Kompara Genomiko
Servaj Avantaĝoj
● Ampleksa analizo-pakaĵo, enhavante la ok plej ofte postulatajn analizojn
● Alta fidindeco en analizo kun detala kaj facile komprenebla interpreto pri rezultoj
● Bone desegnitaj pretaj publikigeblaj figuroj
● Tre sperta bioinformatika teamo plenumas diversajn personigitajn analizpostulojn
● Pli mallonga turniĝotempo kun pli alta precizeco en analizo
● Abunda sperto kun pli ol 90 sukcesaj kazoj kun amase eldonita efikfaktoro de pli ol 900
Specifoj de Servo
| Laŭtaksa turniĝotempo | Nombro de specioj | Analizoj |
| 30 labortagojn | 6 - 12 | Gena familiogrupo Ekspansio kaj kuntiriĝo de genfamilio Filogenetika arbokonstruo Takso de diverĝa tempo (bezonata fosilia kalibrado) LTR-enmeta tempo (Por plantoj) Tuta genarmultobligo (Por plantoj) Selektema premo Analizo de sinteza |
Bioinformadikaj analizoj
● Gena familio
● Filogenetiko
● Tempo de diverĝo
● Selektema premo
● Analizo de sinteza
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
Histo aŭ DNA por genarsekvencado kaj kunigo
Por Histo
| Specioj | Histo | Enketo | PacBio CCS |
| Besto | Viscera histo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskola histo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Mamula sango | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Kokaĵo/Fiŝa sango | |||
| Planto | Freŝa Folio | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petalo/Ttigo | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Radiko/Semo | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Ĉeloj | Kultura ĉelo | - | ≥ 1 x 108 |
Datumoj
Genarsekvencdosieroj (.fasta) kaj komentariodosieroj (.gff3) de proksime rilataj specioj
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
*Demonstraj rezultoj ĉi tie estas ĉiuj el genaroj publikigitaj kun Biomarker Technologies
1.LTR-enmeta tempo-takso: La figuro montris unikan bimodan distribuon en LTR-RTs-enmetadtempoj en Weining-sekalgenaro, kompare kun aliaj specioj.La plej lastatempa pinto aperis antaŭ ĉirkaŭ 0,5 milionoj da jaroj.
Li Guang et al.,Natura Genetiko, 2021
2.Filogenio kaj gena familio-analizo sur ĉajoto (Sechium edule): Analizante ĉajoton kaj la aliajn 13 rilatajn speciojn en genfamilio, Ĉajoto estis trovita plej proksime rilatita kun serpentkurbo (Trichosanthes anguina).Ĉajoto derivita de serpentkurbo en proksimume 27-45 Mya kaj tuta genarmultobligo (WGD) estis observita en ĉajoto en 25±4 Mya, kio estas la tria WGD-okazaĵo en kucuibitacoj.
Fu A et al.,Hortikultura Esplorado, 2021
3.Analizo de sinteza: Kelkaj genoj rilataj al fitohormonoj en frukto-disvolviĝo estis trovitaj en ĉajoto, serpentkurbo kaj kukurbo.Korelacio inter ĉajoto kaj kukurbo estas iomete pli alta ol tiu inter ĉajoto kaj serpentkukurbo.
Fu A et al.,Hortikultura Esplorado, 2021
4.Gene-familia analizo: KEGG-riĉigo pri gena familia ekspansio kaj kuntiriĝo en genaroj de G.thurberi kaj G.davidsonii montris, ke steroida biosintezo kaj brassinosteroida biosintezo rilataj genoj estis vastigitaj.
Yang Z et al.,BMC Biologio, 2021
5.Analizo de tuta genaro duobligo: analizo de distribuo de 4DTV kaj Ks montris eventon pri tuta duobliga genaro.Pintoj de intraspecio montris multobligajn okazaĵojn.Pintoj de interspecioj montris speciĝokazaĵojn.La analizo indikis ke kompare kun la aliaj tri proksime rilataj specioj, O. europaea travivis grandskalan genomultobligon pli lastatempe.
Rao G et al.,Hortikultura Esplorado, 2021
Kazo BMK
Rozo sen pikilo: genomaj komprenoj ligitaj al humida adaptado
Eldonita: Nacia Scienca Revuo, 2021
Sekvenca strategio:
— Tiu de BasyeSendornaj' (R.Wichurainan) genaro:
Proks.93 X PacBio + ĉ.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ŝlosilaj rezultoj
1.Altkvalita genaro de R.wichuraiana estis konstruita per longlegeblaj sekvencaj teknikoj, kiuj donas kunigon de 530,07 Mb (laŭtaksa genargrandeco estis proksimume 525,9 Mb per fluocitometrio kaj 525,5 per genaro enketo； Heterozigoseco estis ĉirkaŭ 1,03%).BUSCO laŭtaksa poentaro estis 93.9%.Komparante kun "Malnova ruĝiĝo" (haploOB), la kvalito kaj kompleteco de ĉi tiu genaro estis konfirmitaj per baza unubaza precizeco kaj LTR-kunvenindekso (LAI=20.03).R.wichuraiana genaro enhavas 32,674 protein-kodigajn genojn.
2.Multi-omika komuna analizo, konsistanta el kompara genomiko, transcriptomics, QTL-analizo de genetika populacio, malkaŝis la decidan speciĝon inter R. wichuraiana kaj Rosa chinensis.Ankaŭ, esprimvario de rilataj genoj en QTL verŝajne estus asociita kun tigo-pikaĵstrukturado.
Kompara genomika analizo inter Basye;s Thornless kaj Rosa chinensis inkluzive de sintenanalizo, genfamilia areto, vastiĝo kaj kuntiriĝa analizo, rivelis grandan nombron da varioj, kiuj rilatis al decidaj trajtoj en rozoj.La unika vastiĝo en NAC kaj FAR1/FRS genfamilio estis tre verŝajne asociita kun rezisto al nigra punkto.
Kompara genomika analizo inter BT kaj haploOB genaroj.
Zhong, M. , et al."Rozo sen pikilo: genomaj komprenoj ligitaj al humida adaptado"Nacia Scienca Revuo, 2021;, nwab092.
