16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Servaj Avantaĝoj
● Sen izoleco kaj rapida identigo de mikroba komponado en mediaj specimenoj
● Alta rezolucio en malalt-abundaj komponantoj en mediaj specimenoj
● Plej nova QIIME2 analizanta fluon kun diversaj analizoj laŭ datumbazo, komentario, OTU/ASV.
● Alta rendimento, pli alta precizeco
● Aplikebla al diversaj mikrobaj komunumaj studoj
● BMK posedas vastan sperton kun pli ol 100,000 specimenoj/jare, kovrante grundon, akvon, gason, ŝlimon, fekon, intestojn, haŭton, fermentan buljonon, insektojn, plantojn, ktp.
● BMKCloud faciligis datuminterpreton enhavantan 45 personigitajn analizajn ilojn
Specifoj de Servo
| SekvencadoPlatformo | Biblioteko | Rekomendita datumrendimento | Laŭtaksa turniĝotempo |
| Platformo Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Etikedoj | 30 Tagoj |
Bioinformadikaj analizoj
● Kontrolo de kvalito de krudaj datumoj
● OTU-grupo/Malbruo (ASV)
● OTU komentario
● Alfa-diverseco
● Beta diverseco
● Intergrupa analizo
● Asocia analizo kontraŭ eksperimentaj faktoroj
● Funkcia gena prognozo
Specimenaj Postuloj kaj Livero
Ekzemplaj Postuloj:
PorDNA-ekstraktoj:
| Specimena Tipo | Kvanto | Koncentriĝo | Pureco |
| DNA-ekstraktoj | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Por mediaj specimenoj:
| Specimena tipo | Rekomendita prova proceduro |
| Grundo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Restanta velkinta substanco devas esti forigita de surfaco;Muelu grandajn pecojn kaj trairu 2 mm filtrilon;Alikvotaj specimenoj en sterila EP-tubo aŭ cirotubo por rezervado. |
| Feko | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvotitajn specimenojn en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervado. |
| Intesta enhavo | Specimenoj devas esti prilaboritaj en asepta kondiĉo.Lavu kolektitan histon per PBS;Centrifugu la PBS kaj kolektu la precipitanton en EP-tuboj. |
| Ŝlimo | Specimena kvanto: ĉ.5 g;Kolektu kaj alikvoto de ŝlima specimeno en sterila EP-tubo aŭ kriotubo por rezervo |
| Akvokorpo | Por specimeno kun limigita kvanto da mikroba, kiel krana akvo, puta akvo, ktp., Kolektu almenaŭ 1 L da akvo kaj trapasu 0,22 μm-filtrilon por riĉigi mikroban sur la membrano.Konservu la membranon en sterila tubo. |
| Haŭto | Zorge skrapu la haŭtan surfacon per sterila kotono aŭ kirurgia klingo kaj metu ĝin en sterilan tubon. |
Rekomendita Specimena Livero
Frostigu la specimenojn en likva nitrogeno dum 3-4 horoj kaj konservu en likva nitrogeno aŭ -80 gradojn al longtempa rezervo.Specimena sendado kun seka glacio estas postulata.
Serva Laborfluo
Specimena livero
Bibliotekokonstruo
Sekvencado
Analizo de datumoj
Post-vendaj servoj
1.Specia distribuo
2.Harma mapo: Specia riĉeco-grupo
3.Malofta frakcia kurbo
4.NMDS-analizo
5.Lefse analizo
Kazo BMK
Obezaj Individuoj kun kaj sen Tipo 2 Diabeto montras malsaman intestan mikroban funkcian kapablon kaj konsiston
Eldonita:Ĉela Gastiganto kaj Mikrobo, 2019
Sekvenca strategio:
Malgrasa ne-diabeto (n=633);Obeza ne-diabeto (n=494);Obeza-Tipa 2-diabeto (n=153);
Cela regiono: 16S rDNA V1-V2
Platformo: Illumina Miseq (NGS-bazita amplikonsekvencado)
Subaro de DNA-eltiraĵoj estis submetita al metagenomic-sekvencado sur Illumina Hiseq
Ŝlosilaj rezultoj
Mikrobaj profiladoj de tiuj metabolaj malsanoj estis sukcese diferencigitaj.
Komparante mikrobajn trajtojn generitajn per 16S-sekvencado, obezeco estis trovita asociita kun ŝanĝoj en mikroba konsisto, individuaj trajtoj, precipe signifa malkresko en Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ktp. Krome, T2D estis trovita asociita kun pliiĝo en Escherichia/shigella. .
Referenco
Thingholm, LB, et al."Grazaj Individuoj kun kaj sen Tipo 2 Diabeto Montras Malsaman Intestan Mikrobian Funkcian Kapaciton kaj Kunmetaĵon."Ĉela Gastiganto & Mikrobo26.2 (2019).
