-
Αλληλουχία mRNA πλήρους μήκους-Nanopore
Η αλληλουχία RNA ήταν ένα ανεκτίμητο εργαλείο για ολοκληρωμένη ανάλυση μεταγραφομετρίας.Αναμφίβολα, η παραδοσιακή αλληλουχία σύντομης ανάγνωσης πέτυχε πολλές σημαντικές εξελίξεις εδώ.Ωστόσο, συχνά συναντά περιορισμούς σε ταυτοποιήσεις ισομορφών πλήρους μήκους, ποσοτικοποίηση, μεροληψία PCR.
Η αλληλουχία νανοπόρων διακρίνεται από άλλες πλατφόρμες προσδιορισμού αλληλουχίας, καθώς τα νουκλεοτίδια διαβάζονται απευθείας χωρίς σύνθεση DNA και παράγει μακρά ανάγνωση σε δεκάδες κιλοβάσεις.Αυτό εξουσιοδοτεί τη διασταύρωση μεταγραφών πλήρους μήκους με άμεση ανάγνωση και την αντιμετώπιση των προκλήσεων σε μελέτες σε επίπεδο ισομορφής.
Πλατφόρμα:Nanopore PromethION
Βιβλιοθήκη:cDNA-PCR
-
De novo Αλληλουχία μεταγραφής πλήρους μήκους - PacBio
De novoπλήρους μήκους μεταγραφική αλληλουχία, επίσης γνωστή ωςDe novoΤο Iso-Seq εκμεταλλεύεται τα πλεονεκτήματα του PacBio sequencer σε μήκος ανάγνωσης, το οποίο επιτρέπει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας μορίων cDNA πλήρους μήκους χωρίς διακοπές.Αυτό αποφεύγει εντελώς τυχόν σφάλματα που δημιουργούνται στα βήματα συναρμολόγησης μεταγραφής και δημιουργεί σύνολα unigene με ανάλυση σε επίπεδο ισομορφής.Αυτά τα σύνολα unigene παρέχει ισχυρές γενετικές πληροφορίες ως «γονιδίωμα αναφοράς» σε επίπεδο μεταγραφής.Επιπλέον, σε συνδυασμό με δεδομένα αλληλουχίας επόμενης γενιάς, αυτή η υπηρεσία δίνει τη δυνατότητα ακριβούς ποσοτικοποίησης της έκφρασης σε επίπεδο ισομορφής.
Πλατφόρμα: PacBio Sequel IIΒιβλιοθήκη: Βιβλιοθήκη καμπάνας SMRT -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Η αλληλουχία mRNA επιτρέπει τη δημιουργία προφίλ όλων των mRNA που μεταγράφονται από κύτταρα υπό συγκεκριμένες συνθήκες.Είναι μια ισχυρή τεχνολογία για την αποκάλυψη του προφίλ γονιδιακής έκφρασης, των γονιδιακών δομών και των μοριακών μηχανισμών ορισμένων βιολογικών διεργασιών.Μέχρι σήμερα, η αλληλουχία mRNA έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως στη θεμελιώδη έρευνα, την κλινική διάγνωση, την ανάπτυξη φαρμάκων κ.λπ.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Μη βασισμένη στην αναφορά αλληλουχία mRNA-Illumina
Η αλληλουχία mRNA υιοθετεί την τεχνική αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) για τη σύλληψη του αγγελιοφόρου RNA (mRNA) από τον Ευκαρυώτη σε συγκεκριμένη περίοδο που ενεργοποιούνται ορισμένες ειδικές λειτουργίες.Η μακρύτερη μεταγραφή που ματίστηκε ονομαζόταν «Unigene» και χρησιμοποιήθηκε ως η ακολουθία αναφοράς για επακόλουθη ανάλυση, η οποία είναι ένα αποτελεσματικό μέσο για τη μελέτη του μοριακού μηχανισμού και του ρυθμιστικού δικτύου του είδους χωρίς αναφορά.
Μετά τη συγκρότηση δεδομένων μεταγραφής και τον λειτουργικό σχολιασμό unigene
(1)Η ανάλυση SNP, η ανάλυση SSR, η πρόβλεψη CDS και η γονιδιακή δομή θα προδιαμορφωθούν.
(2) Θα πραγματοποιηθεί ποσοτικοποίηση της έκφρασης μονογονιδίου σε κάθε δείγμα.
(3) Διαφορικά εκφραζόμενα μονογονίδια μεταξύ δειγμάτων (ή ομάδων) θα ανακαλυφθούν με βάση την έκφραση μονογονιδίων
(4) Θα πραγματοποιηθεί ομαδοποίηση, λειτουργικός σχολιασμός και ανάλυση εμπλουτισμού διαφορικά εκφραζόμενων unigenes
-
Μακρά μη κωδικοποιητική αλληλουχία-Illumina
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNAs) είναι ένας τύπος μορίων RNA με μήκος άνω των 200 nt, τα οποία χαρακτηρίζονται από εξαιρετικά χαμηλό δυναμικό κωδικοποίησης.Το LncRNA, ως βασικό μέλος στα μη κωδικοποιητικά RNA, βρίσκεται κυρίως στον πυρήνα και στο πλάσμα.Η ανάπτυξη της τεχνολογίας αλληλούχισης και της βιοπληροφορικής επιτρέπει την αναγνώριση πολυάριθμων νέων lncRNAs και τη συσχέτιση αυτών με βιολογικές λειτουργίες.Σωρευτικά στοιχεία υποδηλώνουν ότι το lncRNA εμπλέκεται ευρέως στην επιγενετική ρύθμιση, τη μεταγραφική ρύθμιση και τη ρύθμιση μετά τη μεταγραφή.
-
Small RNA sequencing-Illumina
Το μικρό RNA αναφέρεται σε μια κατηγορία μη κωδικοποιητικών μορίων RNA που έχουν συνήθως μήκος μικρότερο από 200nt, συμπεριλαμβανομένου του micro RNA (miRNA), του RNA μικρής παρεμβολής (siRNA) και του RNA που αλληλεπιδρά με piwi (piRNA).
Το MicroRNA (miRNA) είναι μια κατηγορία ενδογενούς μικρού RNA με μήκος περίπου 20-24nt, το οποίο παίζει διάφορους σημαντικούς ρυθμιστικούς ρόλους στα κύτταρα.Το miRNA εμπλέκεται σε πολλές διεργασίες ζωής που αποκαλύπτουν ειδική έκφραση ιστού – ειδική και σταδιακή – και είναι εξαιρετικά διατηρημένα σε διαφορετικά είδη.
-
circRNA sequencing-Illumina
Η αλληλουχία ολόκληρου του μεταγραφώματος έχει σχεδιαστεί για το προφίλ όλων των τύπων μορίων RNA, συμπεριλαμβανομένων κωδικοποιητικών (mRNA) και μη κωδικοποιητικών RNA (συμπεριλαμβανομένων lncRNA, circRNA και miRNA) που μεταγράφονται από συγκεκριμένα κύτταρα σε μια συγκεκριμένη χρονική στιγμή.Η αλληλουχία πλήρους μεταγραφώματος, γνωστή και ως «συνολική αλληλουχία RNA» στοχεύει στην αποκάλυψη ολοκληρωμένων ρυθμιστικών δικτύων σε επίπεδο μεταγραφώματος.Εκμεταλλευόμενοι την τεχνολογία NGS, διατίθενται αλληλουχίες ολόκληρων προϊόντων μεταγραφής για ανάλυση ceRNA και κοινή ανάλυση RNA, η οποία παρέχει το πρώτο βήμα προς τον λειτουργικό χαρακτηρισμό.Αποκαλυπτικό ρυθμιστικό δίκτυο ceRNA που βασίζεται σε circRNA-miRNA-mRNA.
-
Ολόκληρη αλληλουχία μεταγραφών – Illumina
Η αλληλουχία ολόκληρου του μεταγραφώματος έχει σχεδιαστεί για το προφίλ όλων των τύπων μορίων RNA, συμπεριλαμβανομένων κωδικοποιητικών (mRNA) και μη κωδικοποιητικών RNA (συμπεριλαμβανομένων lncRNA, circRNA και miRNA) που μεταγράφονται από συγκεκριμένα κύτταρα σε μια συγκεκριμένη χρονική στιγμή.Η αλληλουχία πλήρους μεταγραφώματος, γνωστή και ως «συνολική αλληλουχία RNA» στοχεύει στην αποκάλυψη ολοκληρωμένων ρυθμιστικών δικτύων σε επίπεδο μεταγραφώματος.Εκμεταλλευόμενοι την τεχνολογία NGS, διατίθενται αλληλουχίες ολόκληρων προϊόντων μεταγραφής για ανάλυση ceRNA και κοινή ανάλυση RNA, η οποία παρέχει το πρώτο βήμα προς τον λειτουργικό χαρακτηρισμό.Αποκαλυπτικό ρυθμιστικό δίκτυο ceRNA που βασίζεται σε circRNA-miRNA-mRNA.
-
Αλληλουχία προκαρυωτικού RNA
Ο προσδιορισμός αλληλουχίας προκαρυωτικού RNA χρησιμοποιεί αλληλουχία επόμενης γενιάς (NGS) για να αποκαλύψει την παρουσία και την ποσότητα του RNA σε μια δεδομένη στιγμή, αναλύοντας το μεταβαλλόμενο κυτταρικό μεταγραφικό.Ο προσδιορισμός αλληλουχίας προκαρυωτικού RNA της εταιρείας μας στοχεύει συγκεκριμένα σε προκαρυωτικά με γονιδιώματα αναφοράς, παρέχοντάς σας προφίλ μεταγραφής, ανάλυση γονιδιακής δομής κ.λπ. Έχει εφαρμοστεί ευρέως στη βασική επιστημονική έρευνα, την έρευνα και ανάπτυξη φαρμάκων και πολλά άλλα.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Αλληλουχία Μεταμεταγραφών
Η αλληλουχία Metatranscriptome προσδιορίζει τη γονιδιακή έκφραση μικροβίων (τόσο ευκαρυωτών όσο και προκαρυωτικών) σε φυσικά περιβάλλοντα (π.χ. έδαφος, νερό, θάλασσα, κόπρανα και έντερο). Συγκεκριμένα, αυτή η υπηρεσία σάς επιτρέπει να λαμβάνετε προφίλ έκφρασης ολόκληρου γονιδίου σύνθετων μικροβιακών κοινοτήτων, ταξινομική ανάλυση των ειδών, ανάλυση λειτουργικού εμπλουτισμού διαφορετικών εκφραζόμενων γονιδίων και πολλά άλλα.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
