-
BSA
Η πλατφόρμα Bulked Segregant Analysis αποτελείται από τυπική ανάλυση ενός βήματος και προηγμένη ανάλυση με προσαρμοσμένη ρύθμιση παραμέτρων.Η BSA είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται για τον γρήγορο εντοπισμό γενετικών δεικτών που σχετίζονται με φαινότυπο.Η κύρια ροή εργασίας του BSA περιλαμβάνει: 1. Επιλογή δύο ομάδων ατόμων με εξαιρετικά αντίθετους φαινοτύπους.2. Συνένωση του DNA, RNA ή SLAF-seq (αναπτύχθηκε από τη Biomarker) όλων των ατόμων για να σχηματίσει δύο όγκους DNA.3. αναγνώριση διαφορικών αλληλουχιών έναντι του γονιδιώματος αναφοράς ή ενδιάμεσα, 4. Πρόβλεψη υποψήφιων συνδεδεμένων περιοχών με αλγόριθμο ED και SNP-index.5. Λειτουργική ανάλυση και εμπλουτισμός γονιδίων σε υποψήφιες περιοχές, κ.λπ. Διατίθεται επίσης πιο προηγμένη εξόρυξη δεδομένων, συμπεριλαμβανομένου του ελέγχου γενετικών δεικτών και του σχεδιασμού εκκινητών.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Η πλατφόρμα Amplicon (16S/18S/ITS) έχει αναπτυχθεί με πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλότητας, η οποία περιέχει τυποποιημένη βασική ανάλυση και εξατομικευμένη ανάλυση: η βασική ανάλυση καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας, το περιεχόμενο ανάλυσης είναι πλούσιο και περιεκτικό, και τα αποτελέσματα της ανάλυσης παρουσιάζονται με τη μορφή εκθέσεων έργου.Το περιεχόμενο της εξατομικευμένης ανάλυσης είναι ποικίλο.Τα δείγματα μπορούν να επιλεγούν και οι παράμετροι μπορούν να ρυθμιστούν με ευελιξία σύμφωνα με τη βασική αναφορά ανάλυσης και τον ερευνητικό σκοπό, για την πραγματοποίηση εξατομικευμένων απαιτήσεων.Λειτουργικό σύστημα Windows, απλό και γρήγορο.
-
Εξελικτική Γενετική
Η εξελικτική γενετική είναι μια γεμάτη υπηρεσία αλληλουχίας που έχει σχεδιαστεί για να παρέχει μια ολοκληρωμένη ερμηνεία εξελικτικών πληροφοριών δεδομένων υλικών με βάση γενετικές παραλλαγές, συμπεριλαμβανομένων των SNP, InDels, SV και CNV.Παρέχει όλες τις βασικές αναλύσεις που απαιτούνται για την περιγραφή των εξελικτικών αλλαγών και των γενετικών χαρακτηριστικών των πληθυσμών, όπως η δομή του πληθυσμού, η γενετική ποικιλότητα, οι σχέσεις φυλογένεσης, κ.λπ.
-
Συγκριτική Γονιδιωματική
Συγκριτική γονιδιωματική κυριολεκτικά σημαίνει σύγκριση των πλήρους γονιδιωματικών αλληλουχιών και δομών διαφορετικών ειδών.Αυτή η πειθαρχία στοχεύει στην αποκάλυψη της εξέλιξης των ειδών, της γονιδιακής λειτουργίας, του γονιδιακού ρυθμιστικού μηχανισμού σε επίπεδο γονιδιώματος, προσδιορίζοντας τις δομές και τα στοιχεία της αλληλουχίας που διατηρήθηκαν ή διαφοροποιήθηκαν μεταξύ διαφορετικών ειδών.Η τυπική συγκριτική γονιδιωματική μελέτη περιλαμβάνει αναλύσεις στην οικογένεια γονιδίων, την εξελικτική ανάπτυξη, τον διπλασιασμό ολόκληρου του γονιδιώματος, την επιλεκτική πίεση κ.λπ.
-
Εξελικτική Γενετική
Η πλατφόρμα πληθυσμιακής και εξελικτικής γενετικής ανάλυσης έχει δημιουργηθεί στη βάση της τεράστιας εμπειρίας που έχει συσσωρευτεί στην ομάδα Ε&Α της BMK εδώ και χρόνια.Είναι ένα φιλικό προς τον χρήστη εργαλείο ειδικά για ερευνητές που δεν ειδικεύονται στη βιοπληροφορική.Αυτή η πλατφόρμα επιτρέπει τη βασική βασική ανάλυση που σχετίζεται με την εξελικτική γενετική, συμπεριλαμβανομένης της κατασκευής φυλογενετικών δέντρων, ανάλυση ανισορροπίας σύνδεσης, αξιολόγηση γενετικής ποικιλότητας, επιλεκτική ανάλυση σάρωσης, ανάλυση συγγένειας, PCA, ανάλυση δομής πληθυσμού κ.λπ.
-
Συγκρότημα γονιδιώματος με βάση Hi-C
Το Hi-C είναι μια μέθοδος που έχει σχεδιαστεί για να καταγράφει τη διαμόρφωση των χρωμοσωμάτων συνδυάζοντας αλληλεπιδράσεις που βασίζονται στην εγγύτητα ανίχνευσης και αλληλουχία υψηλής απόδοσης.Η ένταση αυτών των αλληλεπιδράσεων πιστεύεται ότι συσχετίζεται αρνητικά με τη φυσική απόσταση στα χρωμοσώματα.Επομένως, τα δεδομένα Hi-C θα μπορούσαν να καθοδηγήσουν τη ομαδοποίηση, τη σειρά και τον προσανατολισμό των συναρμολογημένων αλληλουχιών σε ένα προσχέδιο γονιδιώματος και την αγκύρωση αυτών σε έναν ορισμένο αριθμό χρωμοσωμάτων.Αυτή η τεχνολογία ενισχύει μια συγκρότηση γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος απουσία γενετικού χάρτη με βάση τον πληθυσμό.Κάθε γονιδίωμα χρειάζεται ένα Hi-C.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
Αλληλουχία γονιδιώματος φυτών/ζώων De Novo
De NovoΗ αλληλούχιση αναφέρεται στην κατασκευή ολόκληρου του γονιδιώματος ενός είδους χρησιμοποιώντας τεχνολογίες προσδιορισμού αλληλουχίας, π.χ. PacBio, Nanopore, NGS, κ.λπ., ελλείψει γονιδιώματος αναφοράς.Η αξιοσημείωτη βελτίωση στο μήκος ανάγνωσης των τεχνολογιών αλληλουχίας τρίτης γενιάς έχει φέρει νέες ευκαιρίες στη συναρμολόγηση σύνθετων γονιδιωμάτων, όπως εκείνων με υψηλή ετεροζυγωτία, υψηλή αναλογία επαναλαμβανόμενων περιοχών, πολυπλοειδών κ.λπ. Με μήκος ανάγνωσης σε επίπεδο δεκάδων kilobases, αυτές οι αναγνώσεις αλληλουχίας επιτρέπουν επίλυση επαναλαμβανόμενων στοιχείων, περιοχών με μη φυσιολογική περιεκτικότητα GC και άλλων εξαιρετικά πολύπλοκων περιοχών.
Πλατφόρμα: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία Ανθρώπινου Ολόκληρου Εξώματος
Η αλληλουχία ολόκληρου του εξώματος (WES) θεωρείται ως μια οικονομικά αποδοτική στρατηγική αλληλούχισης για τον εντοπισμό μεταλλάξεων που προκαλούν ασθένειες.Αν και τα εξόνια καταλαμβάνουν μόνο περίπου το 1,7% ολόκληρου του γονιδιώματος, αντιπροσωπεύει άμεσα το προφίλ των συνολικών πρωτεϊνικών λειτουργιών.Στο ανθρώπινο γονιδίωμα, έχει αναφερθεί ότι περισσότερο από το 85% των μεταλλάξεων που σχετίζονται με τη νόσο συμβαίνουν στην κωδικοποιητική περιοχή πρωτεΐνης.
Το BMKGENE προσφέρει ολοκληρωμένες και ευέλικτες υπηρεσίες αλληλουχίας ανθρώπινων ολόκληρων εξωμάτων με διαφορετικές στρατηγικές σύλληψης εξονίων που είναι διαθέσιμες για την επίτευξη διαφόρων ερευνητικών στόχων.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία θραύσματος ενισχυμένης ειδικής θέσης (SLAF-Seq)
Ο προσδιορισμός γονότυπου υψηλής απόδοσης, ειδικά σε πληθυσμό μεγάλης κλίμακας, είναι ένα θεμελιώδες βήμα στις μελέτες γενετικής συσχέτισης, το οποίο παρέχει γενετική βάση για ανακάλυψη λειτουργικών γονιδίων, εξελικτική ανάλυση, κ.λπ. ) εισάγεται για να ελαχιστοποιηθεί το κόστος αλληλουχίας ανά δείγμα, διατηρώντας παράλληλα λογική αποτελεσματικότητα στην ανακάλυψη γενετικών δεικτών.Αυτό επιτυγχάνεται συνήθως με την εξαγωγή περιοριστικού τμήματος εντός δεδομένου εύρους μεγέθους, το οποίο ονομάζεται βιβλιοθήκη μειωμένης αναπαράστασης (RRL).Ο προσδιορισμός αλληλουχίας θραύσματος ενισχυμένου ειδικού τόπου (SLAF-Seq) είναι μια στρατηγική που αναπτύχθηκε μόνος του για τον προσδιορισμό του γονότυπου SNP με ή χωρίς γονιδίωμα αναφοράς.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq -
Illumina και BGI
Η τεχνολογία αλληλουχίας Illumina, βασισμένη στο Sequencing by Synthesis (SBS), είναι μια παγκόσμια καινοτομία NGS, υπεύθυνη για τη δημιουργία πάνω από το 90% των παγκόσμιων δεδομένων αλληλουχίας.Η αρχή του SBS περιλαμβάνει την απεικόνιση αναστρέψιμων τερματιστών με σήμανση φθορισμού καθώς κάθε dNTP προστίθεται και στη συνέχεια διασπάται για να επιτραπεί η ενσωμάτωση της επόμενης βάσης.Με και τα τέσσερα αναστρέψιμα συνδεδεμένα με τερματικά dNTP που υπάρχουν σε κάθε κύκλο αλληλουχίας, ο φυσικός ανταγωνισμός ελαχιστοποιεί την προκατάληψη ενσωμάτωσης.Αυτή η ευέλικτη τεχνολογία υποστηρίζει βιβλιοθήκες τόσο απλής ανάγνωσης όσο και βιβλιοθήκες ζεύξης, καλύπτοντας μια σειρά από γονιδιωματικές εφαρμογές.Οι δυνατότητες υψηλής απόδοσης και η ακρίβεια της αλληλουχίας Illumina την τοποθετούν ως ακρογωνιαίο λίθο στην γονιδιωματική έρευνα, δίνοντας τη δυνατότητα στους επιστήμονες να ξεδιαλύνουν τις περιπλοκές των γονιδιωμάτων με απαράμιλλη λεπτομέρεια και αποτελεσματικότητα.
Το DNBSEQ, που αναπτύχθηκε από την BGI, είναι μια άλλη καινοτόμος τεχνολογία NGS που έχει καταφέρει να μειώσει περαιτέρω το κόστος αλληλουχίας και να αυξήσει την απόδοση.Η προετοιμασία των βιβλιοθηκών DNBSEQ περιλαμβάνει κατακερματισμό DNA, προετοιμασία ssDNA και ενίσχυση κυλιόμενου κύκλου για τη λήψη των νανομπάλες DNA (DNB).Αυτά στη συνέχεια φορτώνονται σε μια στερεά επιφάνεια και ακολούθως αναλύεται η αλληλουχία τους με συνδυαστική σύνθεση ανιχνευτή-αγκύρωσης (cPAS).
Η προκατασκευασμένη υπηρεσία αλληλουχίας βιβλιοθηκών μας διευκολύνει τους πελάτες να προετοιμάσουν τις βιβλιοθήκες αλληλουχίας τους από διαφορετικές πηγές (mRNA, ολόκληρο γονιδίωμα, αμπλικόνιο, μεταξύ άλλων).Στη συνέχεια, αυτές οι βιβλιοθήκες μπορούν να αποσταλούν στα κέντρα αλληλουχίας μας για ποιοτικό έλεγχο και αλληλούχιση σε πλατφόρμες Illumina ή BGI.
