-
Αλληλουχία ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP-seq)
Το ChIP-Seq παρέχει προφίλ σε ολόκληρο το γονιδίωμα στόχων DNA για τροποποίηση ιστόνης, παράγοντες μεταγραφής και άλλες πρωτεΐνες που σχετίζονται με το DNA.Συνδυάζει την επιλεκτικότητα της ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP) για την ανάκτηση συγκεκριμένων συμπλεγμάτων πρωτεΐνης-DNA, με τη δύναμη της αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) για προσδιορισμό αλληλουχίας υψηλής απόδοσης του ανακτημένου DNA.Επιπλέον, επειδή τα σύμπλοκα πρωτεΐνης-DNA ανακτώνται από ζωντανά κύτταρα, οι θέσεις δέσμευσης μπορούν να συγκριθούν σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους και ιστούς ή υπό διαφορετικές συνθήκες.Οι εφαρμογές κυμαίνονται από τη μεταγραφική ρύθμιση έως τα αναπτυξιακά μονοπάτια στους μηχανισμούς ασθενειών και όχι μόνο.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος
Η μεθυλίωση του DNA στην πέμπτη θέση στην κυτοσίνη (5-mC) έχει θεμελιώδη επίδραση στη γονιδιακή έκφραση και την κυτταρική δραστηριότητα.Τα μη φυσιολογικά πρότυπα μεθυλίωσης έχουν συσχετιστεί με διάφορες καταστάσεις και ασθένειες, όπως ο καρκίνος.Το WGBS έχει γίνει το χρυσό πρότυπο για τη μελέτη της μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα σε ανάλυση μίας βάσης.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
-
Δοκιμασία για προσβάσιμη σε τρανσποζάση χρωματίνη με αλληλουχία υψηλής απόδοσης (ATAC-seq)
Το ATAC-seq είναι μια μέθοδος προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης για την ανάλυση της προσβασιμότητας της χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα, η οποία είναι σημαντική για τον παγκόσμιο επιγενετικό έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης.Οι προσαρμογείς προσδιορισμού αλληλουχίας εισάγονται σε ανοιχτές περιοχές χρωματίνης με υπερδραστήρια τρανσποτάση Tn5.Μετά την ενίσχυση PCR, κατασκευάζεται μια βιβλιοθήκη αλληλουχίας.Όλες οι ανοιχτές περιοχές χρωματίνης μπορούν να ληφθούν υπό μια συγκεκριμένη χωροχρονική συνθήκη, όχι μόνο περιορισμένη στις θέσεις δέσμευσης ενός παράγοντα μεταγραφής ή μιας συγκεκριμένης περιοχής τροποποιημένης ιστόνης.
-
Αλληλουχία διθειώδους μειωμένης αναπαράστασης (RRBS)
Η έρευνα για τη μεθυλίωση του DNA ήταν πάντα ένα καυτό θέμα στην έρευνα ασθενειών και σχετίζεται στενά με την έκφραση γονιδίων και τα φαινοτυπικά χαρακτηριστικά.Το RRBS είναι μια ακριβής, αποτελεσματική και οικονομική μέθοδος για την έρευνα μεθυλίωσης DNA.Ο εμπλουτισμός των περιοχών του υποκινητή και της νησίδας CpG με ενζυματική διάσπαση (Msp I), σε συνδυασμό με την αλληλουχία διθειώδους, παρέχει ανίχνευση μεθυλίωσης DNA υψηλής ανάλυσης.
Πλατφόρμα: Πλατφόρμα Illumina NovaSeq
