado - PacBio Sequencer

PacBio-sekvenca platformo estas longlegada sekvenca platformo, kiu ankaŭ estas konata kiel unu el la teknologioj de Third-Generation Sequencing (TGS).La kerna teknologio, unu-molekula reala tempo (SMRT), rajtigas la generacion de legaĵoj kun dekoj da kilo-bazo en longo.Surbaze de "Sequencing-by-Synthesis", ununura nukleotidrezolucio estas atingita per Nul-reĝima ondgvidisto (ZMW), kie nur limigita volumeno ĉe la fundo (loko de molekulsintezo), estas prilumita.Krome, SMRT-sekvencado plejparte evitas sekvenc-specifan biason en NGS-sistemo, en tio ke la plej multaj el PCR-plifortigŝtupoj ne estas postulataj en biblioteka konstruprocezo.

 

Platformo: Sequel II, Revio


Servaj Detaloj

Demo Rezultoj

Trajtoj

Du sekvencaj reĝimoj sur PacBio-sekvencilo: Continuous Long Read (CLR) kaj Circular Consensus Read (CCS)

Sekvenca Reĝimo Biblioteko Grandeco Teoria DatumoRendimento (Pou Ĉelo) UnubazaPrecizeco Aplikoj
CLR 20Kb, 30Kb, ktp. 80 Gb ĝis 130 Gb Proks.85% De novo, SV-voko, ktp.
CCS 15-20 Kb

14 ĝis 40 Gb/ĉelo (Daŭrigo II)

70 ĝis 110 Gb/ĉelo (Revio)

Dependas de la specimenoj

Proks.99% De novo, SNP/Indel/SV-voko, Iso-Seq,

Komparo de la agado kaj ecoj de Revio kaj Sequel II

Kondiĉoj

Sequel II-sistemo

Revio-sistemo

Pliigas

Pli alta denseco

8 milionoj da ZMWoj

25 milionoj da ZMWoj

3x

Sendependaj etapoj

1

4

4x

Pli mallongaj kurtempoj

30 horoj

24 horoj

1.25x

30X HiFi homaj genaroj / jaro

88

1.300

15x entute

Servaj Avantaĝoj

● Pli ol 8-jara sperto en PacBio-sekvenca platformo kun miloj da fermitaj projektoj kun diversaj specioj.

● Plene ekipita per la plej novaj PacBio Sequencing-platformoj, Revio por garantii sufiĉan sekvencan trairon.

● Pli rapida turniĝotempo, pli alta datumrendimento kaj pli precizaj datumoj.

● Kontribuis en centoj da alt-efikaj PacBio-bazitaj publikaĵoj.

Specimenaj Postuloj


Specimena Tipo Kvanto Koncentriĝo (Qubit®) Volumo Pureco Aliaj
Genoma DNA Dependu de Datuma Postulo ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1.8-2.5;
Klara pinto je 260 Nm,neniu poluado
Koncentriĝo devas esti mezurita per Qubit kaj Qubit/Nanopore = 0.8-2.5
Tuta RNA ≥1.2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0.5-2.5;neniu poluado

RIN-valoro ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

Serva Laborfluo

specimena preparado

Specimena preparado

Biblioteko Preparado

Bibliotekokonstruo

Sekvencado

Sekvencado

Analizo de datumoj

Analizo de datumoj

Specimeno QC

Projekto livero


  • Antaŭa:
  • Sekva:

  • 1.In-doma Datuma Rendimento

    Datenoj generitaj de 63 CCS-ĉeloj (de 26 specioj)

    DATUMO-PacBio-CCS-15 Kb Averaĝa Maks Min Mediano
    Rendimento - sublegoj (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Donita - CCS (Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polimerazo N50 145.651 175.430 118.118 144.689
    Sublegas N50 17 509 23.924 12.485 17 584
    CCS N50 14.490 19.034 9 876 14.747
    Meza longo-polimerazo 67.995 89.379 49.664 66.433
    Averaĝa longo-Subpanoj 15 866 21 036 11.657 16.012
    Averaĝa longo-CCS 14.489 19 074 8.575 14.655

    Datenoj generitaj de 16 CLR-ĉeloj (de 76 specioj)

    DATUMO-PacBio-CLR-30Kb Averaĝa Maks Min Mediano
    Rendimento - sublegoj (Gb) 142.20 291.40 50.55 142.49
    Polimerazo N50 39 456 121.191 15.389 35.231
    Sublegas N50 28.490 41 012 14.430 29 063
    Meza longo-polimerazo 22 063 48.886 8.747 21 555
    Averaĝa longo-Subpanoj 17.720 27.225 8,293 17.779

    2.Data QC - DemoStatistiko pri datuma rendimento

    Specimeno

    ccs Legoj Num

    Totalaj ccs-bazoj (bp)

    ccs Legas N50 (bp)

    ccs Meza Longo (bp)

    ccs Plej Longa Legita (bp)

    sublegas Bazojn (bp)

    ccs-indico (%)

    PB_BMKxxx

    3.444.159

    54,164,122,586

    15 728

    15.726

    36.110

    863.326.330.465

    6.27

     

    akiri citaĵon

    Skribu vian mesaĝon ĉi tie kaj sendu ĝin al ni

    Sendu vian mesaĝon al ni: