circRNA-sekvencado-Illumina
Servaj Avantaĝoj
● CircRNA estas tre korelaciita kun mRNA-esprimo reguligante
● Partoprenis en la reguliga sistemo de circRNA - miRNA - mRNA
● Identigo kaj statistiko pri konata circRNA kaj nova circRNA prognozo
● BMKCloud-bazita rezulto livero: Personigita datuma-minado havebla sur platformo.
● Post-vendaj servoj validaj dum 3 monatoj post la finiĝo de la projekto
Specimenaj Postuloj kaj Livero
| Biblioteko | Platformo | Rekomenditaj datumoj | Datumoj QC |
| rRNA-malplenigo | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidoj:
| Konk. (ng/μl) | Kvanto (μg) | Pureco | Integreco |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limigita aŭ neniu proteino aŭ DNA-poluado montrita sur ĝelo. | Por plantoj: RIN≥6.5; Por bestoj: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limigita aŭ neniu bazlinia alteco |
Ekzemplaj Postuloj:
Histo: Pezo (seka): ≥1 g
*Por histo pli malgranda ol 5 mg, ni rekomendas sendi fulmfrostitan (en likva nitrogeno) histo-provaĵo.
Ĉela suspendo: Ĉelkalkulo = 3×107
*Ni rekomendas sendi frostitan ĉelan lizaton.Se tiu ĉelo nombras pli malgranda ol 5×105, fulmo frostigita en likva nitrogeno rekomendas.
Sangaj specimenoj:
PA×geneBloodRNATube;
6 mLTRIzol kaj 2 mL sango (TRIzol:Sango=3:1)
Rekomendita Specimena Livero
Ujo: 2 ml centrifuga tubo (Stana folio ne rekomendas)
Ekzempla etikedado: Grupo+replikato ekz. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sendado:
Seka glacio: Specimenoj devas esti pakitaj en sakoj kaj enterigitaj en seka glacio.
RNAstable-tuboj: RNA-provaĵoj povas esti sekigitaj en RNA-stabiliga tubo (ekz. RNAstable®) kaj senditaj en ĉambra temperaturo.
Serva Laborfluo
Eksperimenta dezajno
Specimena livero
RNA-eltiro
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
Bioinformadiko
1.CircRNA Gastigantoj
Estis raportite ke plimulto de circRNAoj estas originita de ekson prefere ol introj aŭ intergenaj regionoj.Krome distribuado de circRNA varias signife inter kromosomoj.Tial, estas de granda valoro analizi malsamajn distribuojn de circRNA-gastigantoj inter malsamaj provaĵoj, inkluzive de distribuado de tio sur malsamaj genregionoj kaj sur malsamaj kromosomoj.
Distribuado de circRNA-gastiganto
2.Clustering Analysis on DE-circRNA
Hierarkia grupigo de diferencige esprimitaj cirkRNAoj
3.GO Komentario pri DE-circRNA Gastigantaj Genoj
GO-klasifiko de DE-circRNA gastigantgenoj
Kazo BMK
CPSF4 reguligas circRNA-formacion kaj mikroRNA-mediaciitan gensilentigon en hepatoĉela karcinomo
Eldonita: Onkogeno,2021
Ŝlosilaj rezultoj
1.CPSF4-esprimo estas supre reguligita en HCC kaj tiu alta esprimo de CPSF4 estas rilata al malbona prognozo en HCC-pacientoj
2. CPSF4 reduktas la nivelojn de circRNAs, kiuj posedas poliadenilation signalsekvencon kaj ĉi tiu malkresko en circRNA reduktas la amasiĝon de miRNA kaj interrompas la miRNA-mediaciitan genan silentigon en HCC.
3.Eksperimentoj en ĉelkulturo kaj ksenograft-musaj modeloj montris, ke CPSF4 antaŭenigas la proliferadon de HCC-ĉeloj kaj plibonigas tumorigecon.Krome, CPSF4 kontraŭas la tumorsubpreman efikon de ĝia kontraŭflua circRNA en HCC.
 miRNA-niveloj kaj proteinniveloj |
Wang X , Dong J , Li X , et al.CPSF4 reguligas circRNA-formadon kaj mikroRNA-mediaciitan genan silentigon en hepatoĉela karcinomo [J].Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6
