10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Trajtoj
● Rezolucio: 100 µM
● Makulo-Diametro: 55 µM
● Nombro da makuloj: 4992
● Kapta areo: 6,5 x 6,5 mm
● Ĉiu strekkodita punkto estas ŝarĝita kun enkondukoj kunmetitaj de 4 sekcioj:
- poli(dT) vosto por mRNA-primo kaj cDNA-sintezo
- Unika Molekula Identigilo (UMI) por korekti plifortan biason
- Spaca strekkodo
- Liganta sinsekvo de parta legado 1 sinsekva enkonduko
● H&E-makulado de sekcioj
Avantaĝoj
●Unu-halta servo: integras ĉiujn spertojn kaj kapablo-bazitajn paŝojn, inkluzive de krio-sekcio, makulado, histooptimumigo, spaca strekkodado, biblioteka preparo, sekvencado kaj bioinformadiko.
● Tre sperta teknika teamo: kun sperto en pli ol 250 histotipoj kaj pli ol 100 specioj inkluzive de homo, muso, mamulo, fiŝo kaj plantoj.
●Realtempa ĝisdatigo pri la tuta projekto: kun plena kontrolo de eksperimenta progreso.
●Ampleksa norma bioinformadiko:pako inkluzivas 29 analizojn kaj 100+ altkvalitajn figurojn.
●Agordita datuma analizo kaj bildigo: disponebla por malsamaj esplorpetoj.
●Laŭvola komuna analizo kun Unuĉela mRNA-sekvencado
Specifoj
| Specimenaj Postuloj | Biblioteko | Sekvenca strategio | Datenoj rekomenditaj | Kontrolo de kvalito |
| OCT-enigitaj krioprovaĵoj, FFPE-provaĵoj (Optima diametro: ĉ. 6x6x6 mm3) 3 blokoj per specimeno | 10X Visium cDNA-biblioteko | Illumina PE150 | 50K PE legoj per loko (60 Gb) | RIN>7 |
Por pliaj detaloj pri specimena prepargvido kaj serva laborfluo, bonvolu paroli kun aBMKGENE fakulo
Serva Laborfluo
En la specimena preparfazo, komenca pogranda RNA-ekstraktadprovo estas farita por certigi altkvalitan RNA povas esti akirita.En la hista optimumigstadio la sekcioj estas makulitaj kaj bildigitaj kaj la permeabiligkondiĉoj por mRNA-liberigo de histo estas optimumigitaj.La optimumigita protokolo tiam estas aplikita dum bibliotekkonstruo, sekvita per sekvencado kaj datenanalizo.
La kompleta serva laborfluo implikas realtempajn ĝisdatigojn kaj klientajn konfirmojn por konservi respondeman respondbuklon, certigante glatan projektekzekuton.
Inkluzivas la sekvan analizon:
Kontrolo de Kvalito de Datumoj:
o Datuma eligo kaj kvalito-poentaro distribuo
o Gena detekto por punkto
o Histo-kovrado
Analizo de interna specimeno:
o Gena riĉeco
o Spot clustering, inkluzive de reduktita dimensia analizo
o Diferenca esprima analizo inter aretoj: identigo de markilaj genoj
o Funkcia komentario kaj riĉigo de markilaj genoj
Intergrupa analizo
o Re-kombinado de makuloj de ambaŭ specimenoj (ekz. malsana kaj kontrolo) kaj re-grupo
o Identigo de signogenoj por ĉiu areto
o Funkcia komentario kaj riĉigo de markilaj genoj
o Diferenciala Esprimo de la sama areto inter grupoj
Analizo de interna specimeno
Punkta amasiĝo
Identigo de signogenoj kaj spaca distribuo
Intergrupa Analizo
Kombinaĵo de datumoj de ambaŭ grupoj kaj re-grupo
Markaj genoj de novaj aretoj
Esploru la progresojn faciligita de la spaca transcriptomic-servo de BMKGene de 10X Visium En ĉi tiuj elstaraj publikaĵoj:
Chen, D. et al.(2023) "mthl1, ebla Drosophila homologo de mamulaj adheraj GPCRoj, estas engaĝita en kontraŭtumoraj reagoj al injektitaj onkogenaj ĉeloj en muŝoj", Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Procedoj de la National Academy of Sciences of the United States of America), 120 (30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) "ŜTALO ebligas alt-rezolucian limon de spatiotempaj transcriptomic-datenoj", Briefings in Bioinformatics, 24 (2), pp 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) "A spatiotempa atlaso de organogenezo en la evoluo de orkideaj floroj", Nucleic Acids Research, 50 (17), pp 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "Integrigi Spatial Transcriptomics kaj Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomioma", International Journal of Biological Sciences, 19 (8), pp 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
